{"count":668,"next":null,"previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=640&ordering=realisation_status","results":[{"id":740,"name":"ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School","shortName":"ETBII 2026","description":"La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif  :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3391","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Biostatistics","Biological network inference and analysis","Dimension reduction","Semantic web","Integration of heterogeneous data","Data Integration","Tool integration"],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats","Basic knowledge of R","Python - basic knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.","maxParticipants":30,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png","updated_at":"2025-11-03T14:11:43.902530Z","type":"Training course","start_date":"2026-03-29","end_date":"2026-04-04","venue":"","city":"Fréjus","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-11-02","registration_closing":"2025-12-17","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":741,"name":"Initiation à Galaxy - session Juin 2025","shortName":"","description":"Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.\r\n\r\nGalaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. \r\nC'est l'environnement qui est utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Ouvert en priorité aux participants du cycle Analyse NGS organisé par Bilille.","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2025-11-21T16:39:58.895195Z","type":"Training course","start_date":"2025-06-23","end_date":"2025-06-23","venue":"","city":"Villeneuve d'Ascq","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Onsite"},{"id":199,"name":"Ecole single-cell 2019","shortName":"SincellTE 2019","description":"Transcriptomique et épigénomique en cellule unique: théorie et pratique","homepage":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/sincellTE_2019","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":30,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/644/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/sincellTE_logo_0_2.png","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2019-02-03","end_date":"2019-02-08","venue":"Station Biologique","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2018-11-15","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":70,"name":"Formation MIGALE - Annotation de génomes microbiens","shortName":"","description":"Module en préparation ...","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/logo-inra_0_0_0.png","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2017-05-15","end_date":null,"venue":"","city":"Jouy en Josas","country":"","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":null},{"id":582,"name":"Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy  : 2025","shortName":"Analyse donées NGS sous Galaxy: 2025","description":"Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien\r\n\r\nProgramme\r\nThéorie\r\n* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)\r\n\r\nPratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien\r\n* Contrôle qualité\r\n* Assemblage de-novo\r\n* Nettoyage des données\r\n* Assemblage\r\n* Visualisation et statistiques sur l’assemblage\r\n* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation\r\nTous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0092","http://edamontology.org/topic_0196","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":["Galaxy","NGS"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2025-01-23T15:28:28.758744Z","type":"Training course","start_date":"2025-03-21","end_date":"2025-03-21","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-01-22","registration_closing":"2025-03-06","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":554,"name":"Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 (2023 session )","shortName":"Graphics with R-ggplot2 (2023)","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Représentations graphiques"],"prerequisites":["Langage R de base"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-17T10:24:23.197102Z","type":"Training course","start_date":"2023-05-15","end_date":"2023-05-15","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-02-01","registration_closing":"2023-05-08","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":569,"name":"Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 (2024 session)","shortName":"Graphics with R-ggplot2 (2024)","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Représentations graphiques"],"prerequisites":["Langage R de base"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-17T10:24:43.054528Z","type":"Training course","start_date":"2024-03-13","end_date":"2024-03-13","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":590,"name":"Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO","shortName":"Formation d'initiation à OMERO","description":"Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.\r\n\r\nInscription dans la limite de 10 personnes auprès de la plateforme CLIC ou de la plateforme AuBi.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3383"],"keywords":["Microscopy","Bioimaging","FAIR"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Demander l'ouverture d'un compte au Mésocentre Clermont Auvergne\r\nVenir avec un ordinateur portable et une connexion à Eduroam","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg","updated_at":"2024-02-01T14:24:51.515020Z","type":"Training course","start_date":"2024-01-26","end_date":"2024-01-26","venue":"Bâtiment Turing, Salle A013","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-02","registration_closing":null,"registration_status":"open","courseMode":"Onsite"}]}