{"count":668,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=600&ordering=-trainers","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=560&ordering=-trainers","results":[{"id":114,"name":"BioContainers Hackathon 2017","shortName":"","description":"Accelerate and consolidate the Containers Platform as a Service, and the integration with other groups like Workflows & workben...","homepage":"https://www.eventbrite.co.uk/e/biocontainers-hackathon-reproducible-bioinformati…","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/Elixir_logo_3.jpg","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Workshop","start_date":"2017-10-09","end_date":"2017-10-11","venue":"","city":"Henri Poinricaré, Paris","country":"","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":null},{"id":774,"name":"Initiation à R / R Initiation","shortName":"R - Init","description":"Objectifs\r\n- Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de\r\nbase\r\n- Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction à l'IDE Rstudio\r\n- Créer un projet et un script\r\n- Manipulation de données de base\r\n- Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?\r\n- Utiliser des fonctions de packages externes","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Programming Languages & Computer Sciences"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-03-24T10:30:48.066600Z","type":"Training course","start_date":"2026-06-22","end_date":"2026-06-22","venue":"","city":"Roscoff","country":"","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/865/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"future","registration_opening":"2026-03-11","registration_closing":"2026-05-15","registration_status":"open","courseMode":"Onsite"},{"id":795,"name":"Manipulating  & Visualizing Data with R","shortName":"R - DataViz","description":"Objectifs\r\n- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R\r\n- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)\r\n- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)\r\n- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)\r\n- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate\r\n- Introduction aux concepts de visualisation de données\r\n- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse\r\n- Partager ses résultats avec Quarto","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0092"],"keywords":["Programming Languages & Computer Sciences"],"prerequisites":["Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - 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Initiation / Linux for Beginners","shortName":"Linux Init","description":"Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Linux","Operating systems"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - 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Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":101,"name":"iGReD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/iGReD/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T13:11:26.183643Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-19","end_date":"2025-02-21","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/818/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/819/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/820/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-05-12","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":709,"name":"New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi","shortName":"New session of FAIR_bioinfo","description":"Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). 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Furthermore, since genetic studies relies on the integration and the linking between phenotype and genotype datasets, relevant section of MIAPPE are beginning to be used for genotyping standards.\r\nThis formation will cover a general introduction of the MIAPPE principles and some examples to illustrate different use cases on the usage of MIAPPE for plant phenotyping data standardization.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3298","http://edamontology.org/topic_3572","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Pour l'IPS2","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/755/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/815/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-11-28T13:21:33.032401Z","type":"Training course","start_date":"2021-09-23","end_date":"2021-09-23","venue":"","city":"","country":"","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/755/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/815/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":150,"name":"Plant Data Managment for Phenotyping Experiments - MIAPPE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Plant%20Data%20Managment%20for%20Phenotyping%20Experiments%20-%20MIAPPE/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Online"},{"id":678,"name":"Soumission de données et métadonnées à EMBL-EBI - 2024","shortName":"FAIR Data EBI 2024","description":"Processus et outils mis en place dans le cadre des projets AgroDiv et BReIF pour soumettre des données dans les archives EMBL-EBI associées à des descriptions riches des échantillons séquencés dans BioSamples.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Consortium AgroDiv et BreIF","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-11-28T13:36:05.985672Z","type":"Training course","start_date":"2024-05-22","end_date":"2024-05-22","venue":"","city":"","country":"","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":147,"name":"Data-brokering script","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Data-brokering%20script/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Online"},{"id":738,"name":"Soumission de données et métadonnées à BioSample et ENA - 2025","shortName":"FAIR Data EBI 2025","description":"Nous vous proposons une formation en ligne sur le processus et les outils mis en place dans le cadre des projets AgroDiv et BReIF pour soumettre des données à ENA (EMBL-EBI) associées à des descriptions riches des échantillons séquencés dans BioSamples. Le webinaire abordera une explication approfondie des fichiers d'entrée requis pour la soumission, des champs demandés dans les template ainsi qu'une démonstration de l'utilisation des scripts développés pour automatiser la soumission des données et simplifier le processus.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=44","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Ce webinaire est ouvert à tous : n’hésitez pas à disséminer l’information dans vos unités.\r\nLes participants doivent s’inscrire ici : https://sondages.inrae.fr/index.php/768122?lang=fr","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":22,"name":"BReIF","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/BReIF/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-10-10T12:42:20.404551Z","type":"Training course","start_date":"2025-11-06","end_date":"2025-11-06","venue":"","city":"Online","country":"","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":147,"name":"Data-brokering script","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Data-brokering%20script/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-10-09","registration_closing":"2025-10-24","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":709,"name":"New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi","shortName":"New session of FAIR_bioinfo","description":"Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":101,"name":"iGReD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/iGReD/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T13:11:26.183643Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-19","end_date":"2025-02-21","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/818/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/819/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/820/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-05-12","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":637,"name":"Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\n\r\nAprès une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité des données transcriptomiques,\r\n- aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,\r\n- estimer le nombre de séquences par gènes,\r\n- construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes\r\n- faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1775","http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_0203","http://edamontology.org/topic_3308"],"keywords":["Galaxy","RNA-seq","Transcriptomics (RNA-seq)"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-06-06T08:09:16.432369Z","type":"Training course","start_date":"2024-07-18","end_date":"2024-07-18","venue":"Bâtiment Turing, Salle A009","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":144,"name":"Reference-based RNA-Seq data analysis with Galaxy","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Reference-based%20RNA-Seq%20data%20analysis%20with%20Galaxy/?format=json"},{"id":145,"name":"Introduction to Transcriptomics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20Transcriptomics/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-06-06","registration_closing":"2024-06-20","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":590,"name":"Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO","shortName":"Formation d'initiation à OMERO","description":"Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.\r\n\r\nInscription dans la limite de 10 personnes auprès de la plateforme CLIC ou de la plateforme AuBi.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3383"],"keywords":["Microscopy","Bioimaging","FAIR"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Demander l'ouverture d'un compte au Mésocentre Clermont Auvergne\r\nVenir avec un ordinateur portable et une connexion à Eduroam","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg","updated_at":"2024-02-01T14:24:51.515020Z","type":"Training course","start_date":"2024-01-26","end_date":"2024-01-26","venue":"Bâtiment Turing, Salle A013","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-02","registration_closing":null,"registration_status":"open","courseMode":"Onsite"},{"id":588,"name":"Introduction au text-mining avec AlvisNLP (session 2024)","shortName":"Introduction to text-mining with AlvisNLP (2024)","description":"Objectifs pédagogiques\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées\r\n\r\nProgramme\r\n* Présentation du text-mining et de la Reconnaissance des Entités Nommées (REN)\r\n* Travaux Pratiques sur des techniques de REN en utilisant AlvisNLP\r\n* Projection de lexiques\r\n* Application de patrons\r\n* Apprentissage automatique","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3474","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Text mining"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:58:57.757098Z","type":"Training course","start_date":"2024-06-12","end_date":"2024-06-13","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/779/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-05-29","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":585,"name":"Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands (session 2024)","shortName":"Modélisation de structures 3D de protéines (2024)","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1317"],"keywords":["Protein structures","2D/3D","Protein/protein interaction modelisation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:39:22.713885Z","type":"Training course","start_date":"2024-05-27","end_date":"2024-05-28","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/778/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/420/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-05-13","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":583,"name":"Traitement bioinformatique et analyse différentielle de données d’expression RNA-seq sous Galaxy (session 2024)","shortName":"Analyse données RNA-seq sous Galaxy (2024)","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :\r\n* de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;\r\n* de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;\r\n* de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;\r\n* d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.\r\n\r\nProgramme\r\nBioinformatique :\r\n* Obtenir des données de qualité : nettoyage, filtrage, qualité\r\n* Aligner les lectures sur un génome de référence\r\n* Détecter de nouveaux transcrits\r\n* Quantifier l’expression des gènes\r\n* Préparer et déployer unensemble d’analyses sur plusieurs échantillons\r\n\r\nBiostatistique :\r\n* Construire un plan d’expérience simple\r\n* Normaliser les données de comptage\r\n* Identifier les gènes différentiellements exprimés\r\n* Se sensibiliser aux tests multiples\r\n\r\nAnalyse de protocoles Bioinformatique et Biostatistiques issus de la littérature","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_0203","http://edamontology.org/topic_3308","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":["Gene expression differential analysis","RNA-seq","Transcriptomics"],"prerequisites":["Galaxy - 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