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https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=40&ordering=tools", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&ordering=tools", "results": [ { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Sequence analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Semantic web", "Regulatory network modelling", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Cluster", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg", "description": "AuBi est la plateforme bioinformatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/", "unitId": "", "address": "Plateforme AuBi\r\nMesocentre Clermont Auvergne\r\nUniversité Clermont Auvergne\r\n7, avenue Blaise Pascal\r\nTSA 60026", "city": "Aubière cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 94, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Cloud", "Comparative and de novo structure modeling", "Ecology", "Biodiversity", "Microbial ecology", "Metabolic engineering", "Metagenomics", "CGH", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Positional cloning", "GPU", "Fonctionelles", "Microscopy", "Medical Imaging", "Physical Mapping", "Paleogenomics and ancestral genomes", "Tiling", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Cartographie génétique et d'hybrides irradiés", "Statistical differential analysis", "Methylation profiles", "Genotyping", "Machine learning", "Signal processing", "Second level analysis", "Chromatin accessibility", "Exploratory statistics", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Inferential statistics", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Phylogenetics", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Data identity and mapping", "Ontologies", "Database search engine", "Spectral library search", "De novo sequencing", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Interfaces", "Metabolites identification", "Spectral demultiplexing", "Post-translational modification analysis", "Systems Biology", "Semantic web", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Population Genetics", "Knowledge mining", "Statistical Genetics", "Regulatory network modelling", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Proteogenomics", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Données", "Genes and genomes", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Genetic Mapping", "Protein inference and validation", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "dropnet", "nucleusj", "PanGeneHome" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ 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11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 26, "name": "C3BI-USR 3756", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/C3BI-USR%203756/?format=api" }, { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Biostatistics", "Metagenomics", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "GPU", "Quantification", "E-learning", "Tiling", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Statistical differential analysis", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Methylation profiles", "Machine learning", "Chromatin accessibility", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Visualization", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Information retrieval", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Statistical Genetics", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Phylogenomics", "Données", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2024-03-12T07:35:38.727469Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. 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Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).\r\nLes missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.\r\nLes principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :\r\n- L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling\r\n- L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)\r\n- L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy\r\n- L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants\r\n- La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique\r\n- L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)\r\n- Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://ebio.u-psud.fr/", "unitId": "", "address": "15 rue George Clémenceau\r\n91000 Orsay\r\nFrance", "city": "Orsay", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 22, "name": "UMR9198", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR9198/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 64, "name": "I2BC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/I2BC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Cloud", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Gene expression differential analysis", "metatranscriptomics", "Structural and functional annotation of genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Cluster", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "crisprfinder", "erpin", "synttax" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "48.698931", "lng": "2.177998", "updated_at": "2024-03-11T15:08:15.690122Z" }, { "id": 26, "name": "PlantBioinfoPF", "logo_url": "https://urgi.versailles.inrae.fr/var/storage/images/home-urgi/platform/6883-40-eng-GB/Platform_medium.jpg", "description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - UR1164", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20UR1164/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University of Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.34133/2019/1671403", "10.1186/s13100-019-0150-y", "10.1007/978-1-4939-6658-5_5", "10.3835/plantgenome2015.06.0038", "10.1093/database/bat058", "10.1371/journal.pone.0091929", "10.1371/journal.pone.0016526", "10.1371/journal.pcbi.0010022", "10.1007/s00239-003-0007-2", "10.1186/s13059-018-1491-4" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Biodiversity", "Evolution and Phylogeny", "Bioinformatics and Plant Genomics", "Annotation", "Transposons", "Interoperability", "Genome analysis", "Integration of heterogeneous data", "Data collection curation", "Data Integration", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Informatique" ], "orgid": "003vg9w96", "tools": [ "DataDiscovery", "faidare", "gnpis", "", "RARe", "repet", "WheatIS" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/751/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/754/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/131/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/336/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/814/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/815/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/816/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.802750", "lng": "2.112411", "updated_at": "2025-01-27T13:12:09.576040Z" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/IFB-Fond_blanc-500x249-2.png", "description": "La mission de la plateforme IFB-Core est de coordonner l'utilisation des moyens et les activités de l'infrastructure nationale. IFB-core est également l'interlocuteur du réseau ELIXIR, dont l'IFB est le noeud français (ELIXIR-FR). L'UAR IFB-core sert d'interface vis-à-vis de différents acteurs, afin de mettre en place et d'administrer une infrastructure informatique nationale multi-sites (National Network of Computing Resources, NNCR) visant à mutualiser les ressources et fédérer les communautés des sciences de la vie autour d'outils adaptés à leurs besoins.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/", "unitId": "", "address": "Génoscope\r\n2 rue Gaston Crémieux", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" }, { "id": 44, "name": "UMS 3601", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMS%203601/?format=api" }, { "id": 51, "name": "INRA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": 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Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Metagenomics", "Sequence Algorithm", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Machine learning", "Tree of Life", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "Interfaces", "Interoperability", "Knowledge mining", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Cluster", "Computing Environments", "NGS Sequencing Data Analysis", "Phylogenomics", "Genes and genomes", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2024-03-27T12:48:38.368305Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 27, "name": "UMR-S 973", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR-S%20973/?format=api" }, { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Comparative and de novo structure modeling", "Dynamic and thermodynamic structure properties analysis", "Virtual screening", "Structure-based screening", "2D/3D", "ADME/tox", "Small chemical compound libraries", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2024-04-24T09:38:55.908344Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 26, "name": "C3BI-USR 3756", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/C3BI-USR%203756/?format=api" }, { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Biostatistics", "Metagenomics", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "GPU", "Quantification", "E-learning", "Tiling", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Statistical differential analysis", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Methylation profiles", "Machine learning", "Chromatin accessibility", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Visualization", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Information retrieval", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Statistical Genetics", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Phylogenomics", "Données", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2024-03-12T07:35:38.727469Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. 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Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)\r\nL’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des \"composants infrastructuraux\" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral \"tout ARN\" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)\r\nL’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/\r\n \r\nLaboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)\r\nL'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.\r\n \r\nInstitut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)\r\nL'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.\r\n \r\nInstitut clinique de la souris (ICS - IGBMC)\r\nLe service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).\r\n \r\nInstitut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)\r\nLe Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_2815", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3169", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bigest.unistra.fr/", "unitId": "", "address": "300 boulevard Sébastien Brant", "city": "Illkirch", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 29, "name": "UMR7357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR7357/?format=api" }, { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" }, { "id": 92, "name": "IPHC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IPHC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Sequence analysis", "proteomics", "Genomics (Chips)", "Data collection curation", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "assemble2", "GalaxEast", "macsims", "ngs-qc_generator", "orthoinspector", "pipealign", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/86/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/95/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/233/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/340/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/478/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/501/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.526234", "lng": "7.736750", "updated_at": "2024-11-20T15:38:39.835199Z" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "description": "The mission of the ABiMS platform is to assist researchers of the marine and, more broadly of the life sciences communities, in the analysis of their bioinformatic data as well as in the development of software and databases. It is also connected to the EMBRC infrastructure, is part of the IBiSA network via the regional BioGenOuest project, and is ISO 9001: 2015 certified. 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Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. 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GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Sequence analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Semantic web", "Regulatory network modelling", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Cluster", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z" }, { "id": 26, "name": "PlantBioinfoPF", "logo_url": "https://urgi.versailles.inrae.fr/var/storage/images/home-urgi/platform/6883-40-eng-GB/Platform_medium.jpg", "description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - 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Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "10.1093/nar/gkab1091", "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-01-31T13:29:04.286409Z" }, { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. 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