Team List
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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=40&ordering=tools", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&ordering=tools", "results": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "description": "Bilille est la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, au sein de l'UAR 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé. \r\nBilille est également membre de l'Institut Français de Bioinformatique et bénéficie du label IBiSA délivré par le GIS \"Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie\".", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr", "unitId": "UAR 2014 - US 41 - PLBS", "address": "Plateforme de bioinformatique et de biostatistique de Lille\r\nBâtiment Esprit, avenue Paul Langevin,\r\n59650 Vileneuve-d'Ascq", "city": "Lille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 68, "name": "Pasteur Institute of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Pasteur%20Institute%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 69, "name": "Lille University Hospital", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Lille%20University%20Hospital/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique" ], "fundedBy": [ { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Informatique" ], "orgid": "", "tools": [ "carnac", "crac", "dinamo", "NORINE", "sortmerna", "vidjil" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/418/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/85/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/60/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/109/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/418/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "50.607558", "lng": "3.126541", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.024623Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg", "description": "AuBi est la plateforme bioinformatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/", "unitId": "", "address": "Plateforme AuBi\r\nMesocentre Clermont Auvergne\r\nUniversité Clermont Auvergne\r\n7, avenue Blaise Pascal\r\nTSA 60026", "city": "Aubière cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 94, "name": "University Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "dropnet", "nucleusj", "PanGeneHome" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/401/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/252/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/383/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/75/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/81/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/98/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/503/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/33/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/64/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/99/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/121/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/173/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/214/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/216/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/235/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/166/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/267/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/278/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/317/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/343/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/435/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/494/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/521/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/554/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/633/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.758543", "lng": "3.088984", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.239238Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. 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L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.054323Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. 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GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 1, "name": "EBIO", "logo_url": null, "description": "La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/) créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).\r\nLes missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.\r\nLes principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :\r\n- L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling\r\n- L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)\r\n- L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy\r\n- L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants\r\n- La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique\r\n- L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)\r\n- Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://ebio.u-psud.fr/", "unitId": "", "address": "15 rue George Clémenceau\r\n91000 Orsay\r\nFrance", "city": "Orsay", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "crisprfinder", "erpin", "synttax" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "48.698931", "lng": "2.177998", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.141581Z" }, { "id": 26, "name": "URGI", "logo_url": "https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/logos/14/logoURGI_res300_1-69X1-19.png", "description": "L'URGI (Unité Ressources Génomique-Info) est une unité de service spécialisée en bioinformatique. Nous intégrons les données de génétique, phénomique et génomique, principalement de plantes, et analysons la dynamique des éléments transposables dans les génomes et les pangénomes.\r\n\r\nL'URGI est certifiée ISO 9001:2015 et fait partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), le noeud français d'ELIXIR, l'infrastructure européenne de bioinformatique pour les sciences de la vie. C'est également l'une des quatre plateformes qui forme BioinfOmics, l'infrastructure de recherche en bioinformatique d'INRAE.\r\n\r\nL’URGI propose une gamme de services pour accompagner vos projets, avec des solutions sur mesure et une expertise reconnue :\r\n* Conseils et ressources pour la gestion et l'intégration de données selon les principes FAIR, pour assurer leur accessibilité, interopérabilité et réutilisation\r\n* Développement de portails fédératifs pour faciliter l'accès et l'exploitation de données mondiales (FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Analyse avancée des données génomiques avec des outils spécialisés, comme REPET\r\n\r\n---\r\n\r\nURGI (Unit Resources Genomics-Info) is a scientific facility specialised in plant bioinformatics. We publish and integrate genetic, phenomic and genomic data, mainly from plants, and analyse the dynamics of transposable elements in genomes and pangenomes.\r\n\r\nURGI is ISO 9001:2015 certified and part of the “Institut Français de Bioinformatique” (IFB), the French node of ELIXIR, the European bioinformatics infrastructure for the life sciences. It is also one of the four facilities that form BioinfOmics, INRAE’s bioinformatics research infrastructure.\r\n\r\nURGI offers a range of services to support your projects, providing tailor-made solutions and recognised expertise.\r\n* Advices and resources for data management and integration, based on the FAIR principles to ensure accessibility, interoperability, and reusability\r\n* Development of federated portals to facilitate access and exploitation of global data (e.g. FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Advanced analysis of genomic data using specialised tools, such as REPET", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3572", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_0625", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nRD10 - 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It has the triple vocation of disseminating the bioinformatics tools developed within the Montpellier community, of encouraging collaborations between computer scientists and biologists, and of providing assistance to these researchers by setting up bioinformatics services directly related to their work. The tools it offers are accessible online free of charge. They can be downloaded and/or run on Cluster IO from Montpellier Mésocentre (ISDM). A major axis of the platform concerns evolutionary studies.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "The ATGC platform aims to braodcast the software systems developed by MAB Team from LIRMM.\r\nThe MAB team (Methods and Algorithms for Bioinformatics) proposes mathematical and algorithmic methods (text and tree algorithms, combinatorial algorithms and optimization, probabilistic modeling, statistical machine learning) to address biological issues such as evolution, phylogeny, comparative genomics", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Text mining", "Structural genomics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2025-11-27T13:24:55.215918Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.178118Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.054323Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.178118Z" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "description": "The mission of the ABiMS platform is to assist researchers of the marine and, more broadly of the life sciences communities, in the analysis of their bioinformatic data as well as in the development of software and databases. It is also connected to the EMBRC infrastructure, is part of the IBiSA network via the regional BioGenOuest project, and is ISO 9001: 2015 certified. Through its numerous interactions with research units,", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3387" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/", "unitId": "", "address": "Place Georges Teissier - Station Biologique de Roscoff", "city": "Roscoff", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 65, "name": "SBR - Roscoff Marine Station", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "ISO 9001" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "galaxy", "workflow4metabolomics" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/145/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/206/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/272/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/331/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/460/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/465/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/549/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/24/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.726769", "lng": "-3.987521", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.185144Z" }, { "id": 24, "name": "South Green", "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3050", "http://edamontology.org/topic_0194", "http://edamontology.org/topic_3673", "http://edamontology.org/topic_3068", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0092", "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0114", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_3474" ], "expertise_description": "Expertise on genome analyses in plants and pathogens, workflow development (SnakeMake, Galaxy), data management and visualization, RDF Knowledge.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": "Parc scientifique Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "publications": [ "10.1371/journal.pcbi.1009321", "10.1186/s13326-023-00289-5", "10.1093/database/baaf048", "10.1371/journal.pcbi.1010622", "10.1093/hr/uhac221", "10.1093/bioinformatics/btab688", "10.1093/database/baac057", "10.1186/s12863-025-01359-6", "10.1016/j.cpb.2016.12.002", "10.1186/s44342-025-00058-z", "10.1093/bioinformatics/btac504", "10.1186/s13059-023-02911-2", "10.1038/s41467-025-56329-4", "10.1016/j.xplc.2022.100330", "10.1016/j.tig.2025.03.004", "10.1002/ppp3.10581", "10.1093/nargab/lqad013", "10.1126/science.add8655", "10.1093/bib/bbab238", "10.1093/nar/gkab564", "10.1093/gigascience/giz051", "10.24072/pcjournal.153", "10.1111/tpj.15456", "10.1093/nargab/lqab088", "10.1002/9781119312994.apr0664", "10.1371/journal.pbio.3000312", "10.1093/aob/mcab008", "10.1038/s42003-020-01593-x", "10.1093/gigascience/giz028", "10.1093/bioadv/vbaf096", "" ], "certifications": [ "ISO 9001" ], "fundedBy": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "keywords": [ "Représentations graphiques", "long read sequencing", "Pangenomic", "Genotyping", "R Language", "Phylogenetics", 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Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. 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GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 24, "name": "South Green", "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. 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La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3050", "http://edamontology.org/topic_0194", "http://edamontology.org/topic_3673", "http://edamontology.org/topic_3068", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0092", "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0114", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_3474" ], "expertise_description": "Expertise on genome analyses in plants and pathogens, workflow development (SnakeMake, Galaxy), data management and visualization, RDF Knowledge.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": "Parc scientifique Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "publications": [ "10.1371/journal.pcbi.1009321", "10.1186/s13326-023-00289-5", "10.1093/database/baaf048", "10.1371/journal.pcbi.1010622", "10.1093/hr/uhac221", "10.1093/bioinformatics/btab688", "10.1093/database/baac057", "10.1186/s12863-025-01359-6", "10.1016/j.cpb.2016.12.002", "10.1186/s44342-025-00058-z", "10.1093/bioinformatics/btac504", "10.1186/s13059-023-02911-2", "10.1038/s41467-025-56329-4", "10.1016/j.xplc.2022.100330", "10.1016/j.tig.2025.03.004", "10.1002/ppp3.10581", "10.1093/nargab/lqad013", "10.1126/science.add8655", "10.1093/bib/bbab238", "10.1093/nar/gkab564", "10.1093/gigascience/giz051", "10.24072/pcjournal.153", "10.1111/tpj.15456", "10.1093/nargab/lqab088", "10.1002/9781119312994.apr0664", "10.1371/journal.pbio.3000312", "10.1093/aob/mcab008", "10.1038/s42003-020-01593-x", "10.1093/gigascience/giz028", "10.1093/bioadv/vbaf096", "" ], "certifications": [ "ISO 9001" ], "fundedBy": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "keywords": [ "Représentations graphiques", "long read sequencing", "Pangenomic", "Genotyping", "R Language", "Phylogenetics", "Web portals", "SLURM", "Variant calling", "Sequence analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "AgroLD", "Banana_Genome_Hub", "Cocoa_Genome_Hub", "Coffee_Genome_Hub", "culebront", "galaxy", "gemo", "Gigwa", "", "panache", "Rice_Genome_Hub", "", "Sugarcane_Genome_Hub", "toggle", "tremolo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/735/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/733/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/773/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/544/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/775/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/276/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", 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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=api" } ], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.643777", "lng": "3.871175", "updated_at": "2025-12-05T10:45:53.144502Z" }, { "id": 26, "name": "URGI", "logo_url": "https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/logos/14/logoURGI_res300_1-69X1-19.png", "description": "L'URGI (Unité Ressources Génomique-Info) est une unité de service spécialisée en bioinformatique. Nous intégrons les données de génétique, phénomique et génomique, principalement de plantes, et analysons la dynamique des éléments transposables dans les génomes et les pangénomes.\r\n\r\nL'URGI est certifiée ISO 9001:2015 et fait partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), le noeud français d'ELIXIR, l'infrastructure européenne de bioinformatique pour les sciences de la vie. C'est également l'une des quatre plateformes qui forme BioinfOmics, l'infrastructure de recherche en bioinformatique d'INRAE.\r\n\r\nL’URGI propose une gamme de services pour accompagner vos projets, avec des solutions sur mesure et une expertise reconnue :\r\n* Conseils et ressources pour la gestion et l'intégration de données selon les principes FAIR, pour assurer leur accessibilité, interopérabilité et réutilisation\r\n* Développement de portails fédératifs pour faciliter l'accès et l'exploitation de données mondiales (FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Analyse avancée des données génomiques avec des outils spécialisés, comme REPET\r\n\r\n---\r\n\r\nURGI (Unit Resources Genomics-Info) is a scientific facility specialised in plant bioinformatics. We publish and integrate genetic, phenomic and genomic data, mainly from plants, and analyse the dynamics of transposable elements in genomes and pangenomes.\r\n\r\nURGI is ISO 9001:2015 certified and part of the “Institut Français de Bioinformatique” (IFB), the French node of ELIXIR, the European bioinformatics infrastructure for the life sciences. It is also one of the four facilities that form BioinfOmics, INRAE’s bioinformatics research infrastructure.\r\n\r\nURGI offers a range of services to support your projects, providing tailor-made solutions and recognised expertise.\r\n* Advices and resources for data management and integration, based on the FAIR principles to ensure accessibility, interoperability, and reusability\r\n* Development of federated portals to facilitate access and exploitation of global data (e.g. FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Advanced analysis of genomic data using specialised tools, such as REPET", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3572", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_0625", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.34133/2019/1671403", "10.1186/s13100-019-0150-y", "10.1007/978-1-4939-6658-5_5", "10.3835/plantgenome2015.06.0038", "10.1093/database/bat058", "10.1007/s00239-003-0007-2", "10.1371/journal.pone.0091929", "10.1371/journal.pone.0016526", "10.1371/journal.pcbi.0010022", "10.1186/s13059-018-1491-4" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - 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Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "", "10.1093/nar/gkab1091" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.029723Z" }, { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. 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