Team List

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            "name": "PlantBioinfoPF",
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            "description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.",
            "expertise": [
                "http://edamontology.org/topic_3365",
                "http://edamontology.org/topic_3299",
                "http://edamontology.org/topic_0622",
                "http://edamontology.org/topic_3316",
                "http://edamontology.org/topic_0780"
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            "linkCovid19": "",
            "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/",
            "unitId": "URGI-US1164",
            "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance",
            "city": "Versailles",
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                    "name": "France Génomique",
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                    "name": "University of Paris-Saclay",
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                    "name": "BioinfOmics",
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            "publications": [
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                "10.34133/2019/1671403",
                "10.1186/s13100-019-0150-y",
                "10.1007/978-1-4939-6658-5_5",
                "10.3835/plantgenome2015.06.0038",
                "10.1093/database/bat058",
                "10.1371/journal.pone.0091929",
                "10.1371/journal.pone.0016526",
                "10.1371/journal.pcbi.0010022",
                "10.1007/s00239-003-0007-2",
                "10.1186/s13059-018-1491-4"
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            "certifications": [
                "Label IBiSA",
                "France-Génomique",
                "ISO  9001",
                "CNOC (INRA)",
                "CATI - CTAI",
                "PF stratégique nationale INRA"
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                    "name": "INRAE",
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            "keywords": [
                "Cloud",
                "Biodiversity",
                "Evolution and Phylogeny",
                "Bioinformatics and Plant Genomics",
                "Annotation",
                "Transposons",
                "Interoperability",
                "Genome analysis",
                "Integration of heterogeneous data",
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                "Data Integration",
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            ],
            "fields": [
                "Biologie",
                "Agro-alimentaire",
                "Environnement",
                "Informatique"
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                "DataDiscovery",
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                "gnpis",
                "",
                "RARe",
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        {
            "id": 11,
            "name": "Pasteur HUB",
            "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png",
            "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.",
            "expertise": [
                "http://edamontology.org/topic_3372"
            ],
            "linkCovid19": "",
            "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/",
            "unitId": "",
            "address": "25 Rue du Dr Roux",
            "city": "Paris",
            "country": "France",
            "communities": [],
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                    "name": "C3BI-USR 3756",
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                },
                {
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                    "name": "Institut Pasteur",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api"
                }
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            "publications": [
                "",
                "10.21105/joss.00698",
                "10.1093/bioinformatics/btab070"
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            "certifications": [],
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                    "name": "Institut Pasteur",
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            "keywords": [
                "Methodology",
                "QTL Localization",
                "Biostatistics",
                "Metagenomics",
                "Expression",
                "Small and long non-coding RNAs",
                "GPU",
                "Quantification",
                "E-learning",
                "Tiling",
                "Sequence Algorithm",
                "DNA biochips",
                "RNA biochips",
                "Statistical differential analysis",
                "Evolution and Phylogeny",
                "Molecular evolution",
                "Methylation profiles",
                "Machine learning",
                "Chromatin accessibility",
                "Chromosome conformation analysis",
                "Bioimaging",
                "Visualization",
                "Biological network inference and analysis",
                "Selection Detection",
                "Assembly of genomes and transcriptomes",
                "Read alignment on genomes",
                "Supertrees and Reconciliations",
                "Statistical Tests",
                "Regression",
                "Dimension reduction",
                "Gene expression regulation analysis",
                "Image analysis",
                "Information retrieval",
                "Descriptive statistics",
                "Multivariate analyses",
                "Gene expression differential analysis",
                "Web portals",
                "metatranscriptomics",
                "Chip-Seq",
                "Panels (amplicons, captures)",
                "Exomes",
                "Sequence analysis",
                "Variant analysis",
                "proteomics",
                "Interfaces",
                "Systems Biology",
                "Interoperability",
                "Metabolic network analysis",
                "Genome analysis",
                "Structural and functional annotation of genomes",
                "Statistical Genetics",
                "Quantitative proteomics",
                "Complete genomes",
                "Transcript and transcript variant analysis",
                "Transcriptomics (RNA-seq)",
                "Genomics (DNA-seq)",
                "Functional and regulatory pathways comparison",
                "Genomics (Chips)",
                "Cluster",
                "Genomes comparison",
                "Comparative genomics",
                "Computing Environments",
                "Data Integration",
                "Data management and transfer",
                "NGS Sequencing Data Analysis",
                "Homology/orthology prediction",
                "Structural Bioinformatics",
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            "description": "Bilille est la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, au sein de l'UAR 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé. \r\nBilille est également membre de l'Institut Français de Bioinformatique et bénéficie du label IBiSA délivré par le GIS \"Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie\".",
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            "description": "La plateforme bioinformatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRAe MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents),  la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"),  la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et  l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.",
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            "description": "Le CBiB est une installation bioinformatique de base qui donne accès à des ressources informatiques de haute performance, à l'analyse de données biologiques et à une expertise en programmation. Ces ressources permettent aux scientifiques et aux laboratoires privés de répondre aux besoins en bioinformatique de leurs recherches de manière efficace et rentable. Nous offrons des technologies de pointe pour travailler avec des données cliniques, translationnelles et de sciences fondamentales, de l'acquisition et du stockage à l'analyse et au partage. Nos ressources sont sécurisées et conformes aux normes. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de bio-informatique fournit des services complets d'analyse et d'intégration d'ADN, d'ARN, de métabolomique, de protéomique et de données d'images.",
            "expertise": [
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            "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.",
            "expertise": [
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            "unitId": "",
            "address": "25 Rue du Dr Roux",
            "city": "Paris",
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                "10.21105/joss.00698",
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                    "name": "Institut Pasteur",
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            "keywords": [
                "Methodology",
                "QTL Localization",
                "Biostatistics",
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                "Small and long non-coding RNAs",
                "GPU",
                "Quantification",
                "E-learning",
                "Tiling",
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                "DNA biochips",
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                "Statistical differential analysis",
                "Evolution and Phylogeny",
                "Molecular evolution",
                "Methylation profiles",
                "Machine learning",
                "Chromatin accessibility",
                "Chromosome conformation analysis",
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                "Visualization",
                "Biological network inference and analysis",
                "Selection Detection",
                "Assembly of genomes and transcriptomes",
                "Read alignment on genomes",
                "Supertrees and Reconciliations",
                "Statistical Tests",
                "Regression",
                "Dimension reduction",
                "Gene expression regulation analysis",
                "Image analysis",
                "Information retrieval",
                "Descriptive statistics",
                "Multivariate analyses",
                "Gene expression differential analysis",
                "Web portals",
                "metatranscriptomics",
                "Chip-Seq",
                "Panels (amplicons, captures)",
                "Exomes",
                "Sequence analysis",
                "Variant analysis",
                "proteomics",
                "Interfaces",
                "Systems Biology",
                "Interoperability",
                "Metabolic network analysis",
                "Genome analysis",
                "Structural and functional annotation of genomes",
                "Statistical Genetics",
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                "Transcript and transcript variant analysis",
                "Transcriptomics (RNA-seq)",
                "Genomics (DNA-seq)",
                "Functional and regulatory pathways comparison",
                "Genomics (Chips)",
                "Cluster",
                "Genomes comparison",
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                "Computing Environments",
                "Data Integration",
                "Data management and transfer",
                "NGS Sequencing Data Analysis",
                "Homology/orthology prediction",
                "Structural Bioinformatics",
                "Phylogenomics",
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                "Sequence annotation",
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                "fqtools",
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                "sartools",
                "shaman",
                "syntview",
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            "description": "La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/) créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO).  Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).\r\nLes missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.\r\nLes principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :\r\n-    L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling\r\n-    L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)\r\n-    L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy\r\n-    L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants\r\n-    La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique\r\n-    L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)\r\n-    Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)",
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            "description": "Bilille est la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, au sein de l'UAR 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé. \r\nBilille est également membre de l'Institut Français de Bioinformatique et bénéficie du label IBiSA délivré par le GIS \"Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie\".",
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            "description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. South Green assure le développement de systèmes d'information originaux tels que GreenPhyl, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD, et propose des pipelines bio-informatiques via les gestionnaires de flux de travail Galaxy et TOGGLe. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.",
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            "description": "La plateforme bioinformatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRAe MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents),  la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"),  la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et  l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.",
            "expertise": [
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            "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.",
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                "E-learning",
                "Tiling",
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            "description": "Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:\r\nPhylogénie et évolution moléculaire.\r\nGénomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).\r\nEléments transposables.\r\nIntreractions hôtes-parasites.\r\nStatistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.\r\nAnalyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.",
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            "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.",
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            "description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.",
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