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"description": "The Biomics Platform is the C2RT structure at Institut Pasteur for Next Generation Sequencing short and long-read technologies. You will find all the detailed information on our services and processes on the Biomics website.",
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"description": "La plateforme bioinformatique accessible, reproductible et transparente de l’Institut de Biologie Paris Seine ((ex ARTbio) apporte un soutien aux biologistes et aux médecines pour la génomique fonctionnelle et la médecine de précision. Elle est implantée sur le campus de Jussieu de la faculté des sciences de l’Université de la Sorbonne et est également fortement impliquée dans la recherche clinique en tant que partenaire du SIRIC Curamus qui regroupe les efforts en cancérologie des cinq hôpitaux universitaire de SU. Inforbio exploite deux serveux Galaxy publics, https://mississippi.fr et https://usegalaxy.sorbonne-universite.fr, qui fournissent des environnements pour le profilage de petits ARN et l'analyse de variantes. Il fournit également des serveurs publics pour les analyses R ainsi que pour le stockage des données. Un troisième serveur Galaxy est dédié aux projets des utilisateurs d’Inforbio. Inforbio développe des logiciels de bioinformatique open source, dont la plupart sont disponibles sous forme de plugins Galaxy (plus de 48 outils disponibles sur https://github.com/ARTbio/tools-artbio) Outre l’accompagnement de projets utilisateurs sous contrat, ARTbio maintient ses propres lignes de recherche afin de développer une expertise de haut niveau dans trois domaines spécifiques: la biologie des petits ARN et des petits ARN viraux, les méthodes statistiques et d’apprentissage machine pour l’analyse des ARNseq unicellulaires, et les mutations de prédisposition à la leucémie myéloïde aiguë chez les enfants et les jeunes adultes (partenaire du projet CONECT-AML INCA). ARTbio a défini la formation en bioinformatique comme une priorité absolue pour les années à venir. Ainsi, en plus de l’organisation de sessions de formation régulières, ARTbio est aujourd’hui connu pour son offre de compagnonnage et mène également le projet STARTbio pour un Diplôme Universitaire en Bioinformatique à l’Université Sorbonne, basé sur une approche pratique des analyses ainsi que sur une forte utilisation des outils d’e-learning (vidéoconférences et tutoriels exécutables). ...",
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"homepage": "https://www.artbio.fr",
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"address": "Plateforme de bioinformatique ARTbio\r\nIBPS & Sorbonne Université \r\nBâtiment B, 7ème étage, porte 725.\r\n9, Quai St Bernard, \r\nBoîte courrier 25",
"city": "Paris Cedex 05",
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"id": 52,
"name": "CNRS",
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"NGS Sequencing Data Analysis"
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"id": 21,
"name": "PRABI-Lyon-Gerland",
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"description": "Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:\r\n Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]\r\n Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]\r\n Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]\r\n Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]\r\n Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)\r\n \r\nMots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.\r\n \r\nPrincipaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)\r\n https://geno3d-prabi.ibcp.fr/\r\n https://npsa-prabi.ibcp.fr/\r\n http://sumo-pbil.ibcp.fr\r\n http://espript.ibcp.fr\r\n http://endscript.ibcp.fr\r\nMéthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.\r\nPlusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une \"sous-base\" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine\r\nétudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette \"sous-base\", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.\r\n [SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)\r\n [SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)\r\n [DPM] Double prediction Method (1987)\r\n [MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)\r\n [AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)\r\n \r\nIntégration de methodes- WebicielsServeur NPS@\r\nLe PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.\r\n \r\nServeur Web ESPript/ENDscript\r\nA partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :\r\n1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.\r\n2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues. \r\n3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.\r\nLe serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.\r\n \r\nModélisation moléculaire\r\nUn serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence \"query\" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).\r\n \r\nDocking et sites 3D- chemo-informatique\r\nUne méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.\r\nDans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.",
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"address": "7 Passage du Vercors\r\n69367 Lyon\r\nFrance",
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"RIO"
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"keywords": [
"Comparative and de novo structure modeling",
"Post-translational modifications",
"Sequence Algorithm",
"Sequence analysis",
"Structure analysis",
"homology and structural pattern matching",
"Homology/orthology prediction",
"Structural Bioinformatics",
"Predictions of structural properties",
"Sequence annotation",
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"Biomédical",
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"description": "La plateforme PRABI-AMSB propose des services bio-informatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : Données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).",
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"homepage": "http://amsb.prabi.fr",
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"address": "16 rue Raphael Dubois\r\nBatiment Mendel (2ème étage)",
"city": "Villeurbanne Cedex",
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"Methodology",
"Biostatistics",
"Cloud",
"Ecology",
"Biodiversity",
"Microbial ecology",
"Ecological modelling",
"Metagenomics",
"Sequence Algorithm",
"Evolution and Phylogeny",
"Molecular evolution",
"Tree of Life",
"Selection Detection",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Supertrees and Reconciliations",
"Statistical Tests",
"Regression",
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"Descriptive statistics",
"Multivariate analyses",
"Gene expression differential analysis",
"Web portals",
"metatranscriptomics",
"Sequence analysis",
"Variant analysis",
"Interfaces",
"System modeling",
"Systems Biology",
"Metabolomics and Fluxomics",
"Genome analysis",
"Functioning of complex biological systems",
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"Complete genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (DNA-seq)",
"Genomics (Chips)",
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"Genomes comparison",
"Data collection curation",
"Comparative genomics",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Homology/orthology prediction",
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"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
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"Biologie",
"Environnement"
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"ifbMembership": "Member platform",
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{
"id": 3,
"name": "Bilille",
"logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png",
"description": "Bilille est la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, au sein de l'UAR 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé. \r\nBilille est également membre de l'Institut Français de Bioinformatique et bénéficie du label IBiSA délivré par le GIS \"Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie\".",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_0091",
"http://edamontology.org/topic_0769",
"http://edamontology.org/topic_2269"
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"homepage": "https://bilille.univ-lille.fr",
"unitId": "UAR 2014 - US 41 - PLBS",
"address": "Plateforme de bioinformatique et de biostatistique de Lille\r\nBâtiment Esprit, avenue Paul Langevin,\r\n59650 Vileneuve-d'Ascq",
"city": "Lille",
"country": "France",
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"publications": [
""
],
"certifications": [
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"France-Génomique"
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"fundedBy": [
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"id": 52,
"name": "CNRS",
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},
{
"id": 66,
"name": "UDL",
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}
],
"keywords": [
"Methodology",
"Biostatistics",
"Metagenomics",
"CGH",
"Expression",
"Small and long non-coding RNAs",
"Sequence Algorithm",
"DNA biochips",
"RNA biochips",
"Immunogenetics",
"Immune repertoire analysis",
"Immunoinformatics",
"Statistical differential analysis",
"Evolution and Phylogeny",
"Molecular evolution",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Read alignment on genomes",
"Statistical Tests",
"Regression",
"Dimension reduction",
"Gene expression regulation analysis",
"Descriptive statistics",
"Multivariate analyses",
"Gene expression differential analysis",
"Web portals",
"metatranscriptomics",
"Chip-Seq",
"Panels (amplicons, captures)",
"Exomes",
"Sequence analysis",
"Variant analysis",
"proteomics",
"Interfaces",
"Interoperability",
"Genome analysis",
"Structural and functional annotation of genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (DNA-seq)",
"Genomics (Chips)",
"Genomes comparison",
"Comparative genomics",
"Data Integration",
"Data management and transfer",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Structural Bioinformatics",
"Données",
"Genes and genomes",
"Sequence annotation",
"Pattern matching",
"Multiple sequence alignment",
"Toolkit",
"Tool integration",
"Workflow development",
"Databases and information systems",
"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical",
"Environnement",
"Informatique"
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"carnac",
"crac",
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"NORINE",
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"ifbMembership": "Member platform",
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"id": 38,
"name": "PB-IBENS",
"logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png",
"description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3316",
"http://edamontology.org/topic_3489"
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"linkCovid19": "",
"homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55",
"unitId": "UMR8197",
"address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm",
"city": "PARIS",
"country": "FRANCE",
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"affiliatedWith": [],
"publications": [
"10.1093/nar/gkab1091",
""
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{
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"name": "IBENS",
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"orgid": "grid.462036.5",
"tools": [
"GENOMICUS",
"Genomicus-fungi",
"Genomicus-metazoa",
"Genomicus-Plants",
"Genomicus-protists"
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"id": 14,
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"description": "• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …)\r\n• Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …)\r\n• Génomique structurale, fonctionnelle, comparative\r\n• Protéomique haut-débit et Protéomique structurale\r\n• Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques\r\n• ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans la pathogénicité\r\n• L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes\r\n• Recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine\r\n \r\nLa plateforme BiGEst regroupe plusieurs plateformes/services bioinformatiques dans différents Instituts de recherche à Strasbourg :\r\n \r\nGénétique Moléculaire, Génomique Microbiologie (GMGM)\r\nL'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes peuvent révéler des capacités microbiennes insoupçonnées. Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)\r\nL’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des \"composants infrastructuraux\" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral \"tout ARN\" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)\r\nL’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/\r\n \r\nLaboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)\r\nL'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.\r\n \r\nInstitut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)\r\nL'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.\r\n \r\nInstitut clinique de la souris (ICS - IGBMC)\r\nLe service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).\r\n \r\nInstitut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)\r\nLe Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)",
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"http://edamontology.org/topic_2815",
"http://edamontology.org/topic_3391",
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"Sequence analysis",
"proteomics",
"Genomics (Chips)",
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"description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3170",
"http://edamontology.org/topic_0091",
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"Transcriptomics",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)"
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"name": "CBPsmn",
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"description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)",
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"address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie",
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"name": "PRABI-Lyon-Grenoble",
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"description": "Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:\r\nPhylogénie et évolution moléculaire.\r\nGénomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).\r\nEléments transposables.\r\nIntreractions hôtes-parasites.\r\nStatistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.\r\nAnalyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.",
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"address": "Université Claude Bernard – Lyon 1\r\n43 boulevard du 11 Novembre 1918\r\n69622 Villeurbanne\r\nFrance",
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"Biostatistics",
"Cloud",
"Ecology",
"Biodiversity",
"Microbial ecology",
"Ecological modelling",
"Sequence Algorithm",
"Molecular evolution",
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"Tree of Life",
"Biological network inference and analysis",
"Selection Detection",
"Supertrees and Reconciliations",
"Statistical Tests",
"Regression",
"Dimension reduction",
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"Interfaces",
"Population Genetics",
"Cluster",
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"Comparative genomics",
"Computing Environments",
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"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
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"id": 9,
"name": "MicroScope",
"logo_url": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/web/pictures/GENOSCOPE-LABGeM_logo100.png",
"description": "L'équipe LABGeM du CEA/Genoscope a développé MicroScope, une plateforme web pour l'analyse des génomes procaryotes et l'annotation fonctionnelle experte. MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_0622",
"http://edamontology.org/topic_3301",
"http://edamontology.org/topic_0219"
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"homepage": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/",
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"address": "2, rue Gaston Crémieux, CP 5706",
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"France-Génomique",
"ISO 9001",
"NF X50-900"
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"keywords": [
"Methodology",
"Metagenomics",
"Metabolic Network Modelling",
"Sequence Algorithm",
"Machine learning",
"Read alignment on genomes",
"Gene expression differential analysis",
"Web portals",
"metatranscriptomics",
"Variant analysis",
"Interfaces",
"System modeling",
"Systems Biology",
"Interoperability",
"Genome analysis",
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"Complete genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (DNA-seq)",
"Functional and regulatory pathways comparison",
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"Knowledge representation",
"Genomes comparison",
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"Comparative genomics",
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"NGS Sequencing Data Analysis",
"Homology/orthology prediction",
"Sequence annotation",
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"Toolkit",
"Tool integration",
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"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
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"fields": [
"Biomédical",
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"Environnement",
"Biotechnologie"
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"MicroScope_platform"
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{
"id": 13,
"name": "MBI-DS4H",
"logo_url": "https://mbi-ds4h.loria.fr/wp-content/uploads/2021/12/LOGOprovisoireMBI-DS4H-e1638376808693.png",
"description": "La plateforme MBI signifie \"Modélisation des biomolécules et de leurs interactions\". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales.",
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"homepage": "http://mbi.loria.fr/",
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"address": "615 Rue du Jardin Botanique\r\n54600 Villers-lès-Nancy\r\nFrance",
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"Structural Bioinformatics"
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"name": "BONSAI",
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"description": "The team Bonsai has been re-created on January 1, 2011, and is an evolution of the INRIA-LIFL team Sequoia, which was created in 2007. The scientific focus of Bonsai is still very much the same as the one of Sequoia. We work in computational biology, and more specifically o n algorithms for biological sequences analysis. Several topics of Bonsai were already present in Sequoia: Noncoding RNA analysis and non ribosomal peptide synthesis. We also work on further lines of research: Algorithms for Next Generation Sequencing and comparison of sequences at genome scale taking into account rearrangements. These lines of research find their source in the development of new sequencing technologies and the increasing availability of complete genome sequence data. They are supported by strategical collaborations, and they also reinforce the expertise of the team in sequence analysis and genome annotation. The main goal of Bonsai is to define appropriate combinatorial models and efficient algorithms for large-scale sequence analysis in molecular biology.",
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"homepage": "https://radar.inria.fr/report/2011/bonsai/uid0.html",
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"address": "Avenue Henri Poincaré 59655 Villeneuve d'Ascq France",
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{
"id": 16,
"name": "BiRD",
"logo_url": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/images/logo/logo.svg",
"description": "Le BiRD est cogéré par l'ITX et le LS2N, et emploie six biologistes computationnels. Grâce aux compétences de ce personnel dévoué et hautement qualifié, BiRD conseille, propose et développe des services bioinformatiques basés sur des données de séquençage à haut débit. Le BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des flux de travail bio-informatiques dédiés qui normalisent le traitement des données brutes jusqu'à leur importance biologique. Sur la base de ces expertises, nous proposons à nos utilisateurs des formations sur l'analyse des données ou les langages de programmation. Ces services sont soutenus par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée, accessible à distance via plusieurs services et ouverte à tous les scientifiques, quelle que soit leur institution d'accueil.",
"expertise": [],
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"homepage": "http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/",
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"address": "IRS UN, 8 Quai Moncousu",
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"affiliatedWith": [
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""
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"id": 52,
"name": "CNRS",
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{
"id": 56,
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"keywords": [
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"Microbial ecology",
"Metabolic engineering",
"Multi-scale analysis and modelling",
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"Panels (amplicons, captures)",
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"Cluster",
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"Données",
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"Biologie",
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{
"id": 43,
"name": "BIOI2",
"logo_url": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/wp-content/uploads/2021/01/logo-i2bc-white-1-130x106.png",
"description": "La plateforme BIOi2 (ex I2BC bioinfo) est rattachée à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay) qui regroupe plus de 600 personnes dédiées à la recherche sur le fonctionnement de la cellule à toutes ses échelles d’organisation. La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. Elle offre des services de support pour faciliter et améliorer le traitement des données de séquençage NGS, de protéomique ou de biophysique et organise des formations en bioinformatique en lien étroit avec l’IFB.",
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"homepage": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/",
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"address": "1, Avenue de la Terrasse, Bâtiment 21",
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api"
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"id": 48,
"name": "BIG",
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"description": "Le plateau de BioInformatique et Génomique (BIG) de l’Institut Sophia Agrobiotech (INRAE - CNRS - Univ. Côte d’Azur) propose de l’expertise en bioinformatique et des solutions pour le traitement, l’intégration, l’analyse et la visualisation de données multi-omiques dans le domaine de la santé et protection des plantes. BIG dispose d’un savoir-faire en génomique comparative, en transcriptomique et évolution moléculaire. Les outils et les ressources produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique (site web, forge et portails intégratifs) et peuvent répondre à des problématiques similaires rencontrées dans d’autres domaines de recherche. Outre les développements méthodologiques, le plateau propose des accompagnements et des formations aux biologistes dans l’utilisation des outils qu’il produit et plus largement en bioinformatique.",
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"homepage": "https://institut-sophia-agrobiotech.paca.hub.inrae.fr/infrastructure-plantbios",
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"city": "Sophia Antipolis",
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{
"id": 27,
"name": "Orphanet",
"logo_url": "https://www.orpha.net/build/images/logo-orphanet.png",
"description": "Orphanet est une base de connaissances sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité.",
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"homepage": "http://www.orpha.net",
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"address": "96 rue Didot",
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"keywords": [
"Machine learning",
"Web portals",
"Ontologies",
"Interfaces",
"Interoperability",
"Semantic web",
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"Data Integration",
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"Biomédical"
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"ordo"
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{
"id": 7,
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"logo_url": "http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg",
"description": "La plateforme bioinformatique de l'ATGC fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3372"
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"linkCovid19": "",
"homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/",
"unitId": "UMR5506",
"address": "860 rue Saint Priest",
"city": "Montpellier",
"country": "France",
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],
"publications": [
"10.1007/978-3-642-00982-2_60",
"10.1186/1471-2105-9-166",
"10.1093/sysbio/syq002",
"10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808",
"10.1080/10635150390235520",
"10.1093/nar/gki352",
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"description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.",
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"description": "La plateforme bioinformatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRAe MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents), la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"), la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.",
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{
"id": 32,
"name": "MMG-GBIT",
"logo_url": "https://geneticsandbioinformatics.eu/img/logo_gb.png",
"description": "La plateforme MMG-GBIT IFB est liée à l'équipe de recherche Bio-informatique & Génétique de l'Inserm U1251. Elle bénéficie de cette forte interaction et met à la disposition des utilisateurs l'expertise de l'équipe en génétique humaine, maladies rares et oncogénétique ainsi que l'analyse des données NGS. Il fournit des systèmes de référence internationaux pour collecter, annoter, filtrer et interpréter les données de génétique humaine en relation avec les maladies. Ces outils, bases de données, registres et observatoires ont déjà reçu des millions de requêtes dans le monde entier. En outre, nous proposons des formations et pouvons aider les chercheurs pour tout projet bio-informatique ou développement d'outils liés à la génétique humaine, de la conception à l'analyse.",
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"address": "Faculté de Médecine de la Timone, \r\n27 Bd Jean Moulin",
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{
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"name": "PRABI-HCL",
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"description": "To be completed...",
"expertise": [],
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"homepage": "http://www.lemonde.fr",
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"address": "165 chemin du Grand Revoyet\r\nFaculté de Médecine Lyon Sud\r\n69310 Pierre Bénite\r\nFrance",
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"id": 34,
"name": "UMR 5558",
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{
"id": 4,
"name": "IFB",
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"Aucun des termes ci-dessus ne convient"
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"Biologie",
"Biomédical",
"Biotechnologie"
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{
"id": 1,
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"description": "La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/) créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).\r\nLes missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.\r\nLes principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :\r\n- L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling\r\n- L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)\r\n- L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy\r\n- L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants\r\n- La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique\r\n- L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)\r\n- Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "http://ebio.u-psud.fr/",
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"address": "15 rue George Clémenceau\r\n91000 Orsay\r\nFrance",
"city": "Orsay",
"country": "France",
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"affiliatedWith": [
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"id": 22,
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{
"id": 52,
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{
"id": 64,
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],
"publications": [
""
],
"certifications": [
"Label IBiSA"
],
"fundedBy": [
{
"id": 52,
"name": "CNRS",
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}
],
"keywords": [
"Methodology",
"Cloud",
"Metagenomics",
"Small and long non-coding RNAs",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Gene expression differential analysis",
"metatranscriptomics",
"Structural and functional annotation of genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Cluster",
"Sequence annotation",
"Pattern matching",
"Tool integration",
"Workflow development",
"Databases and information systems"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical",
"Agro-alimentaire",
"Environnement"
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"crisprfinder",
"erpin",
"synttax"
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"technicalLeaders": [
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],
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/244/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/605/?format=api"
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"maintainers": [],
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"closing_date": "2023-03-15",
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"updated_at": "2024-03-11T15:08:15.690122Z"
},
{
"id": 6,
"name": "CBiB",
"logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png",
"description": "Le CBiB est une installation bioinformatique de base qui donne accès à des ressources informatiques de haute performance, à l'analyse de données biologiques et à une expertise en programmation. Ces ressources permettent aux scientifiques et aux laboratoires privés de répondre aux besoins en bioinformatique de leurs recherches de manière efficace et rentable. Nous offrons des technologies de pointe pour travailler avec des données cliniques, translationnelles et de sciences fondamentales, de l'acquisition et du stockage à l'analyse et au partage. Nos ressources sont sécurisées et conformes aux normes. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de bio-informatique fournit des services complets d'analyse et d'intégration d'ADN, d'ARN, de métabolomique, de protéomique et de données d'images.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3391",
"http://edamontology.org/topic_3517",
"http://edamontology.org/topic_3941",
"http://edamontology.org/topic_0121",
"http://edamontology.org/topic_0203",
"http://edamontology.org/topic_0196",
"http://edamontology.org/topic_0080",
"http://edamontology.org/topic_0091",
"http://edamontology.org/topic_3307"
],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://www.cbib.u-bordeaux.fr/",
"unitId": "",
"address": "146 Rue Léo Saignat\r\n33076 Bordeaux\r\nFrance",
"city": "Bordeaux",
"country": "France",
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"projects": [],
"affiliatedWith": [],
"publications": [
""
],
"certifications": [
"Label IBiSA",
"ISO 9001",
"CNOC (INRA)",
"NF X50-900"
],
"fundedBy": [
{
"id": 91,
"name": "Université de Bordeaux",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Bordeaux/?format=api"
}
],
"keywords": [
"Ecology",
"Immunogenetics",
"Machine learning",
"Sequence analysis",
"proteomics",
"Systems Biology",
"Metabolomics and Fluxomics",
"Data collection curation",
"Comparative genomics",
"NGS Sequencing Data Analysis"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical",
"Agro-alimentaire",
"Environnement"
],
"orgid": "057qpr032",
"tools": [
"xeml-lab",
"mix",
"molligen",
"tango",
"xheinz"
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"deputies": [],
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"technicalLeaders": [
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"members": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/67/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/467/?format=api"
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"maintainers": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api"
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"ifbMembership": "Member platform",
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"closing_date": null,
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"updated_at": "2024-03-11T13:39:29.367122Z"
},
{
"id": 24,
"name": "South Green",
"logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png",
"description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. South Green assure le développement de systèmes d'information originaux tels que GreenPhyl, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD, et propose des pipelines bio-informatiques via les gestionnaires de flux de travail Galaxy et TOGGLe. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "http://www.southgreen.fr",
"unitId": "",
"address": "Agropolis",
"city": "Montpellier",
"country": "France",
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{
"id": 50,
"name": "CIRAD",
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{
"id": 82,
"name": "INRAE",
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{
"id": 85,
"name": "IRD",
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},
{
"id": 86,
"name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api"
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],
"publications": [
""
],
"certifications": [],
"fundedBy": [
{
"id": 50,
"name": "CIRAD",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api"
},
{
"id": 82,
"name": "INRAE",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
}
],
"keywords": [
"Biodiversity",
"Evolution and Phylogeny",
"Sequence analysis",
"Comparative genomics",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Structural Bioinformatics",
"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
],
"fields": [
"Biologie",
"Agro-alimentaire",
"Environnement",
"Biotechnologie",
"Informatique"
],
"orgid": null,
"tools": [
"AgroLD",
"Banana_Genome_Hub",
"Cocoa_Genome_Hub",
"Coffee_Genome_Hub",
"Gigwa",
"",
"",
"",
"Rice_Genome_Hub",
"",
"SouthGreen_Galaxy",
"Sugarcane_Genome_Hub",
"toggle",
""
],
"services": [],
"leaders": [],
"deputies": [],
"scientificLeaders": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/544/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api",
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"technicalLeaders": [
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"members": [
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"maintainers": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api"
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"ifbMembership": "Member platform",
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"updated_at": "2024-03-11T15:29:52.290299Z"
},
{
"id": 11,
"name": "Pasteur HUB",
"logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png",
"description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3372"
],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/",
"unitId": "",
"address": "25 Rue du Dr Roux",
"city": "Paris",
"country": "France",
"communities": [],
"projects": [],
"affiliatedWith": [
{
"id": 26,
"name": "C3BI-USR 3756",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/C3BI-USR%203756/?format=api"
},
{
"id": 48,
"name": "Institut Pasteur",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api"
}
],
"publications": [
"",
"10.21105/joss.00698",
"10.1093/bioinformatics/btab070"
],
"certifications": [],
"fundedBy": [
{
"id": 48,
"name": "Institut Pasteur",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api"
}
],
"keywords": [
"Methodology",
"QTL Localization",
"Biostatistics",
"Metagenomics",
"Expression",
"Small and long non-coding RNAs",
"GPU",
"Quantification",
"E-learning",
"Tiling",
"Sequence Algorithm",
"DNA biochips",
"RNA biochips",
"Statistical differential analysis",
"Evolution and Phylogeny",
"Molecular evolution",
"Methylation profiles",
"Machine learning",
"Chromatin accessibility",
"Chromosome conformation analysis",
"Bioimaging",
"Visualization",
"Biological network inference and analysis",
"Selection Detection",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Read alignment on genomes",
"Supertrees and Reconciliations",
"Statistical Tests",
"Regression",
"Dimension reduction",
"Gene expression regulation analysis",
"Image analysis",
"Information retrieval",
"Descriptive statistics",
"Multivariate analyses",
"Gene expression differential analysis",
"Web portals",
"metatranscriptomics",
"Chip-Seq",
"Panels (amplicons, captures)",
"Exomes",
"Sequence analysis",
"Variant analysis",
"proteomics",
"Interfaces",
"Systems Biology",
"Interoperability",
"Metabolic network analysis",
"Genome analysis",
"Structural and functional annotation of genomes",
"Statistical Genetics",
"Quantitative proteomics",
"Complete genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (DNA-seq)",
"Functional and regulatory pathways comparison",
"Genomics (Chips)",
"Cluster",
"Genomes comparison",
"Comparative genomics",
"Computing Environments",
"Data Integration",
"Data management and transfer",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Homology/orthology prediction",
"Structural Bioinformatics",
"Phylogenomics",
"Données",
"Mapping",
"Sequence annotation",
"Pattern matching",
"Multiple sequence alignment",
"Tool integration",
"Workflow development",
"Parallelization",
"Databases and information systems"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical"
],
"orgid": null,
"tools": [
"edam-browser",
"fqtools",
"macsyfinder",
"memhdx",
"sartools",
"shaman",
"syntview",
"VHRdb"
],
"services": [],
"leaders": [],
"deputies": [],
"scientificLeaders": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api"
],
"technicalLeaders": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api"
],
"members": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api",
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"maintainers": [
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api"
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"ifbMembership": "Member platform",
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"closing_date": null,
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"updated_at": "2024-03-12T07:35:38.727469Z"
},
{
"id": 46,
"name": "IMGT",
"logo_url": "https://www.imgt.org/images/logo_IMGT.png",
"description": "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, is the international reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 at the University of Montpellier and the CNRS. IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates.",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://www.imgt.org/",
"unitId": "",
"address": "Faculté de Pharmacie, \r\n15 avenue Charles Flahault",
"city": "Montpellier Cede 5",
"country": "France",
"communities": [],
"projects": [],
"affiliatedWith": [],
"publications": [
""
],
"certifications": [],
"fundedBy": [
{
"id": 52,
"name": "CNRS",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api"
},
{
"id": 99,
"name": "Université de Montpellier",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Montpellier/?format=api"
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],
"keywords": [],
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"maintainers": [
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"ifbMembership": "Member platform",
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{
"id": 25,
"name": "TAGC-BU",
"logo_url": "https://tagc.univ-amu.fr/sites/tagc.univ-amu.fr/themes/webkit_theme/logo.png",
"description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://tagc.univ-amu.fr",
"unitId": "",
"address": "163 avenue de Luminy\r\nParc Scientifique de Luminy case 928",
"city": "Marseille",
"country": "France",
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"projects": [],
"affiliatedWith": [
{
"id": 56,
"name": "INSERM",
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},
{
"id": 63,
"name": "TAGC",
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}
],
"publications": [
""
],
"certifications": [],
"fundedBy": [
{
"id": 56,
"name": "INSERM",
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}
],
"keywords": [
"Methodology",
"QTL Localization",
"Biostatistics",
"Cloud",
"Comparative and de novo structure modeling",
"Post-translational modifications",
"Ecology",
"Multi-scale analysis and modelling",
"Dynamic systems",
"Expression",
"Small and long non-coding RNAs",
"Positional cloning",
"GPU",
"E-learning",
"Metabolic Network Modelling",
"Sequence Algorithm",
"DNA biochips",
"RNA biochips",
"Statistical differential analysis",
"Molecular evolution",
"Speciation dating",
"Methylation profiles",
"Genotyping",
"Machine learning",
"Second level analysis",
"Chromatin accessibility",
"Biological network inference and analysis",
"Selection Detection",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Read alignment on genomes",
"Statistical Tests",
"Regression",
"Dimension reduction",
"Gene expression regulation analysis",
"Descriptive statistics",
"Multivariate analyses",
"Gene expression differential analysis",
"Web portals",
"Data identity and mapping",
"Ontologies",
"Database search engine",
"Spectral library search",
"De novo sequencing",
"Chip-Seq",
"Panels (amplicons, captures)",
"Exomes",
"Sequence analysis",
"Variant analysis",
"proteomics",
"Interfaces",
"Systems Biology",
"Interoperability",
"Metabolomics and Fluxomics",
"Metabolic network analysis",
"Genome analysis",
"Structural and functional annotation of genomes",
"Population Genetics",
"Statistical Genetics",
"Functioning of complex biological systems",
"Regulatory network modelling",
"Complete genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (DNA-seq)",
"Functional and regulatory pathways comparison",
"Integration of heterogeneous data",
"Protein/protein interaction modelisation",
"proteins/peptides and proteins/nucleic acids",
"Structure analysis",
"homology and structural pattern matching",
"Genomics (Chips)",
"Cluster",
"Genomes comparison",
"Data collection curation",
"Comparative genomics",
"Computing Environments",
"Data Integration",
"Data management and transfer",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Structural Bioinformatics",
"Predictions of structural properties",
"Données",
"Genes and genomes",
"Mapping",
"Sequence annotation",
"Pattern matching",
"Multiple sequence alignment",
"Toolkit",
"Tool integration",
"Workflow development",
"Parallelization",
"Databases and information systems",
"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical"
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"orgid": null,
"tools": [
"ocg",
"remap",
"rsat"
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"deputies": [],
"scientificLeaders": [
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],
"technicalLeaders": [
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"members": [
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api",
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"maintainers": [
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},
{
"id": 8,
"name": "BiGR",
"logo_url": null,
"description": "● Bioanalyses\r\nConception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS)\r\n- Microarray :\r\n- Gene Expression (Agilent, Affymetrix)\r\n- CGH array\r\n- microRNA array\r\n- NGS (DNA-seq):\r\n- Détection de SNP (WES, WGS, TS)\r\n- Détection de variants structuraux (LOH, CNV)\r\n- ChipSeq\r\n- NGS (RNA-seq) :\r\n- Analyse différentielle\r\n- recherche de transcrit de fusion\r\n- recherche de splicing alternatif\r\n- detection de SNP par RNA-seq\r\n\r\n● Conseil / Support\r\nElaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante \"bioinformatique\" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plateforme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service.\r\n\r\n● Formations\r\nOrganisation de formations généraliste en interne. Organisation de formations spécifiques, sur demande, dans les locaux des demandeurs (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques)\r\n\r\n● R&D\r\nDéveloppement /Maintenance de pipelines d’analyse.\r\nDéveloppement à facon d’outils d’annotation / de visualisation de données NGS Développement de DB de données génomiques\r\nParticipation au developpement de DB en médecine personnalisée",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "http://gustaveroussy.fr/fr/content/plateforme-de-bioinformatique-activit%C3%A9s",
"unitId": "",
"address": "114 rue Edouard Vaillant\r\nUMS INSERM 23/CNRS 3655 AMMICA\r\n94800 Villejuif\r\nFrance",
"city": "Villejuif",
"country": "France",
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"affiliatedWith": [
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"id": 18,
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{
"id": 52,
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{
"id": 56,
"name": "INSERM",
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""
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"certifications": [],
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"id": 52,
"name": "CNRS",
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{
"id": 56,
"name": "INSERM",
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"keywords": [
"Metagenomics",
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"Expression",
"Fonctionelles",
"DNA biochips",
"RNA biochips",
"Methylation profiles",
"Gene expression regulation analysis",
"Gene expression differential analysis",
"metatranscriptomics",
"Chip-Seq",
"Panels (amplicons, captures)",
"Exomes",
"Variant analysis",
"Complete genomes",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (Chips)",
"NGS Sequencing Data Analysis"
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"fields": [
"Biologie",
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{
"id": 12,
"name": "RPBS",
"logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png",
"description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html",
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"address": "35 rue Hélène Brion",
"city": "Paris",
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],
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""
],
"certifications": [
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"fundedBy": [
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"id": 28,
"name": "Université Paris-Diderot",
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{
"id": 56,
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],
"keywords": [
"Comparative and de novo structure modeling",
"Dynamic and thermodynamic structure properties analysis",
"Virtual screening",
"Structure-based screening",
"2D/3D",
"ADME/tox",
"Small chemical compound libraries",
"Protein/protein interaction modelisation",
"proteins/peptides and proteins/nucleic acids",
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],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical",
"Informatique"
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"orgid": null,
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"pep-fold",
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"sabbac"
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api",
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"ifbMembership": "Member platform",
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{
"id": 4,
"name": "ABiMS",
"logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png",
"description": "The mission of the ABiMS platform is to assist researchers of the marine and, more broadly of the life sciences communities, in the analysis of their bioinformatic data as well as in the development of software and databases. It is also connected to the EMBRC infrastructure, is part of the IBiSA network via the regional BioGenOuest project, and is ISO 9001: 2015 certified. Through its numerous interactions with research units,",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3387"
],
"linkCovid19": "",
"homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/",
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"address": "Place Georges Teissier - Station Biologique de Roscoff",
"city": "Roscoff",
"country": "France",
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"affiliatedWith": [
{
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"name": "CNRS",
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],
"certifications": [
"Label IBiSA",
"ISO 9001"
],
"fundedBy": [
{
"id": 52,
"name": "CNRS",
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}
],
"keywords": [
"Methodology",
"Metagenomics",
"Expression",
"GPU",
"Fonctionelles",
"DNA biochips",
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"Molecular evolution",
"Selection Detection",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Read alignment on genomes",
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"Gene expression differential analysis",
"Web portals",
"metatranscriptomics",
"Variant analysis",
"Interfaces",
"Interoperability",
"Metabolomics and Fluxomics",
"Genome analysis",
"Structural and functional annotation of genomes",
"Transcript and transcript variant analysis",
"Transcriptomics (RNA-seq)",
"Genomics (DNA-seq)",
"Genomics (Chips)",
"Cluster",
"Genomes comparison",
"Data collection curation",
"Comparative genomics",
"Computing Environments",
"Data Integration",
"NGS Sequencing Data Analysis",
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"Genes and genomes",
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"Tool integration",
"Workflow development",
"Databases and information systems"
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"fields": [
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"Agro-alimentaire",
"Environnement"
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"ifbMembership": "Member platform",
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{
"id": 15,
"name": "P3M",
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"description": "To be completed...",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://p3m.univ-reims.fr",
"unitId": "",
"address": "UFR Sciences Exactes et Naturelles\r\nMoulin de la Housse - Bat. 18\r\n51687 Reims Cedex 2\r\nFrance",
"city": "2",
"country": "France",
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"affiliatedWith": [
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""
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"certifications": [],
"fundedBy": [
{
"id": 93,
"name": "Université de Reims Champagne-Ardenne",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Reims%20Champagne-Ardenne/?format=api"
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"keywords": [
"Visualization"
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/42/?format=api"
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"members": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/42/?format=api",
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/37/?format=api"
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"maintainers": [],
"ifbMembership": "None",
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"closing_date": "2022-06-28",
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"updated_at": "2024-03-11T15:01:31.887262Z"
},
{
"id": 23,
"name": "PACA-Bioinfo",
"logo_url": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/wp-content/uploads/2018/08/logo-igs-cnrs.png",
"description": "Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3174",
"http://edamontology.org/topic_0196",
"http://edamontology.org/topic_0797",
"http://edamontology.org/topic_3170",
"http://edamontology.org/topic_0622",
"http://edamontology.org/topic_0082",
"http://edamontology.org/topic_0080",
"http://edamontology.org/topic_0781"
],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/paca-bioinfo/",
"unitId": "UMR7256",
"address": "163 Avenue de Luminy\r\nCase 934",
"city": "Marseille",
"country": "France",
"communities": [],
"projects": [],
"affiliatedWith": [
{
"id": 38,
"name": "CNRS UMR7256",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20UMR7256/?format=api"
},
{
"id": 52,
"name": "CNRS",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api"
}
],
"publications": [
"10.1093/bioinformatics/bty640",
"10.1093/bioadv/vbab034",
"10.1093/femsml/uqac003",
"10.1128/JVI.01997-19",
"10.3389/fmicb.2019.00430",
"10.1186/s12864-018-4715-9",
"10.1080/23802359.2017.1285210",
"10.1128/JVI.00230-17",
"10.1038/ncomms15087",
"10.1038/ismej.2015.192",
"10.1111/mec.13621",
"10.1073/pnas.1506469112",
"10.1371/journal.pone.0090988",
"10.1371/journal.pone.0090989",
"10.1186/1471-2164-14-158",
"10.1111/mec.12108",
"10.1038/ismej.2013.116",
"10.1074/jbc.M111.314559",
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"10.1186/gb-2012-13-5-r39",
"10.1371/journal.pone.0018528",
"10.1186/1743-422X-8-99",
"10.1105/tpc.110.076406",
"10.1186/gb-2009-10-10-r114",
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"10.1016/j.jip.2009.03.011",
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"",
"10.1093/nar/gkn180"
],
"certifications": [
"CATI - CTAI",
"RIO"
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"fundedBy": [
{
"id": 52,
"name": "CNRS",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api"
}
],
"keywords": [
"Phylogeny",
"Biostatistics",
"Metagenomics",
"Evolution and Phylogeny",
"metatranscriptomics",
"Sequence analysis",
"proteomics",
"Comparative genomics",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Structural Bioinformatics"
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"fields": [
"Biomédical",
"Environnement",
"Biotechnologie"
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"orgid": null,
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"phylogeny.fr"
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"deputies": [
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"ifbMembership": "Associated Team",
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{
"id": 22,
"name": "Genotoul-bioinfo",
"logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
"description": "The GenoToul bioinformatics facility provides access to high-performance computing resources, data analysis and programming expertise. Its permanent staff has many years of experience in supporting scientific programmes (software development, data analysis and training) in biology and bioinformatics. The main axis of development and scientific support include high throughput sequencing data processing (quality control, genome and transcriptome de novo assemblies, variation discovery, diversity analysis,…) and non coding RNA analysis.\r\n\r\nResources include a high-performance informatics hardware infrastructure for large scale storage and computation, major generalist and specialized databank, and open source software.\r\nServices include, training sessions organisation, web sites and virtual machine (VM) hosting, expertise and scientific support to programmes in biology and in bioinformatics.\r\n\r\nThe bioinformatics platform GenoToul Bioinfo is a member platform of the national research infrastructure IFB (Institut Français de Bioinformatique) and is an associated platform of the national research infrastructure France Génomique.\r\n\r\nAt the regional level, GenoToul Bioinfo is one of the platform GenoToul (platform network in Toulouse region).\r\n\r\nGenotoul Bioinfo is recognized as a strategic national platform by IBISA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie). It is one of the strategic national platforms of INRAE (labellised ISC and member of Bioinfomics IR). It depends of the MathNum department. It is certificated ISO9001 since 2010 and NFX50-900 since 2016.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_0091"
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"linkCovid19": "",
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"unitId": "",
"address": "24 Chemin de Borde Rouge",
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"projects": [],
"affiliatedWith": [
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"id": 37,
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"id": 82,
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"publications": [
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"10.1016/j.cub.2021.08.030",
"10.1093/molbev/msaa249",
"10.1093/bioinformatics/btab032",
"10.1038/s41467-021-21094-7",
"10.1007/978-3-030-73249-3_34",
"10.1016/j.msom.2021.10.020",
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"10.1371/journal.pcbi.1009321",
""
],
"certifications": [
"Label IBiSA",
"France-Génomique",
"ISO 9001",
"CNOC (INRA)",
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"fundedBy": [
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"id": 82,
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"keywords": [
"Biostatistics",
"Metagenomics",
"Small and long non-coding RNAs",
"Evolution and Phylogeny",
"Molecular evolution",
"Methylation profiles",
"Selection Detection",
"Statistical Tests",
"Regression",
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"metatranscriptomics",
"Exomes",
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"Variant analysis",
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"Structural and functional annotation of genomes",
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"fields": [
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/742/?format=api",
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{
"id": 40,
"name": "EvryRNA",
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"description": "EvryRNA platform is a web server providing various algorithms and bioinformatics tools developed in the laboratory IBISC of UEVE/Genopole, and dedicated to the prediction and the analysis of non-coding RNAs (ncRNAs). These RNAs are regulators of gene expression control and genome stability. They are involved in different biological processes, and some of them, including microRNAs, are known to be involved in many diseases such as cancer and neurodegenerative diseases. Their study provides insight into how living organisms function, including differentiation and cell proliferation, but also to consider new therapeutic approaches for genetic diseases and cancer.",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://evryrna.ibisc.univ-evry.fr/evryrna/",
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"address": "2 Rue du Facteur Cheval",
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""
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"id": 52,
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{
"id": 62,
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"ifbMembership": "Associated Team",
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{
"id": 17,
"name": "GenOuest",
"logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png",
"description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3372",
"http://edamontology.org/topic_0605",
"http://edamontology.org/topic_3071",
"http://edamontology.org/topic_0091",
"http://edamontology.org/topic_3571"
],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://www.genouest.org/",
"unitId": "",
"address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc",
"city": "Rennes",
"country": "France",
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"projects": [
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"affiliatedWith": [
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"id": 75,
"name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre",
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{
"id": 78,
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],
"publications": [
"10.3390/IECE-10646",
"10.1021/acs.jproteome.0c00904",
"10.1186/s12915-020-00820-5",
"10.1186/s13059-019-1772-6",
""
],
"certifications": [
"Label IBiSA",
"CNOC (INRA)"
],
"fundedBy": [
{
"id": 52,
"name": "CNRS",
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},
{
"id": 61,
"name": "INRIA",
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}
],
"keywords": [
"Cloud",
"Metabolic Network Modelling",
"Sequence Algorithm",
"Machine learning",
"Web portals",
"Ontologies",
"Sequence analysis",
"Interfaces",
"System modeling",
"Systems Biology",
"Interoperability",
"Semantic web",
"Regulatory network modelling",
"Integration of heterogeneous data",
"Knowledge representation",
"Cluster",
"Computing Environments",
"Data Integration",
"Data management and transfer",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Données",
"Pattern matching",
"Toolkit",
"Tool integration",
"Workflow development",
"Databases and information systems",
"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical",
"Agro-alimentaire",
"Environnement",
"Biotechnologie"
],
"orgid": null,
"tools": [
"aphidbase",
"askomics",
"aureme",
"autograph",
"biomaj",
"commet",
"discosnp",
"",
"germonline",
"gatb",
"lepidodb",
"logol",
"mindthegap",
"minia",
"peppsy",
"protomata",
"rasta-bacteria",
"reprogenomics_viewer"
],
"services": [],
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"deputies": [],
"scientificLeaders": [
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],
"technicalLeaders": [
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],
"members": [
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"maintainers": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api"
],
"ifbMembership": "Member platform",
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"closing_date": null,
"lat": "48.112000",
"lng": "-1.674300",
"updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z"
},
{
"id": 2,
"name": "Curie Bioinfo",
"logo_url": "https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/57/Logo_Curie.png",
"description": "The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics.\r\nMany data types are treated:\r\nMicroarrays: expression, copy number, SNP, ChIP\r\nNanoString\r\nNGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq …\r\nRPPA,\r\nMass spectometry, classical and SILAC, SWATH\r\nlow-throughput biological data.\r\nThe expertise covers fundamental, translational and clinical research, including clinical trials.\r\nIn all these domain, the platform also develop appropriate methods, implement tools and automatic pipelines, and package and release them publicly or grant on-line access to the community.\r\nSoftware optimisation for high-performance computing is also part of our know-how.\r\nFinally the platform has developed an experience in training biologists, clinicians and bioinformaticians in all above-mentionned fields",
"expertise": [],
"linkCovid19": "",
"homepage": "http://u900.curie.fr",
"unitId": "",
"address": "26 rue d’Ulm\r\n75005 Paris\r\nFrance",
"city": "Paris",
"country": "France",
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{
"id": 23,
"name": "INSERM U900",
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},
{
"id": 56,
"name": "INSERM",
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],
"publications": [
""
],
"certifications": [],
"fundedBy": [
{
"id": 56,
"name": "INSERM",
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}
],
"keywords": [
"Biostatistics",
"Genomics (Chips)",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Développements technologiques de l‘Information et de la Communication"
],
"fields": [
"Biologie",
"Biomédical",
"Biotechnologie"
],
"orgid": null,
"tools": [
"nebula"
],
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"deputies": [],
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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api",
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"maintainers": [],
"ifbMembership": "Member platform",
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"closing_date": null,
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"updated_at": "2023-03-16T12:52:06.436900Z"
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{
"id": 26,
"name": "PlantBioinfoPF",
"logo_url": "https://urgi.versailles.inrae.fr/var/storage/images/home-urgi/platform/6883-40-eng-GB/Platform_medium.jpg",
"description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.",
"expertise": [
"http://edamontology.org/topic_3365",
"http://edamontology.org/topic_3299",
"http://edamontology.org/topic_0622",
"http://edamontology.org/topic_3316",
"http://edamontology.org/topic_0780"
],
"linkCovid19": "",
"homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/",
"unitId": "URGI-US1164",
"address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance",
"city": "Versailles",
"country": "France",
"communities": [],
"projects": [
"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api"
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"affiliatedWith": [
{
"id": 4,
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{
"id": 6,
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{
"id": 7,
"name": "France Génomique",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api"
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{
"id": 39,
"name": "URGI - UR1164",
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{
"id": 67,
"name": "University of Paris-Saclay",
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{
"id": 82,
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{
"id": 88,
"name": "BioinfOmics",
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}
],
"publications": [
"",
"10.34133/2019/1671403",
"10.1186/s13100-019-0150-y",
"10.1007/978-1-4939-6658-5_5",
"10.3835/plantgenome2015.06.0038",
"10.1093/database/bat058",
"10.1371/journal.pone.0091929",
"10.1371/journal.pone.0016526",
"10.1371/journal.pcbi.0010022",
"10.1007/s00239-003-0007-2",
"10.1186/s13059-018-1491-4"
],
"certifications": [
"Label IBiSA",
"France-Génomique",
"ISO 9001",
"CNOC (INRA)",
"CATI - CTAI",
"PF stratégique nationale INRA"
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"fundedBy": [
{
"id": 82,
"name": "INRAE",
"url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
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"keywords": [
"Cloud",
"Biodiversity",
"Evolution and Phylogeny",
"Bioinformatics and Plant Genomics",
"Annotation",
"Transposons",
"Interoperability",
"Genome analysis",
"Integration of heterogeneous data",
"Data collection curation",
"Data Integration",
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],
"fields": [
"Biologie",
"Agro-alimentaire",
"Environnement",
"Informatique"
],
"orgid": "003vg9w96",
"tools": [
"DataDiscovery",
"faidare",
"gnpis",
"",
"RARe",
"repet",
"WheatIS"
],
"services": [],
"leaders": [
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"description": "La plateforme DAC développe et met à disposition des solutions logicielles et une expertise méthodologique pour répondre à trois besoins importants de la recherche biomédicale : conservation des données, normalisation, annotation, structuration, intégration et visualisation (gestionnaires de données, ingénieurs logiciels), traitement de données omiques à haut débit, y compris les données NGS telles que l’exome entier, RNA-seq (bio-informaticiens), analyse statistique de base et avancée, en particulier l’intégration de données multimodales et de haute dimension (biostaticiens). La plateforme soutient ainsi les équipes scientifiques et cliniques à chaque étape de leurs projets de recherche : de la conception de l’étude à la gestion des données, en passant par le traitement, l’analyse et l’interprétation, en tenant compte d’une grande variété d’approches d’acquisition de données (cliniques, imagerie, génomique, etc.).",
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"Multi-scale analysis and modelling",
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"Exomes",
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"Informatique"
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"name": "AuBi",
"logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg",
"description": "AuBi est la plateforme bioinformatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie.",
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"address": "Plateforme AuBi\r\nMesocentre Clermont Auvergne\r\nUniversité Clermont Auvergne\r\n7, avenue Blaise Pascal\r\nTSA 60026",
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"affiliatedWith": [
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"keywords": [
"Methodology",
"QTL Localization",
"Cloud",
"Comparative and de novo structure modeling",
"Ecology",
"Biodiversity",
"Microbial ecology",
"Metabolic engineering",
"Metagenomics",
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"Expression",
"Small and long non-coding RNAs",
"Positional cloning",
"GPU",
"Fonctionelles",
"Microscopy",
"Medical Imaging",
"Physical Mapping",
"Paleogenomics and ancestral genomes",
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"Metabolic Network Modelling",
"Sequence Algorithm",
"Cartographie génétique et d'hybrides irradiés",
"Statistical differential analysis",
"Methylation profiles",
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"Machine learning",
"Signal processing",
"Second level analysis",
"Chromatin accessibility",
"Exploratory statistics",
"Chromosome conformation analysis",
"Bioimaging",
"Inferential statistics",
"Assembly of genomes and transcriptomes",
"Read alignment on genomes",
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"Multivariate analyses",
"Phylogenetics",
"Gene expression differential analysis",
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"metatranscriptomics",
"Data identity and mapping",
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"Database search engine",
"Spectral library search",
"De novo sequencing",
"Chip-Seq",
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"Spectral demultiplexing",
"Post-translational modification analysis",
"Systems Biology",
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"Statistical Genetics",
"Regulatory network modelling",
"Quantitative proteomics",
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"Proteogenomics",
"Functional and regulatory pathways comparison",
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"Protein/protein interaction modelisation",
"proteins/peptides and proteins/nucleic acids",
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"homology and structural pattern matching",
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"Genomes comparison",
"Data collection curation",
"Data Integration",
"Data management and transfer",
"NGS Sequencing Data Analysis",
"Homology/orthology prediction",
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"Environnement",
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"name": "CENTURI-MEP",
"logo_url": "https://centuri-livingsystems.org/wp-content/uploads/2018/02/logo-CENTURI-horizontal-azur.png",
"description": "La plateforme multi-engineering a été créée en 2019 dans le cadre du projet interdisciplinaire “The Turing Centre for Living Systems” (CENTURI) à Marseille. Les ingénieurs de cette plateforme interdisciplinaire fournissent une expertise en bioinformatique mais également en analyse d’images, en optique, en mécatronique, en neuroscience, en développement logiciel et en gestion de données aux 21 instituts de recherche affiliés au projet CENTURI. Les ingénieurs sont notamment impliqués dans des projets collaboratifs dans lesquels des outils, des logiciels, des méthodes, des bases de données ainsi que du matériel et des techniques de laboratoire sont développés. La plateforme participe à la formation et au transfert technologique de ces développements. Dans ce cadre, des logiciels et des pipelines bioinformatiques sont développés pour les analyses des données -omiques (bulk-RNAseq, single-cell RNAseq, métagénomique, métatranscriptomique, métabarcoding ou encore protéomique) et sont mis à la disposition de la communauté scientifique. En organisant des open desk, des sessions de formation et en mettant en relation les différents laboratoires du projet CENTURI, la plateforme crée un fort esprit de coopération et facilite la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme.",
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"linkCovid19": "",
"homepage": "https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/",
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"address": "Campus de Luminy – Case 913 13288 MARSEILLE Cedex 09 France",
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"name": "INCa-SLC",
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"description": "Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'\"International Cancer Genome Consortium\" (ICGC).\r\n \r\nElle a trois missions :\r\n1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d'expression, RNA-seq, DNA-‐eq en génomes complets et en éxomes),\r\n2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-‐débit,\r\n3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d'expression en RNA-‐seq) utile aux équipes biomédicales.\r\n \r\nPour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d'assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.",
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"Genome analysis",
"Structural and functional annotation of genomes",
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"logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png",
"description": "L'équipe \"biologie des systèmes et des réseaux pour les maladies\" est une équipe de recherche interdisciplinaire ayant pour objectif de développer d'algorithmes et outils d'analyse et d'intégration de données biologiques et de proposer des approches \"système\" pour l'étude des pathologies génétiques humaines. Sur le versant des outils, l'équipe focalise particulièrement sur des approches non-supervisées appliquées aux réseaux biologiques multi-couches et propose des outils de clustering, de marches aléatoires ou de network embedding. L'équipe travaille également sur l'intégration de données quantitatives (transcriptomique, protéomique) dans les réseaux pour identifier des modules perturbés dans différentes conditions. Enfin, l'équipe s'intéresse également à l'intégration de données multi-omiques par des approches de réduction de dimension via des factorisations de matrices.",
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"address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin",
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