Team List
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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=40&ordering=-address", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&ordering=-address", "results": [ { "id": 42, "name": "BONSAI", "logo_url": "https://www.cristal.univ-lille.fr/bonsai/img/bonsai-rond.jpg", "description": "The team Bonsai has been re-created on January 1, 2011, and is an evolution of the INRIA-LIFL team Sequoia, which was created in 2007. The scientific focus of Bonsai is still very much the same as the one of Sequoia. We work in computational biology, and more specifically o n algorithms for biological sequences analysis. Several topics of Bonsai were already present in Sequoia: Noncoding RNA analysis and non ribosomal peptide synthesis. We also work on further lines of research: Algorithms for Next Generation Sequencing and comparison of sequences at genome scale taking into account rearrangements. These lines of research find their source in the development of new sequencing technologies and the increasing availability of complete genome sequence data. They are supported by strategical collaborations, and they also reinforce the expertise of the team in sequence analysis and genome annotation. The main goal of Bonsai is to define appropriate combinatorial models and efficient algorithms for large-scale sequence analysis in molecular biology.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://radar.inria.fr/report/2011/bonsai/uid0.html", "unitId": "", "address": "Avenue Henri Poincaré 59655 Villeneuve d'Ascq France", "city": "Villeneuve d'Ascq", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "50.606180", "lng": "3.138530", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.081697Z" }, { "id": 27, "name": "Orphanet", "logo_url": "https://www.orpha.net/build/images/logo-orphanet.png", "description": "Orphanet est une base de connaissances sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.orpha.net", "unitId": "", "address": "96 rue Didot", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "HON Code", "IRDiRC Recommended", "Autre" ], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ordo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/518/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/474/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/188/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/171/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/22/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/223/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/227/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/274/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/402/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/463/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/538/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/551/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/567/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/627/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/257/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/451/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/532/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827419", "lng": "2.314518", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.108661Z" }, { "id": 7, "name": "ATGC", "logo_url": "https://www.lirmm.fr/wp-content/uploads/sites/3/2025/11/ATGClogo_LIRMM-300x105-1.jpg", "description": "The bioinformatics platform ATGC is supported by a research team from LIRMM. It has the triple vocation of disseminating the bioinformatics tools developed within the Montpellier community, of encouraging collaborations between computer scientists and biologists, and of providing assistance to these researchers by setting up bioinformatics services directly related to their work. The tools it offers are accessible online free of charge. They can be downloaded and/or run on Cluster IO from Montpellier Mésocentre (ISDM). A major axis of the platform concerns evolutionary studies.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "The ATGC platform aims to braodcast the software systems developed by MAB Team from LIRMM.\r\nThe MAB team (Methods and Algorithms for Bioinformatics) proposes mathematical and algorithmic methods (text and tree algorithms, combinatorial algorithms and optimization, probabilistic modeling, statistical machine learning) to address biological issues such as evolution, phylogeny, comparative genomics", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Text mining", "Structural genomics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2025-11-27T13:24:55.215918Z" }, { "id": 21, "name": "PRABI-Lyon-Gerland", "logo_url": null, "description": "Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:\r\n Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]\r\n Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]\r\n Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]\r\n Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]\r\n Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)\r\n \r\nMots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.\r\n \r\nPrincipaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)\r\n https://geno3d-prabi.ibcp.fr/\r\n https://npsa-prabi.ibcp.fr/\r\n http://sumo-pbil.ibcp.fr\r\n http://espript.ibcp.fr\r\n http://endscript.ibcp.fr\r\nMéthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.\r\nPlusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une \"sous-base\" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine\r\nétudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette \"sous-base\", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.\r\n [SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)\r\n [SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)\r\n [DPM] Double prediction Method (1987)\r\n [MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)\r\n [AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)\r\n \r\nIntégration de methodes- WebicielsServeur NPS@\r\nLe PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.\r\n \r\nServeur Web ESPript/ENDscript\r\nA partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :\r\n1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.\r\n2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues. \r\n3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.\r\nLe serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.\r\n \r\nModélisation moléculaire\r\nUn serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence \"query\" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).\r\n \r\nDocking et sites 3D- chemo-informatique\r\nUne méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.\r\nDans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://prabi.ibcp.fr", "unitId": "", "address": "7 Passage du Vercors\r\n69367 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/593/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/113/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.727764", "lng": "4.825956", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.009659Z" }, { "id": 13, "name": "MBI-DS4H", "logo_url": "https://mbi-ds4h.loria.fr/wp-content/uploads/2021/12/LOGOprovisoireMBI-DS4H-e1638376808693.png", "description": "La plateforme MBI signifie \"Modélisation des biomolécules et de leurs interactions\". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://mbi.loria.fr/", "unitId": "", "address": "615 Rue du Jardin Botanique\r\n54600 Villers-lès-Nancy\r\nFrance", "city": "Villers-lès-Nancy", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 72, "name": "Inria Nancy - Grand-Est research centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Nancy%20-%20Grand-Est%20research%20centre/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "hexserver" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/20/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/140/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/578/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/111/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/112/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/403/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.665526", "lng": "6.157679", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.076000Z" }, { "id": 28, "name": "DAC", "logo_url": "https://plateforme.institutducerveau-icm.org/app/uploads/sites/14/2021/06/cropped-data-analysis-core_2-coul_rvb_gb.png", "description": "Le Data Analysis Core (DAC) apporte au Paris Brain Institute un soutien structurel et une expertise dans le traitement, l'intégration, l'analyse et la gestion de données de plus en plus complexes et volumineuses.\r\nNous accompagnons les scientifiques et les cliniciens depuis la conception des études jusqu'à l'interprétation des données.", "expertise": [], "expertise_description": "Expertise dans le traitement, l'intégration, l'analyse et la gestion de données de plus en plus complexes et volumineuses.", "linkCovid19": "", "homepage": "https://dac.institutducerveau-icm.org/", "unitId": "", "address": "47 boulevard de l'Hôpital", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 41, "name": "Paris Brain Institute", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Paris%20Brain%20Institute/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 41, "name": "Paris Brain Institute", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Paris%20Brain%20Institute/?format=api" } ], "keywords": [ "REDCap", "TumoroteK", "Data management and transfer" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/766/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/767/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/373/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/239/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840212", "lng": "2.363200", "updated_at": "2025-12-01T09:30:20.960116Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.178118Z" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "logo_url": "https://bigest.unistra.fr/images/logo_bigest.png", "description": "The BiGEst platform is a network of platforms and teams providing bioinformatics services in Strasbourg. It is supported by 8 facilities from CNRS, INSERM, and the University of Strasbourg: GMGM, IBMC, IBMP, ICube, IGBMC, INCI, IPHC, and LNCA.\r\nIts missions are to deploy a shared computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics, to provide scientific and technical expertises and to organize training sessions to the scientific community.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_2815", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3169", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "BigEst provides expertise, bioinformatics tools and resources, as well as data-mining algorithms focused on evolutionary and functional analyses across various application areas, including biomedical, plant, structural, yeast, and bacterial studies.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bigest.unistra.fr/", "unitId": "", "address": "300 boulevard Sébastien Brant\r\n67412 Illkirch Graffenstaden", "city": "Strasbourg", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 29, "name": "ICube - Engineering Science Computer Science and Imaging Laboratory", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ICube%20-%20Engineering%20Science%20Computer%20Science%20and%20Imaging%20Laboratory/?format=api" }, { "id": 79, "name": "IBMP", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBMP/?format=api" }, { "id": 92, "name": "IPHC - Hubert Curien Pluridisciplinary Institute", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IPHC%20-%20Hubert%20Curien%20Pluridisciplinary%20Institute/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Machine learning", "Bioinformatics & Biomedical", "Bioinformatics and Plant Genomics", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Cluster", "Data collection curation" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "assemble2", "macsims", "ngs-qc_generator", "orthoinspector", "pipealign", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/833/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/792/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/233/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/340/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/478/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.526234", "lng": "7.736750", "updated_at": "2025-12-01T13:06:36.361961Z" }, { "id": 9, "name": "MicroScope", "logo_url": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/web/pictures/GENOSCOPE-LABGeM_logo100.png", "description": "L'équipe LABGeM du CEA/Genoscope a développé MicroScope, une plateforme web pour l'analyse des génomes procaryotes et l'annotation fonctionnelle experte. MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3301", "http://edamontology.org/topic_0219" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/", "unitId": "", "address": "2, rue Gaston Crémieux, CP 5706", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 19, "name": "LABGeM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LABGeM/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 71, "name": "University of Évry Val d'Essonne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20%C3%89vry%20Val%20d'Essonne/?format=api" }, { "id": 70, "name": "Genoscope", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genoscope/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "NF X50-900" ], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "MicroScope_platform" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/231/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/347/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/431/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/531/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/540/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.623991", "lng": "2.439719", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.065759Z" }, { "id": 40, "name": "EvryRNA", "logo_url": null, "description": "EvryRNA platform is a web server providing various algorithms and bioinformatics tools developed in the laboratory IBISC of UEVE/Genopole, and dedicated to the prediction and the analysis of non-coding RNAs (ncRNAs). These RNAs are regulators of gene expression control and genome stability. They are involved in different biological processes, and some of them, including microRNAs, are known to be involved in many diseases such as cancer and neurodegenerative diseases. Their study provides insight into how living organisms function, including differentiation and cell proliferation, but also to consider new therapeutic approaches for genetic diseases and cancer.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://evryrna.ibisc.univ-evry.fr/evryrna/", "unitId": "", "address": "2 Rue du Facteur Cheval", "city": "Évry-Courcouronnes", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.629863", "lng": "2.424280", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.207385Z" }, { "id": 5, "name": "INCa-SLC", "logo_url": null, "description": "Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'\"International Cancer Genome Consortium\" (ICGC).\r\n \r\nElle a trois missions :\r\n1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d'expression, RNA-seq, DNA-‐eq en génomes complets et en éxomes),\r\n2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-‐débit,\r\n3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d'expression en RNA-‐seq) utile aux équipes biomédicales.\r\n \r\nPour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d'assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.synergielyoncancer.fr/", "unitId": "", "address": "28 rue Laënnec\r\nFondation Synergie Lyon Cancer, Bât. Cheney D\r\n69008 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/335/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/505/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/38/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/218/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/364/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/568/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/579/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/603/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/606/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/620/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.735673", "lng": "4.887571", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.251070Z" }, { "id": 44, "name": "PRABI-PFGT", "logo_url": "https://www.crcl.fr/app/uploads/2021/01/logo.svg", "description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.crcl.fr/les-plateformes/plateforme-de-bioinformatique-gilles-thomas/", "unitId": "", "address": "28 Rue Laennec", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ 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spectometry, classical and SILAC, SWATH\r\nlow-throughput biological data.\r\nThe expertise covers fundamental, translational and clinical research, including clinical trials.\r\nIn all these domain, the platform also develop appropriate methods, implement tools and automatic pipelines, and package and release them publicly or grant on-line access to the community.\r\nSoftware optimisation for high-performance computing is also part of our know-how.\r\nFinally the platform has developed an experience in training biologists, clinicians and bioinformaticians in all above-mentionned fields", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://u900.curie.fr", "unitId": "", "address": "26 rue d’Ulm\r\n75005 Paris\r\nFrance", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "nebula" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/569/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/306/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/170/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/421/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/13/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api", 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L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.054323Z" }, { "id": 41, "name": "Biomics", "logo_url": "https://biomics.pasteur.fr/wp-content/uploads/2019/11/IP_logo.png", "description": "The Biomics Platform is the C2RT structure at Institut Pasteur for Next Generation Sequencing short and long-read technologies. You will find all the detailed information on our services and processes on the Biomics website.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://biomics.pasteur.fr/ask/?ask=Submit+Project", "unitId": "", "address": "25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840340", "lng": "2.310810", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.004481Z" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "description": "The Genotoul-Bioinfo facility is part of the Genotoul GIS. It is a team of the INRAE MIAT unit, part of the MathNum department and member of BioinfOmics (IR INRAE). It has been set up in 2000. Since 2009, it is one of the 13 IBISA bioinformatics platforms. Its missions are to provide computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics (software and databases are available on request) to approximately 1 200 users, to support biologists' projects mainly through collaboration and training, and to develop software for biologists and bioinformaticians.\r\nThe computing and storage infrastructure is composed by around 5000 cores, 83 Tera Byte memory and more than 7.5 Peta Byte disk space.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "expertise_description": "The GenoToul bioinformatics facility provides access to high-performance computing resources, data analysis and programming expertise. Its permanent staff has many years of experience in supporting scientific programmes in biology and bioinformatics. The main axis of development and scientific support include high throughput sequencing data processing ((meta)genomic, pangenomic and biostatistics).", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/", "unitId": "", "address": "24 Chemin de Borde Rouge", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 108, "name": "Genotoul", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genotoul/?format=api" } ], "publications": [ "10.1038/s41467-024-49025-2", "10.1038/s41598-024-60938-2", "10.1038/s41467-024-51032-2", "10.1038/s41467-024-54042-2", "10.21105/joss.06782", "10.3389/fmicb.2024.1377047", "10.21105/joss.06272", "10.1016/j.bbadis.2024.167118", "10.1186/s13059-024-03384-7", "10.1111/zsc.12643", "10.1080/15476286.2024.2417152", "10.1111/mec.17425", "10.1186/s13567-024-01329-3", "10.1128/mbio.02428-24", "10.1038/s41598-021-01066-z", "10.1016/j.cub.2021.08.030", "10.1093/molbev/msaa249", "10.1038/s41467-021-21094-7", "10.1007/978-3-030-73249-3_34", "10.1016/j.msom.2021.10.020", "10.1080/15476286.2020.1869892", "10.7717/peerj.11885", "10.1093/ve/veab093", "10.3389/fgene.2021.655707", "10.1111/raq.12542", "10.7554/eLife.62858", "10.3390/md19080452", "10.3389/fgene.2021.659287", "10.1016/j.isci.2020.101927", "10.1371/journal.pcbi.1009321", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Pangenomic", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Cluster" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "metagwgs" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/822/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/835/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/823/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/824/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/836/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/825/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/827/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/828/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/470/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/615/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.515910", "lng": "1.498640", "updated_at": "2025-12-01T11:00:08.920021Z" }, { "id": 43, "name": "BIOI2", "logo_url": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/wp-content/uploads/2021/01/logo-i2bc-white-1-130x106.png", "description": "La plateforme BIOi2 (ex I2BC bioinfo) est rattachée à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay) qui regroupe plus de 600 personnes dédiées à la recherche sur le fonctionnement de la cellule à toutes ses échelles d’organisation. La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. Elle offre des services de support pour faciliter et améliorer le traitement des données de séquençage NGS, de protéomique ou de biophysique et organise des formations en bioinformatique en lien étroit avec l’IFB.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/", "unitId": "", "address": "1, Avenue de la Terrasse, Bâtiment 21", "city": "GIF-SUR-YVETTE", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.704698", "lng": "2.132366", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.094102Z" }, { "id": 19, "name": "PRABI-AMSB", "logo_url": "http://amsb.prabi.fr/amsb-logo.png", "description": "La plateforme PRABI-AMSB propose des services bio-informatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : Données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://amsb.prabi.fr", "unitId": "", "address": "16 rue Raphael Dubois\r\nBatiment Mendel (2ème étage)", "city": "Villeurbanne Cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 76, "name": "University Lyon 1", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Lyon%201/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.781337", "lng": "4.864753", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.018021Z" }, { "id": 18, "name": "PRABI-HCL", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.lemonde.fr", "unitId": "", "address": "165 chemin du Grand Revoyet\r\nFaculté de Médecine Lyon Sud\r\n69310 Pierre Bénite\r\nFrance", "city": "Bénite", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 59, "name": "LBBE - Laboratory of Biometry and Evolutionary Biology", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE%20-%20Laboratory%20of%20Biometry%20and%20Evolutionary%20Biology/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/337/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/29/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/150/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/212/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/436/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/537/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/428/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.702207", "lng": "4.808651", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.132373Z" }, { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "logo_url": "https://tagc.univ-amu.fr/sites/default/files/logo_tagc_sans_fond_image_2.png", "description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.", "expertise": [], "expertise_description": "coming soon", "linkCovid19": "", "homepage": "https://tagc.univ-amu.fr", "unitId": "", "address": "163 avenue de Luminy\r\nParc Scientifique de Luminy case 928", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ocg", "remap", "rsat" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/464/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/28/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/46/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/260/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/287/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/393/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/457/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/512/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/581/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.231496", "lng": "5.441888", "updated_at": "2025-11-20T14:25:58.238939Z" } ] }
