Team List
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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=40&ordering=logo_url", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&ordering=logo_url", "results": [ { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "logo_url": "https://tagc.univ-amu.fr/sites/tagc.univ-amu.fr/themes/webkit_theme/logo.png", "description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://tagc.univ-amu.fr", "unitId": "", "address": "163 avenue de Luminy\r\nParc Scientifique de Luminy case 928", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 63, "name": "TAGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/TAGC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Biostatistics", "Cloud", "Comparative and de novo structure modeling", "Post-translational modifications", "Ecology", "Multi-scale analysis and modelling", "Dynamic systems", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Positional cloning", "GPU", "E-learning", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Statistical differential analysis", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Methylation profiles", "Genotyping", "Machine learning", "Second level analysis", "Chromatin accessibility", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "Data identity and mapping", "Ontologies", "Database search engine", "Spectral library search", "De novo sequencing", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolomics and Fluxomics", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Population Genetics", "Statistical Genetics", "Functioning of complex biological systems", "Regulatory network modelling", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Données", "Genes and genomes", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ocg", "remap", "rsat" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/464/?format=api" ], "technicalLeaders": [ 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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.231496", "lng": "5.441888", "updated_at": "2024-03-11T15:37:08.604704Z" }, { "id": 2, "name": "Curie Bioinfo", "logo_url": "https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/57/Logo_Curie.png", "description": "The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics.\r\nMany data types are treated:\r\nMicroarrays: expression, copy number, SNP, ChIP\r\nNanoString\r\nNGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq …\r\nRPPA,\r\nMass spectometry, classical and SILAC, SWATH\r\nlow-throughput biological data.\r\nThe expertise covers fundamental, translational and clinical research, including clinical trials.\r\nIn all these domain, the platform also develop appropriate methods, implement tools and automatic pipelines, and package and release them publicly or grant on-line access to the community.\r\nSoftware optimisation for high-performance computing is also part of our know-how.\r\nFinally the platform has developed an experience in training biologists, clinicians and bioinformaticians in all above-mentionned fields", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://u900.curie.fr", "unitId": "", "address": "26 rue d’Ulm\r\n75005 Paris\r\nFrance", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 23, "name": "INSERM U900", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM%20U900/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Genomics (Chips)", "NGS Sequencing Data Analysis", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "nebula" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/569/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/306/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/170/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/421/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/13/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api", 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l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - 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Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Sequence analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Semantic web", "Regulatory network modelling", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Cluster", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z" }, { "id": 44, "name": "PRABI-PFGT", "logo_url": "https://www.crcl.fr/app/uploads/2021/01/logo.svg", "description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.crcl.fr/les-plateformes/plateforme-de-bioinformatique-gilles-thomas/", "unitId": "", "address": "28 Rue Laennec", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.776067", "lng": "5.003264", "updated_at": "2024-03-11T15:21:31.174033Z" }, { "id": 42, "name": "BONSAI", "logo_url": "https://www.cristal.univ-lille.fr/bonsai/img/bonsai-rond.jpg", "description": "The team Bonsai has been re-created on January 1, 2011, and is an evolution of the INRIA-LIFL team Sequoia, which was created in 2007. The scientific focus of Bonsai is still very much the same as the one of Sequoia. We work in computational biology, and more specifically o n algorithms for biological sequences analysis. Several topics of Bonsai were already present in Sequoia: Noncoding RNA analysis and non ribosomal peptide synthesis. We also work on further lines of research: Algorithms for Next Generation Sequencing and comparison of sequences at genome scale taking into account rearrangements. These lines of research find their source in the development of new sequencing technologies and the increasing availability of complete genome sequence data. They are supported by strategical collaborations, and they also reinforce the expertise of the team in sequence analysis and genome annotation. The main goal of Bonsai is to define appropriate combinatorial models and efficient algorithms for large-scale sequence analysis in molecular biology.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://radar.inria.fr/report/2011/bonsai/uid0.html", "unitId": "", "address": "Avenue Henri Poincaré 59655 Villeneuve d'Ascq France", "city": "Villeneuve d'Ascq", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 97, "name": "Université de Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Lille/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "50.606180", "lng": "3.138530", "updated_at": "2024-03-11T13:29:07.799103Z" }, { "id": 47, "name": "CBPsmn", "logo_url": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/lib/tpl/PSMN-scanlines/images/cbpsmn_logo.png", "description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=accueil", "unitId": "", "address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie", "city": "Lyon cedex 07", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 102, "name": "ENS de Lyon", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ENS%20de%20Lyon/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.729632", "lng": "4.827973", "updated_at": "2024-03-12T08:12:45.649530Z" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/IFB-Fond_blanc-500x249-2.png", "description": "La mission de la plateforme IFB-Core est de coordonner l'utilisation des moyens et les activités de l'infrastructure nationale. IFB-core est également l'interlocuteur du réseau ELIXIR, dont l'IFB est le noeud français (ELIXIR-FR). L'UAR IFB-core sert d'interface vis-à-vis de différents acteurs, afin de mettre en place et d'administrer une infrastructure informatique nationale multi-sites (National Network of Computing Resources, NNCR) visant à mutualiser les ressources et fédérer les communautés des sciences de la vie autour d'outils adaptés à leurs besoins.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/", "unitId": "", "address": "Génoscope\r\n2 rue Gaston Crémieux", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" }, { "id": 44, "name": "UMS 3601", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMS%203601/?format=api" }, { "id": 51, "name": "INRA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": 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La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. Elle offre des services de support pour faciliter et améliorer le traitement des données de séquençage NGS, de protéomique ou de biophysique et organise des formations en bioinformatique en lien étroit avec l’IFB.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/", "unitId": "", "address": "1, Avenue de la Terrasse, Bâtiment 21", "city": "GIF-SUR-YVETTE", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University of Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Paris-Saclay/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.704698", "lng": "2.132366", "updated_at": "2024-12-04T13:14:34.050096Z" }, { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "10.1093/nar/gkab1091", "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-01-31T13:29:04.286409Z" }, { "id": 23, "name": "PACA-Bioinfo", "logo_url": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/wp-content/uploads/2018/08/logo-igs-cnrs.png", "description": "Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0082", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0781" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/paca-bioinfo/", "unitId": "UMR7256", "address": "163 Avenue de Luminy\r\nCase 934", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 38, "name": "CNRS UMR7256", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20UMR7256/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "10.1093/bioinformatics/bty640", "10.1093/bioadv/vbab034", "10.1093/femsml/uqac003", "10.1128/JVI.01997-19", "10.3389/fmicb.2019.00430", "10.1186/s12864-018-4715-9", "10.1080/23802359.2017.1285210", "10.1128/JVI.00230-17", "10.1038/ncomms15087", "10.1038/ismej.2015.192", "10.1111/mec.13621", "10.1073/pnas.1506469112", "10.1371/journal.pone.0090988", "10.1371/journal.pone.0090989", "10.1186/1471-2164-14-158", "10.1111/mec.12108", "10.1038/ismej.2013.116", "10.1074/jbc.M111.314559", "10.1371/journal.pgen.1003122", "10.1186/gb-2012-13-5-r39", "10.1371/journal.pone.0018528", "10.1186/1743-422X-8-99", "10.1105/tpc.110.076406", "10.1186/gb-2009-10-10-r114", "10.1186/1743-422X-6-178", "10.1101/gr.091686.109", "10.1016/j.jip.2009.03.011", "10.1101/gr.091561.109", "10.1186/1471-2164-10-352", "", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "CATI - CTAI", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biostatistics", "Metagenomics", "Evolution and Phylogeny", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "proteomics", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics" ], "fields": [ "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "phylogeny.fr" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "deputies": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/741/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/129/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/502/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.239127", "lng": "5.436787", "updated_at": "2024-03-11T15:00:44.492495Z" }, { "id": 46, "name": "IMGT", "logo_url": "https://www.imgt.org/images/logo_IMGT.png", "description": "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, is the international reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 at the University of Montpellier and the CNRS. IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.imgt.org/", "unitId": "", "address": "Faculté de Pharmacie, \r\n15 avenue Charles Flahault", "city": "Montpellier Cede 5", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "Université de Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/225/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/258/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/310/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.611242", "lng": "3.876733", "updated_at": "2024-03-12T14:50:13.670911Z" }, { "id": 37, "name": "NSBD", "logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png", "description": "L'équipe \"biologie des systèmes et des réseaux pour les maladies\" est une équipe de recherche interdisciplinaire ayant pour objectif de développer d'algorithmes et outils d'analyse et d'intégration de données biologiques et de proposer des approches \"système\" pour l'étude des pathologies génétiques humaines. Sur le versant des outils, l'équipe focalise particulièrement sur des approches non-supervisées appliquées aux réseaux biologiques multi-couches et propose des outils de clustering, de marches aléatoires ou de network embedding. L'équipe travaille également sur l'intégration de données quantitatives (transcriptomique, protéomique) dans les réseaux pour identifier des modules perturbés dans différentes conditions. Enfin, l'équipe s'intéresse également à l'intégration de données multi-omiques par des approches de réduction de dimension via des factorisations de matrices.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2024-03-11T14:53:13.009640Z" }, { "id": 27, "name": "Orphanet", "logo_url": "https://www.orpha.net/build/images/logo-orphanet.png", "description": "Orphanet est une base de connaissances sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.orpha.net", "unitId": "", "address": "96 rue Didot", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 40, "name": "INSERM US14", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM%20US14/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "HON Code", "IRDiRC Recommended", "Autre" ], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Interfaces", "Interoperability", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Data collection curation", "Data Integration", "Données", "Toolkit", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ordo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/518/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/474/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/188/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/171/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/22/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/223/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/227/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/274/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/402/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/463/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/538/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/551/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/567/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/627/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/257/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/451/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/532/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827419", "lng": "2.314518", "updated_at": "2024-03-11T14:58:57.583304Z" }, { "id": 7, "name": "ATGC", "logo_url": "http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg", "description": "La plateforme bioinformatique de l'ATGC fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Metagenomics", "Sequence Algorithm", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Machine learning", "Tree of Life", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "Interfaces", "Interoperability", "Knowledge mining", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Cluster", "Computing Environments", "NGS Sequencing Data Analysis", "Phylogenomics", "Genes and genomes", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2024-03-27T12:48:38.368305Z" }, { "id": 33, "name": "Genotoul-biostat", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/", "unitId": "", "address": "", "city": "", "country": "", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-13", "lat": null, "lng": null, "updated_at": "2023-03-14T13:36:55.220114Z" }, { "id": 40, "name": "EvryRNA", "logo_url": null, "description": "EvryRNA platform is a web server providing various algorithms and bioinformatics tools developed in the laboratory IBISC of UEVE/Genopole, and dedicated to the prediction and the analysis of non-coding RNAs (ncRNAs). These RNAs are regulators of gene expression control and genome stability. They are involved in different biological processes, and some of them, including microRNAs, are known to be involved in many diseases such as cancer and neurodegenerative diseases. Their study provides insight into how living organisms function, including differentiation and cell proliferation, but also to consider new therapeutic approaches for genetic diseases and cancer.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://evryrna.ibisc.univ-evry.fr/evryrna/", "unitId": "", "address": "2 Rue du Facteur Cheval", "city": "Évry-Courcouronnes", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.629863", "lng": "2.424280", "updated_at": "2024-03-11T15:39:38.616097Z" }, { "id": 18, "name": "PRABI-HCL", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.lemonde.fr", "unitId": "", "address": "165 chemin du Grand Revoyet\r\nFaculté de Médecine Lyon Sud\r\n69310 Pierre Bénite\r\nFrance", "city": "Bénite", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 34, "name": "UMR 5558", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%205558/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "keywords": [ "Aucun des termes ci-dessus ne convient" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/337/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/29/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/150/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/212/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/436/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/537/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/428/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.702207", "lng": "4.808651", "updated_at": "2023-03-16T13:09:41.584686Z" }, { "id": 8, "name": "BiGR", "logo_url": null, "description": "● Bioanalyses\r\nConception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS)\r\n- Microarray :\r\n- Gene Expression (Agilent, Affymetrix)\r\n- CGH array\r\n- microRNA array\r\n- NGS (DNA-seq):\r\n- Détection de SNP (WES, WGS, TS)\r\n- Détection de variants structuraux (LOH, CNV)\r\n- ChipSeq\r\n- NGS (RNA-seq) :\r\n- Analyse différentielle\r\n- recherche de transcrit de fusion\r\n- recherche de splicing alternatif\r\n- detection de SNP par RNA-seq\r\n\r\n● Conseil / Support\r\nElaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante \"bioinformatique\" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plateforme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service.\r\n\r\n● Formations\r\nOrganisation de formations généraliste en interne. Organisation de formations spécifiques, sur demande, dans les locaux des demandeurs (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques)\r\n\r\n● R&D\r\nDéveloppement /Maintenance de pipelines d’analyse.\r\nDéveloppement à facon d’outils d’annotation / de visualisation de données NGS Développement de DB de données génomiques\r\nParticipation au developpement de DB en médecine personnalisée", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://gustaveroussy.fr/fr/content/plateforme-de-bioinformatique-activit%C3%A9s", "unitId": "", "address": "114 rue Edouard Vaillant\r\nUMS INSERM 23/CNRS 3655 AMMICA\r\n94800 Villejuif\r\nFrance", "city": "Villejuif", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 16, "name": "AMMICA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AMMICA/?format=api" }, { "id": 17, "name": "UMS 23", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMS%2023/?format=api" }, { "id": 18, "name": "CNRS 3655", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%203655/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Metagenomics", "CGH", "Expression", "Fonctionelles", "DNA biochips", "RNA biochips", "Methylation profiles", "Gene expression regulation analysis", "Gene expression differential analysis", "metatranscriptomics", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Variant analysis", "Complete genomes", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (Chips)", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/413/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/413/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/159/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/179/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/185/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/318/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/327/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "48.794123", "lng": "2.346437", "updated_at": "2023-03-16T13:54:04.072271Z" }, { "id": 1, "name": "EBIO", "logo_url": null, "description": "La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/) créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).\r\nLes missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.\r\nLes principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :\r\n- L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling\r\n- L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)\r\n- L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy\r\n- L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants\r\n- La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique\r\n- L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)\r\n- Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://ebio.u-psud.fr/", "unitId": "", "address": "15 rue George Clémenceau\r\n91000 Orsay\r\nFrance", "city": "Orsay", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 22, "name": "UMR9198", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR9198/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 64, "name": "I2BC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/I2BC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Cloud", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Gene expression differential analysis", "metatranscriptomics", "Structural and functional annotation of genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Cluster", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "crisprfinder", "erpin", "synttax" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "48.698931", "lng": "2.177998", "updated_at": "2024-03-11T15:08:15.690122Z" } ] }
