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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=40&ordering=-affiliatedWith", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&ordering=-affiliatedWith", "results": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "logo_url": "https://bigest.unistra.fr/images/logo_bigest.png", "description": "• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …)\r\n• Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …)\r\n• Génomique structurale, fonctionnelle, comparative\r\n• Protéomique haut-débit et Protéomique structurale\r\n• Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques\r\n• ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans la pathogénicité\r\n• L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes\r\n• Recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine\r\n \r\nLa plateforme BiGEst regroupe plusieurs plateformes/services bioinformatiques dans différents Instituts de recherche à Strasbourg :\r\n \r\nGénétique Moléculaire, Génomique Microbiologie (GMGM)\r\nL'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes peuvent révéler des capacités microbiennes insoupçonnées. Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)\r\nL’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des \"composants infrastructuraux\" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral \"tout ARN\" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)\r\nL’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/\r\n \r\nLaboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)\r\nL'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.\r\n \r\nInstitut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)\r\nL'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.\r\n \r\nInstitut clinique de la souris (ICS - IGBMC)\r\nLe service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).\r\n \r\nInstitut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)\r\nLe Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_2815", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3169", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bigest.unistra.fr/", "unitId": "", "address": "300 boulevard Sébastien Brant", "city": "Illkirch", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 29, "name": "UMR7357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR7357/?format=api" }, { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" }, { "id": 92, "name": "IPHC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IPHC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Sequence analysis", "proteomics", "Genomics (Chips)", "Data collection curation", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "assemble2", "GalaxEast", "macsims", "ngs-qc_generator", "orthoinspector", "pipealign", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/86/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/95/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/233/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/340/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/478/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/501/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.526234", "lng": "7.736750", "updated_at": "2024-11-20T15:38:39.835199Z" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "description": "The GenoToul bioinformatics facility provides access to high-performance computing resources, data analysis and programming expertise. Its permanent staff has many years of experience in supporting scientific programmes (software development, data analysis and training) in biology and bioinformatics. The main axis of development and scientific support include high throughput sequencing data processing (quality control, genome and transcriptome de novo assemblies, variation discovery, diversity analysis,…) and non coding RNA analysis.\r\n\r\nResources include a high-performance informatics hardware infrastructure for large scale storage and computation, major generalist and specialized databank, and open source software.\r\nServices include, training sessions organisation, web sites and virtual machine (VM) hosting, expertise and scientific support to programmes in biology and in bioinformatics.\r\n\r\nThe bioinformatics platform GenoToul Bioinfo is a member platform of the national research infrastructure IFB (Institut Français de Bioinformatique) and is an associated platform of the national research infrastructure France Génomique.\r\n\r\nAt the regional level, GenoToul Bioinfo is one of the platform GenoToul (platform network in Toulouse region).\r\n\r\nGenotoul Bioinfo is recognized as a strategic national platform by IBISA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie). It is one of the strategic national platforms of INRAE (labellised ISC and member of Bioinfomics IR). It depends of the MathNum department. It is certificated ISO9001 since 2010 and NFX50-900 since 2016.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/", "unitId": "", "address": "24 Chemin de Borde Rouge", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 37, "name": "MIAT 0875", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%200875/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "10.1038/s41598-021-01066-z", "10.1016/j.cub.2021.08.030", "10.1093/molbev/msaa249", "10.1093/bioinformatics/btab032", "10.1038/s41467-021-21094-7", "10.1007/978-3-030-73249-3_34", "10.1016/j.msom.2021.10.020", "10.1080/15476286.2020.1869892", "10.7717/peerj.11885", "10.1093/ve/veab093", "10.3389/fgene.2021.655707", "10.1111/raq.12542", "10.7554/eLife.62858", "10.3390/md19080452", "10.3389/fgene.2021.659287", "10.1016/j.isci.2020.101927", "10.1371/journal.pcbi.1009321", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Methylation profiles", "Selection Detection", "Statistical Tests", "Regression", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "Interfaces", "Interoperability", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Phylogenomics", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Workflow development" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "metagwgs" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/740/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/742/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/594/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/191/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/406/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/417/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/470/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/615/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.515910", "lng": "1.498640", "updated_at": "2024-03-11T14:03:41.186788Z" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "description": "La plateforme bioinformatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRAe MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents), la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"), la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://migale.inrae.fr", "unitId": "UR1404", "address": "Domaine de Vilvert\r\nUnité MaIAGE", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 24, "name": "MaIAGE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MaIAGE/?format=api" }, { "id": 25, "name": "UR 1404", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UR%201404/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "10.3389/fimmu.2021.745535", "10.3389/fimmu.2021.742584", "10.1016/j.biortech.2021.126612", "10.3390/nu13113865", "10.1158/1055-9965.epi-21-0188", "10.1128/msystems.00558-21", "10.1038/s41598-021-96967-4", "10.1101/2021.08.18.456644", "10.1038/s41541-021-00351-2", "10.1007/978-1-0716-1641-3_11", "10.1016/j.jenvman.2021.112631", "", "10.1093/bib/bbab318" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - 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Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - 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Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. South Green assure le développement de systèmes d'information originaux tels que GreenPhyl, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD, et propose des pipelines bio-informatiques via les gestionnaires de flux de travail Galaxy et TOGGLe. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": "Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biodiversity", "Evolution and Phylogeny", "Sequence analysis", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "AgroLD", "Banana_Genome_Hub", "Cocoa_Genome_Hub", "Coffee_Genome_Hub", "Gigwa", "", "", "", "Rice_Genome_Hub", "", "SouthGreen_Galaxy", "Sugarcane_Genome_Hub", "toggle", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/544/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/733/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/738/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/544/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/276/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/291/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/519/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/545/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/564/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/584/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.643777", "lng": "3.871175", "updated_at": "2024-03-11T15:29:52.290299Z" }, { "id": 48, "name": "BIG", "logo_url": null, "description": "Le plateau de BioInformatique et Génomique (BIG) de l’Institut Sophia Agrobiotech (INRAE - CNRS - Univ. Côte d’Azur) propose de l’expertise en bioinformatique et des solutions pour le traitement, l’intégration, l’analyse et la visualisation de données multi-omiques dans le domaine de la santé et protection des plantes. BIG dispose d’un savoir-faire en génomique comparative, en transcriptomique et évolution moléculaire. Les outils et les ressources produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique (site web, forge et portails intégratifs) et peuvent répondre à des problématiques similaires rencontrées dans d’autres domaines de recherche. Outre les développements méthodologiques, le plateau propose des accompagnements et des formations aux biologistes dans l’utilisation des outils qu’il produit et plus largement en bioinformatique.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://institut-sophia-agrobiotech.paca.hub.inrae.fr/infrastructure-plantbios", "unitId": "", "address": "Institut Sophia Agrobiotech\r\n400 route des Chappes", "city": "Sophia Antipolis", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.612660", "lng": "7.077920", "updated_at": "2024-03-12T13:08:18.581266Z" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "logo_url": "https://bigest.unistra.fr/images/logo_bigest.png", "description": "• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …)\r\n• Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …)\r\n• Génomique structurale, fonctionnelle, comparative\r\n• Protéomique haut-débit et Protéomique structurale\r\n• Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques\r\n• ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans la pathogénicité\r\n• L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes\r\n• Recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine\r\n \r\nLa plateforme BiGEst regroupe plusieurs plateformes/services bioinformatiques dans différents Instituts de recherche à Strasbourg :\r\n \r\nGénétique Moléculaire, Génomique Microbiologie (GMGM)\r\nL'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes peuvent révéler des capacités microbiennes insoupçonnées. Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)\r\nL’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des \"composants infrastructuraux\" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral \"tout ARN\" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)\r\nL’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/\r\n \r\nLaboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)\r\nL'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.\r\n \r\nInstitut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)\r\nL'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.\r\n \r\nInstitut clinique de la souris (ICS - IGBMC)\r\nLe service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).\r\n \r\nInstitut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)\r\nLe Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_2815", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3169", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bigest.unistra.fr/", "unitId": "", "address": "300 boulevard Sébastien Brant", "city": "Illkirch", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 29, "name": "UMR7357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR7357/?format=api" }, { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" }, { "id": 92, "name": "IPHC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IPHC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Sequence analysis", "proteomics", "Genomics (Chips)", "Data collection curation", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "assemble2", "GalaxEast", "macsims", "ngs-qc_generator", "orthoinspector", "pipealign", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/86/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/95/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/233/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/340/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/478/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/501/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.526234", "lng": "7.736750", "updated_at": "2024-11-20T15:38:39.835199Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Sequence analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Semantic web", "Regulatory network modelling", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Cluster", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z" }, { "id": 19, "name": "PRABI-AMSB", "logo_url": "http://amsb.prabi.fr/amsb-logo.png", "description": "La plateforme PRABI-AMSB propose des services bio-informatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. 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Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Metagenomics", "Sequence Algorithm", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Machine learning", "Tree of Life", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "Interfaces", "Interoperability", "Knowledge mining", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Cluster", "Computing Environments", "NGS Sequencing Data Analysis", "Phylogenomics", "Genes and genomes", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2024-03-27T12:48:38.368305Z" }, { "id": 13, "name": "MBI-DS4H", "logo_url": "https://mbi-ds4h.loria.fr/wp-content/uploads/2021/12/LOGOprovisoireMBI-DS4H-e1638376808693.png", "description": "La plateforme MBI signifie \"Modélisation des biomolécules et de leurs interactions\". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. 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MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3301", "http://edamontology.org/topic_0219" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/", "unitId": "", "address": "2, rue Gaston Crémieux, CP 5706", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 19, "name": "LABGeM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LABGeM/?format=api" }, { "id": 20, "name": "Génomique Métabolique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/G%C3%A9nomique%20M%C3%A9tabolique/?format=api" }, { "id": 21, "name": "Institut François Jacob", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Fran%C3%A7ois%20Jacob/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University of Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 70, "name": "Genoscope", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genoscope/?format=api" }, { "id": 71, "name": "UEVE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UEVE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "NF X50-900" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Metagenomics", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Read alignment on genomes", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Variant analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Genome analysis", "Knowledge mining", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Comparative genomics", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "MicroScope_platform" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/231/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/347/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/431/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/531/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/540/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.623991", "lng": "2.439719", "updated_at": "2024-03-11T14:39:19.501893Z" }, { "id": 9, "name": "MicroScope", "logo_url": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/web/pictures/GENOSCOPE-LABGeM_logo100.png", "description": "L'équipe LABGeM du CEA/Genoscope a développé MicroScope, une plateforme web pour l'analyse des génomes procaryotes et l'annotation fonctionnelle experte. 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PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. 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MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3301", "http://edamontology.org/topic_0219" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/", "unitId": "", "address": "2, rue Gaston Crémieux, CP 5706", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 19, "name": "LABGeM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LABGeM/?format=api" }, { "id": 20, "name": "Génomique Métabolique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/G%C3%A9nomique%20M%C3%A9tabolique/?format=api" }, { "id": 21, "name": "Institut François Jacob", "url": 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