CBiB
type: Organization
description: The Bordeaux Bioinformatics Centre (CBiB) is a technology platform specialized in the analysis of high-throughput biological data (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, imaging). With strong expertise and the integration of advanced technologies, including artificial intelligence, CBiB supports academic and industrial partners in extracting value from complex data. Its services cover the full data lifecycle, supported by high-performance infrastructures and a multidisciplinary team in bioinformatics.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Bordeaux
  postal code: 33076
  street address: 146 Rue Léo Saignat 33076 Bordeaux France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/467/
number of employees: 4

Systems Biomedicine
type: Organization
description: The advances in high-throughput technologies are providing unprecedented opportunities to better understand human diseases. Recent years have in this context witnessed the accumulation of omics approaches and datasets. Biomedicine is further transitioning from multiomics to multimodal datasets: data are not only available at the molecular omics level, as we now have access to signals and images, but also to various datasets related to disease phenotypes, health databases, or drug chemical similarities. The bottleneck now lies in the analysis and integration of these complex, large-scale and heterogeneous datasets. The Systems Biomedicine team bridges the gaps by harnessing digital expertise and developing novel computational approaches.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Marseille Cedex 05
  postal code: 13385
  street address: Faculté de Médecine de la Timone 27 Bd Jean Moulin
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/
number of employees: 2

URGI
type: Organization
description: URGI (Unit Resources Genomics-Info) is a scientific facility specialised in plant bioinformatics. We publish and integrate genetic, phenomic and genomic data, mainly from plants, and analyse the dynamics of transposable elements in genomes and pangenomes. URGI is ISO 9001:2015 certified and part of the “Institut Français de Bioinformatique” (IFB), the French node of ELIXIR, the European bioinformatics infrastructure for the life sciences. It is also one of the four facilities that form BioinfOmics, INRAE’s bioinformatics research infrastructure.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Versailles
  postal code: 78000
  street address: INRAE Centre de Versailles RD10 - Route de Saint-Cyr 78000 Versailles France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/
number of employees: 13

Bio2M
type: Organization
description: The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …). * Transcriptomics - RNA-Seq * Kmers analysis - [Transipedia](https://transipedia.fr)
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Montpellier
  postal code: 34295
  street address: BioInformatiques et BioMarqueurs INSERM U1183 IRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie Hôpital Saint-Eloi 80, av. Augustin Fliche
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/
number of employees: 4

Bilille
type: Organization
description: Bilille is the Lille bioinformatics and biostatistics platform within the UAR 2014 - US 41 “Plateformes Lilloises en Biologie et Santé”. Bilille is a full member of the French Institute of Bioinformatics and an associated platfom of France Genomique. Bilille is also labelled by the GIS IBiSA. The platform's interdisciplinary and diverse expertise in analysing data from the fields of biological, environmental and health research enables it to offer a wide range of services, from consulting to data analysis and/or software development for research projects. Bilille also offers training courses for students, academic and industrial engineers, and researchers, and provides dedicated access to several computing infrastructures in the form of cloud and cluster resources.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Lille
  postal code: 59000
  street address: Bilille's offices are located across 3 sites in the Lille metropolitan area : - Bâtiment Plateformes-Cancer, 1 place de Verdun, 59000 Lille - campus Cité Scientifique, Bâtiment ESPRIT, 59650 Villeneuve d’Ascq - Institut Pasteur de Lille, Bâtiment E.Roux, 1 rue du Professeur Calmette, 59000 Lille
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member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/
number of employees: 16

Inforbio
type: Organization
description: The InforBio bioinformatics platform provides support and an environment for the analysis of high-throughput sequencing data. We specialize primarily in the analysis of epigenetic data (ChIP-Seq) and RNA sequencing, including bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, and spatial tanscriptomics. We offer our services through scientific services and collaborations, including joint funding requests with partner teams. We develop online analysis pipelines via Galaxy and offer specialized long-term support (IOC program). To facilitate analysis and programming, we provide online tools for statistics (RStudio) and programming (Jupyter), as well as a 1 Petabyte data storage server.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris Cedex 05
  postal code: 75252
  street address: Plateforme de bioinformatique InforBio IBPS & Sorbonne Université Bâtiment B, 7ème étage, porte 725. 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 25
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/808/
number of employees: 3

BONSAI
type: Organization
description: The team Bonsai has been re-created on January 1, 2011, and is an evolution of the INRIA-LIFL team Sequoia, which was created in 2007. The scientific focus of Bonsai is still very much the same as the one of Sequoia. We work in computational biology, and more specifically o n algorithms for biological sequences analysis. Several topics of Bonsai were already present in Sequoia: Noncoding RNA analysis and non ribosomal peptide synthesis. We also work on further lines of research: Algorithms for Next Generation Sequencing and comparison of sequences at genome scale taking into account rearrangements. These lines of research find their source in the development of new sequencing technologies and the increasing availability of complete genome sequence data. They are supported by strategical collaborations, and they also reinforce the expertise of the team in sequence analysis and genome annotation. The main goal of Bonsai is to define appropriate combinatorial models and efficient algorithms for large-scale sequence analysis in molecular biology.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Villeneuve d'Ascq
  postal code: 59655
  street address: Avenue Henri Poincaré 59655 Villeneuve d'Ascq France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/
number of employees: 1

EvryRNA
type: Organization
description: EvryRNA platform is a web server providing various algorithms and bioinformatics tools developed in the laboratory IBISC of UEVE/Genopole, and dedicated to the prediction and the analysis of non-coding RNAs (ncRNAs). These RNAs are regulators of gene expression control and genome stability. They are involved in different biological processes, and some of them, including microRNAs, are known to be involved in many diseases such as cancer and neurodegenerative diseases. Their study provides insight into how living organisms function, including differentiation and cell proliferation, but also to consider new therapeutic approaches for genetic diseases and cancer.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Évry-Courcouronnes
  postal code: 91000
  street address: 2 Rue du Facteur Cheval
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/
number of employees: 1

BiRD
type: Organization
description: BiRD brings together life-science and digital-science research laboratories in Nantes. It supports researchers in managing, integrating, analyzing, and modeling experimental data by providing large-scale storage and computing infrastructure, as well as (bio)informatics tools, standardized analysis pipelines, and training. By pooling human resources, expertise, software, and datasets, BiRD aims to strengthen and sustain bio-analysis capabilities, facilitate the analysis and reuse of heterogeneous data, scale up methods developed by partner teams, and contribute to training in life and digital sciences.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Nantes
  postal code: 44007
  street address: IRS UN, 8 Quai Moncousu
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/54/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/520/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/69/
number of employees: 7

CBPsmn
type: Organization
description: Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon. Concernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise. L'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn. Les serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types: - Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage. - Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage. - Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Lyon cedex 07
  postal code: 69364
  street address: Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon 46, allée d'Italie
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/
number of employees: 1

PB-IBENS
type: Organization
description: The Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) is a facility of the Institut de Biologie de l’ENS (IBENS). It defines, develops and deploys the hardware and software resources that meet the specific bioinformatics needs of researchers. It is responsible for the maintenance and deployment of the computing cluster “BioClust” accessible to all partners of the LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France). PB-IBENS also maintains and supports online tools (web and database servers) developed by the IBENS teams, some of which are labeled by the European Infrastructure Elixir. It is involved in bioinformatics training at the ENS, organises seminars and participates to external courses.
location: PostalAddress
  address country: FRANCE
  address locality: PARIS
  postal code: 75005
  street address: Plateforme Bioinformatique- IBENS UMR8197-U1024 46 rue d’Ulm
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/
number of employees: 3

ATGC
type: Organization
description: The bioinformatics platform ATGC is supported by a research team from LIRMM. It has the triple vocation of disseminating the bioinformatics tools developed within the Montpellier community, of encouraging collaborations between computer scientists and biologists, and of providing assistance to these researchers by setting up bioinformatics services directly related to their work. The tools it offers are accessible online free of charge. They can be downloaded and/or run on Cluster IO from Montpellier Mésocentre (ISDM). A major axis of the platform concerns evolutionary studies.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Montpellier
  postal code: 34090
  street address: 860 rue Saint Priest
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/
number of employees: 11

PRABI-AMSB
type: Organization
description: The PRABI-AMSB (Systems Biology Analysis and Modelling) is a Core facility specializing in bioinformatics, located on the Lyon Tech La Doua campus in Villeurbanne. Our platform is part of the IBISA-certified regional network of PRABI and, at the national level, is a member of the French Institute of Bioinformatics and a partner of the France Génomique infrastructure.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Villeurbanne Cedex
  postal code: 69622
  street address: 16 rue Raphael Dubois Batiment Mendel (2ème étage)
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/
number of employees: 3

EBIO
type: Organization
description: La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette). Les missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010. Les principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants : - L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling - L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire) - L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy - L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants - La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique - L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites) - Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Orsay
  street address: 15 rue George Clémenceau 91000 Orsay France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/
number of employees: 2

Pasteur HUB
type: Organization
description: Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris
  postal code: 75015
  street address: 25 Rue du Dr Roux
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/
number of employees: 8

MIGALE
type: Organization
description: The Migale bioinformatics platform is a team within the INRAe MaIAGE (Applied Mathematics and Computer Science, from the Genome to the Environment) research unit. Since 2003, it has been providing four types of services to the life sciences community: an open infrastructure dedicated to the analysis of life sciences data , the dissemination of expertise in bioinformatics (annual training session “Bioinformatics through practice”), the design and development of bioinformatics applications (genome browser, databases), and the analysis of data in genomics, metagenomics, and metatranscriptomics.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Jouy-en-Josas
  postal code: 78350
  street address: Domaine de Vilvert Unité MaIAGE
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/
number of employees: 12

MicroScope
type: Organization
description: The LABGeM team at CEA/Genoscope has developed MicroScope, a web platform for the analysis of prokaryotic genomes and expert functional annotation. MicroScope combines tools and graphical interfaces to analyze genomes in a comparative and metabolic context. This platform provides data from thousands of genome projects as well as post-genomic experiments, enabling users to improve the understanding of gene functions. Expert annotations are continuously gathered in the MicroScope database, contributing to the improvement of microbial genome annotation quality. MicroScope can be used as a community resource for comparative analysis and annotation of publicly accessible genomes, but also as a private resource with restricted access rights to genomic data.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Evry
  postal code: 91057
  street address: 2, rue Gaston Crémieux, CP 5706
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/
number of employees: 6

Institut Curie - Bioinformatique
type: Organization
description: La Plateforme de Bioinformatique de l’Institut Curie est composée de 20 bioinformaticiens, biostatisticiens et ingénieurs logiciels, qui offrent une expertise multidisciplinaire et apportent un support aux plateformes biotechnologiques de Curie Core Tech, ainsi qu’aux unités de recherche et à hôpital dans leurs activités quotidiennes. Nos compétences portent sur la gestion et l’analyse de données, le développement logiciels et le calcul scientifique. Nous avons cinq missions principales : (1) intégration de données et connaissances, (2) support collaboratif aux biologistes et cliniciens pour l’analyse bioinformatiques et biostatistiques de données, (4) support au calcul scientifique et (5) coordination des activités bioinformatiques au sein de l’Institut Curie.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris
  street address: 26 rue d’Ulm 75005 Paris France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/306/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/569/
number of employees: 14

BIOI2
type: Organization
description: La plateforme BIOi2 (ex I2BC bioinfo) est rattachée à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay) qui regroupe plus de 600 personnes dédiées à la recherche sur le fonctionnement de la cellule à toutes ses échelles d’organisation. La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. Elle offre des services de support pour faciliter et améliorer le traitement des données de séquençage NGS, de protéomique ou de biophysique et organise des formations en bioinformatique en lien étroit avec l’IFB.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: GIF-SUR-YVETTE
  postal code: 91190
  street address: 1, Avenue de la Terrasse, Bâtiment 21
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/
number of employees: 2

Genotoul-bioinfo
type: Organization
description: The Genotoul-Bioinfo facility is part of the Genotoul GIS. It is a team of the INRAE MIAT unit, part of the MathNum department and member of BioinfOmics (IR INRAE). It has been set up in 2000. Since 2009, it is one of the 13 IBISA bioinformatics platforms. Its missions are to provide computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics (software and databases are available on request) to approximately 1 200 users, to support biologists' projects mainly through collaboration and training, and to develop software for biologists and bioinformaticians. The computing and storage infrastructure is composed by around 5000 cores, 83 Tera Byte memory and more than 7.5 Peta Byte disk space.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Castanet Tolosan
  postal code: 31326
  street address: 24 Chemin de Borde Rouge
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/
number of employees: 17

MBI-DS4H
type: Organization
description: La plateforme MBI signifie "Modélisation des biomolécules et de leurs interactions". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Villers-lès-Nancy
  street address: 615 Rue du Jardin Botanique 54600 Villers-lès-Nancy France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/
number of employees: 8

TAGC-BU
type: Organization
description: TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Marseille
  postal code: 13288
  street address: 163 avenue de Luminy Parc Scientifique de Luminy case 928
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/846/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/
number of employees: 11

PRABI-HCL
type: Organization
description: To be completed...
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Bénite
  street address: 165 chemin du Grand Revoyet Faculté de Médecine Lyon Sud 69310 Pierre Bénite France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/
number of employees: 8

AuBi
type: Organization
description: AuBi is the bioinformatics platform of Clermont Auvergne University for life sciences (fundamental biology, microbiology, agronomy, environment, health and epidemiology). AuBi relies on the UCA Mesocentre to promote access to IT facilities for data analysis, storage, bioinformatics training and web service hosting for research. Significant expertise has been developed to support scientific projects in the field of large-scale sequence analysis in genomics, transcriptomics (RNAseq, ChiPseq, etc.) and epigenomic variations (BSseq), metagenomics, metatranscriptomics, metabolomics, molecular dynamics and imaging.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Aubière cedex
  postal code: 63178
  street address: Plateforme AuBi Mésocentre Clermont Auvergne Université Clermont Auvergne 7, avenue Blaise Pascal TSA 60026
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/401/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/
number of employees: 25

IFB Core
type: Organization
description: The mission of the IFB-Core platform is to coordinate the use of resources and activities within the national infrastructure. IFB-Core also acts as the point of contact for the ELIXIR network, of which IFB is the French node (ELIXIR-FR). The IFB-core UAR serves as an interface with various stakeholders in order to set up and administer a multi-site national IT infrastructure (National Network of Computing Resources, NNCR) aimed at pooling resources and bringing together life science communities around tools tailored to their needs.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Villejuif
  postal code: 94800
  street address: IFB-core 7 rue Guy Moquet
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/644/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/785/
number of employees: 41

BiGEst
type: Organization
description: The BiGEst platform is a network of platforms and teams providing bioinformatics services in Strasbourg. It is supported by 8 facilities from CNRS, INSERM, and the University of Strasbourg: GMGM, IBMC, IBMP, ICube, IGBMC, INCI, IPHC, and LNCA. Its missions are to deploy a shared computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics, to provide scientific and technical expertises and to organize training sessions to the scientific community.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Strasbourg
  postal code: 67000
  street address: 300 boulevard Sébastien Brant 67412 Illkirch Graffenstaden
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/
number of employees: 9

MMG-GBIT
type: Organization
description: Our team has been involved for years in different topics. The analysis of the many variations identified during the sequencing process of genes. In order to identify causative mutations, especially if they are missense mutations or null substitutions that only impact mRNA, we developed two tools: UMD-Predictor® to predict the pathogenicity of missense mutations, and the Human Splicing Finder® (HSF) to identify splicing signals and evaluate the impact of mutations on splicing. Locus Specific Databases (LSDBs). Since 1994, our team developed the Universal Mutation Database system (UMD®) an international reference system for the creation of Locus Specific Databases (LSDBs). Patient registries. We also developed through years, patient registries for neuromuscular rare diseases and others.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Marseille
  postal code: 13005
  street address: Faculté de Médecine de la Timone, 27 Bd Jean Moulin
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/49/
number of employees: 3

BiGR
type: Organization
description: ● Bioanalyses Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS) - Microarray : - Gene Expression (Agilent, Affymetrix) - CGH array - microRNA array - NGS (DNA-seq): - Détection de SNP (WES, WGS, TS) - Détection de variants structuraux (LOH, CNV) - ChipSeq - NGS (RNA-seq) : - Analyse différentielle - recherche de transcrit de fusion - recherche de splicing alternatif - detection de SNP par RNA-seq ● Conseil / Support Elaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante "bioinformatique" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plateforme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service. ● Formations Organisation de formations généraliste en interne. Organisation de formations spécifiques, sur demande, dans les locaux des demandeurs (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques) ● R&D Développement /Maintenance de pipelines d’analyse. Développement à facon d’outils d’annotation / de visualisation de données NGS Développement de DB de données génomiques Participation au developpement de DB en médecine personnalisée
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Villejuif
  street address: 114 rue Edouard Vaillant UMS INSERM 23/CNRS 3655 AMMICA 94800 Villejuif France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/413/
number of employees: 7

PACA-Bioinfo
type: Organization
description: PACA Bioinfo's services focus on microbial genomics, metagenomics, comparative genomics, and molecular phylogenetics. It provides the community with various free online tools that can be accessed without prior registration, such as phylogeny.fr and ACDtools. The platform collaborates on genomics and metagenomics projects, providing the main bioinformatics support, particularly for teams at the "Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille". With expertise in analyzing all types of genomes, it focuses in giant viruses.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Marseille
  postal code: 13009
  street address: 163 Avenue de Luminy Case 934
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Marseille
  postal code: 13009
  street address: 163 Avenue de Luminy Case 934
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/
number of employees: 5

P3M
type: Organization
description: To be completed...
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: 2
  street address: UFR Sciences Exactes et Naturelles Moulin de la Housse - Bat. 18 51687 Reims Cedex 2 France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/37/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/42/
number of employees: 2

PRABI-Lyon-Gerland
type: Organization
description: Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:  Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]  Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]  Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]  Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]  Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle) Mots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire. Principaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)  https://geno3d-prabi.ibcp.fr/  https://npsa-prabi.ibcp.fr/  http://sumo-pbil.ibcp.fr  http://espript.ibcp.fr  http://endscript.ibcp.fr Méthodes de prédiction des structures secondaires de protéines. Plusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une "sous-base" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine étudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette "sous-base", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.  [SOPM…
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Lyon
  street address: 7 Passage du Vercors 69367 Lyon France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/
number of employees: 4

INCa-SLC
type: Organization
description: Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'"International Cancer Genome Consortium" (ICGC). Elle a trois missions : 1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d'expression, RNA-­seq, DNA-­‐eq en génomes complets et en éxomes), 2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-­‐débit, 3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d'expression en RNA-­‐seq) utile aux équipes biomédicales. Pour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d'assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Lyon
  street address: 28 rue Laënnec Fondation Synergie Lyon Cancer, Bât. Cheney D 69008 Lyon France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/
number of employees: 11

Biomics
type: Organization
description: The Biomics Platform is the C2RT structure at Institut Pasteur for Next Generation Sequencing short and long-read technologies. You will find all the detailed information on our services and processes on the Biomics website.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris
  postal code: 75015
  street address: 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/
number of employees: 1

South Green
type: Organization
description: South Green is a bioinformatics platform dedicated to the genomics of tropical and Mediterranean plants and their associated pathogens. It brings together bioinformaticians from several units and institutes in Montpellier (CIRAD, INRAE, IRD, and the Alliance Bioversity International and CIAT), who have multidisciplinary expertise in data integration, software development, sequencing data analysis, and high-performance computing. The platform has developed strong expertise in building information systems and visualization tools such as Genome Hubs as well as analytical workflow genome analyses (rnaseq, assemby, pangenomics, phylogenomics etc.).
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Montpellier
  postal code: 34398
  street address: Parc scientifique Agropolis
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/
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member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/
number of employees: 22

RPBS
type: Organization
description: RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris
  postal code: 75013
  street address: 35 rue Hélène Brion
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/
number of employees: 7

DAC
type: Organization
description: The Data Analysis Core facility (DAC) provides the Paris Brain Institute with structural support and expertise in processing, integrating, analyzing and managing increasingly complex and large data. We support scientists and clinicians from study design to data interpretation.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris
  postal code: 75013
  street address: Institut du Cerveau - Paris Brain Institute Center for Data Science and AI 187 Rue du Chevaleret 75013 Paris, France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/834/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/373/
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member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/766/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/
number of employees: 6

IMGT
type: Organization
description: IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, is the international reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 at the University of Montpellier and the CNRS. IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Montpellier Cede 5
  postal code: 34093
  street address: Faculté de Pharmacie, 15 avenue Charles Flahault
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/
number of employees: 5

BIG
type: Organization
description: Le plateau de BioInformatique et Génomique (BIG) de l’Institut Sophia Agrobiotech (INRAE - CNRS - Univ. Côte d’Azur) propose de l’expertise en bioinformatique et des solutions pour le traitement, l’intégration, l’analyse et la visualisation de données multi-omiques dans le domaine de la santé et protection des plantes. BIG dispose d’un savoir-faire en génomique comparative, en transcriptomique et évolution moléculaire. Les outils et les ressources produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique (site web, forge et portails intégratifs) et peuvent répondre à des problématiques similaires rencontrées dans d’autres domaines de recherche. Outre les développements méthodologiques, le plateau propose des accompagnements et des formations aux biologistes dans l’utilisation des outils qu’il produit et plus largement en bioinformatique.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Sophia Antipolis
  postal code: 06410
  street address: Institut Sophia Agrobiotech 400 route des Chappes
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/
number of employees: 1

Orphanet
type: Organization
description: Orphanet est une base de connaissances sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Paris
  postal code: 75014
  street address: 96 rue Didot
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/474/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/518/
number of employees: 18

PRABI-Lyon-Grenoble
type: Organization
description: Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier: Phylogénie et évolution moléculaire. Génomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes). Eléments transposables. Intreractions hôtes-parasites. Statistiques appliquées à l'écologie et l'évolution. Analyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Villeurbanne
  street address: Université Claude Bernard – Lyon 1 43 boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/
number of employees: 29

Genotoul-biostat
type: Organization
description: To be completed...
location: PostalAddress
number of employees: 1

GenOuest
type: Organization
description: Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques, des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Rennes
  postal code: 35042
  street address: IRISA-INRIA Campus de Beaulieu 263 avenue du Général Leclerc
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/
number of employees: 5

ABiMS
type: Organization
description: The mission of the ABiMS platform at the Roscoff Biological Station is to train and support researchers from the marine community and, more broadly, the life sciences, to analyze their data using bioinformatics methods. ABiMS belong to the French Institute of Bioinformatics (IFB) and the Bioinformatics Axe of the Regional project BioGenOuest. Through its interactions with research units, ABiMS is a partner in several national and European research projects involving the development of bioanalysis activities, software engineering and scientific computing infrastructures. The ABIMS platform has notably developed a strong expertise in the analysis of RNAseq data of non-model species. It has also contributed in the development of reference databases for both observational and genomic data.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Roscoff
  postal code: 29680
  street address: Place Georges Teissier - Station Biologique de Roscoff
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/
number of employees: 5

PRABI-PFGT
type: Organization
description: La plateforme de Bioinformatique "Gilles Thomas", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Lyon
  postal code: 69008
  street address: 28 Rue Laennec
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/
number of employees: 1

CENTURI-MEP
type: Organization
description: La Plateforme Multi-Ingénierie pour les Systèmes Vivants (AMU/CNRS UAR 2027 / INSERM US 60) rassemble des ingénieurs experts en bioinformatique, analyse d’images, mécatronique et développement logiciel. Ses ingénieurs accompagnent et conseillent les chercheurs dans leurs questions d’ingénierie et d’analyse de données, et participent à des projets de recherche sur le long terme dans le cadre de collaborations scientifiques. En complément de ses activités de service, la plateforme développe une offre de formation et d’accompagnement à destination des chercheurs et des doctorants.
location: PostalAddress
  address country: France
  address locality: Marseille
  postal code: 13288
  street address: Étage 0 – Bâtiment TPR2-AMU Campus de Luminy 13288 MARSEILLE Cedex 09 France
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/860/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/863/
member: https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/859/
number of employees: 7