{"count":675,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=600&ordering=-courseMode","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=560&ordering=-courseMode","results":[{"id":708,"name":"New session of Introduction à l'utilisation d'un cluster de calcul","shortName":"","description":"Knowledge of the concepts and best practices for using the computing resources of the mesocenter cluster Clermont Auvergne in a bioinformatics context.\r\nBecome familiar with the work environment of the computing cluster, become autonomous in the use of its resources and learn to use a scheduler. \r\nPresentation of the resources accessible on the cluster (computing nodes, storage spaces, tools).\r\nConcept of jobs, queues and parallel computing.\r\nJob management (submission, follow-up, deletion).","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Have an account on the Mesocentre UCA computing cluster (make a request if necessary on the site https://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nAlternation of theoretical courses and practical work.\r\nCOME WITH A LAPTOP with an operational Eduroam connection.\r\nThe training is in French.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":94,"name":"University Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T13:03:10.078913Z","type":"Training course","start_date":"2025-04-16","end_date":"2025-04-16","venue":"","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-04-07","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":644,"name":"EBAII : Ecole de Bioinformatique \"Traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit\"  niveau intermédiaire - session 2025","shortName":"EBAII N2 session juin 2025","description":"Objectifs\r\nLa formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq, variants génomiques/GWAS), et abordera la visualisation et l’intégration des données. L’école vise à approfondir les concepts, à manipuler des outils informatiques avancés et à en interpréter les résultats.\r\nElle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. 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No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.","homepage":"https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0085","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0797"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. 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No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. 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Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":101,"name":"iGReD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/iGReD/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T13:11:26.183643Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-19","end_date":"2025-02-21","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/818/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/819/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/820/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-05-12","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":535,"name":"Analyse de données de métabarcoding : 2025","shortName":"Analyse de données de métabarcoding","description":"Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type \"metabarcoding\" issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d'abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.\r\nA l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding).\r\nIls seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS).\r\nIls seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses.\r\nS’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2025-01-23T15:50:14.223205Z","type":"Training course","start_date":"2025-06-23","end_date":"2025-06-26","venue":"Access to the INRAE center reception\r\n By car\r\n\r\n    Take the N118 from the Paris rotary Porte de Saint-Cloud > Pont de Sèvres > Follow direction Bordeaux/Nantes – take exit 6A Jouy-en-Josas/Bièvres\r\n    Take the N12 from Plaisir > Follow direction Paris exit 1 towards the D53\r\n    Take the A12 Rambouillet > Jouy – take exit 2 via the D446\r\n\r\n By the RER (train to the suburbs)\r\n\r\nRER C Line: Get off at the Jouy-en-Josas station. The research center is a 15 minute walk (you must walk towards the town hall (Mairie de Jouy).\r\n\r\n    From Chatelet-Les Halles, take the RER B line until the Massy-Palaiseau station (32 min.) then take the RER C line CIME train (14 min.)\r\n    From Versailles-Chantier RER C station take the VICK or VITY train (8 min.)\r\n    From the Bibliothèque François Mitterand RER C station, take the CIME train (1 hour)","city":"Jouy-en-Josas","country":"frnce","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-01-22","registration_closing":"2025-06-08","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":706,"name":"New session of Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO","shortName":"New session of Formation d'initiation à OMERO","description":"Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3383"],"keywords":["Bioimaging","FAIR"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mésocentre Clermont Auvergne\r\nComing with a laptop and an Eduroam access","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T12:40:07.020977Z","type":"Training course","start_date":"2025-03-19","end_date":"2025-03-19","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-03-18","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":778,"name":"Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 - 2026","shortName":"ggplot2 2026","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Représentations graphiques"],"prerequisites":["Langage R de base"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:21:42.159942Z","type":"Training course","start_date":"2026-03-12","end_date":"2026-03-12","venue":"Bâtiment 233","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2026-02-26","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":707,"name":"New session of Initiation à la ligne de commande","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de\r\ncalcul afin d’acquérir les bases pour le traitement de données biologiques.\r\nPrésentation de l’infrastructure du cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction à l’environnement Linux.\r\nInitiation à un langage de scripting avec le shell Bash.\r\nManipulation en ligne de commande de fichiers de données d'origine biologique.\r\nComment se connecter au serveur de calcul.\r\nApprentissage du langage informatique Bash et comment naviguer dans un environnement Linux.\r\nExercices pratiques de saisie de commandes sur un terminal sans interface graphique.\r\nApprentissage de la gestion de fichiers, comment les créer, gérer les droits d’accès, les manipuler et les transférer sur le\r\ncluster de calcul ou les récupérer sur son poste de travail local.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Avoir un compte sur le cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne (faire une demande le cas échéant sur le site\r\nhttps://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nVENIR AVEC UN ORDINATEUR PORTABLE muni d’une connexion à Eduroam opérationnelle.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T12:47:28.918467Z","type":"Training course","start_date":"2025-04-09","end_date":"2025-04-09","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-04-02","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":710,"name":"Principes FAIR  & Git Initiation","shortName":"FAIR & GIT - Initiation","description":"Objectifs\r\n- Principes FAIR :\r\n    Connaître les principes FAIR\r\n    Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la \r\n    collecte et/ou l'analyse de données\r\n- Initiation à Git :\r\n    Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n    Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n    Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n    Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n    Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n    Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches\r\n   Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\n\r\nProgramme : \r\n- Principes FAIR\r\n    Présentation des principes FAIR\r\n    Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, \r\n    traitements et analyses, mise en accès\r\n- Initiation à Git\r\n    Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n    Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n    Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\n    push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/2025","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Pre-registration required using https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2025-02-21T08:53:21.142266Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-13","end_date":"2025-05-13","venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-09","registration_closing":"2025-04-30","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":781,"name":"Initiation à Linux / Introduction to Linux - 2026","shortName":"Initiation à Linux 2026","description":"Objectifs pédagogiques\r\nÀ l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.\r\n\r\nProgramme\r\n* Connexion (ssh) et transferts de fichiers (scp, rsync)\r\n* Interfaces graphiques (Gnome, KDE) / émulateurs\r\n* Aide en ligne\r\n* Utilisation du shell : le rappel des commandes, l’historique, la complétion\r\n* Système de fichiers : arborescence et chemin d’accès, le répertoire d’accueil…\r\n* Gestion des fichiers et des répertoires\r\n* Principe de protection : les attributs sur les fichiers, les droits d’accès","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Linux"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:23:26.458502Z","type":"Training course","start_date":"2026-04-01","end_date":"2026-04-01","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2026-03-18","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":782,"name":"Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse - 2026","shortName":"Introduction à tidyverse 2026","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language","Tidyverse"],"prerequisites":["Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:24:34.577208Z","type":"Training course","start_date":"2026-03-30","end_date":"2026-03-31","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2026-03-16","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":718,"name":"INTRODUCTION TO PYTHON 21-22 may 2025","shortName":"Python May 2025","description":"The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3307"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":["Linux/Unix"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Non-academic\r\nfor non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA) per day\t€1 100,00\t\r\n\r\nAcademic non-INRAE\r\nfor academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA) per day\t€340,00\t\r\n\r\nINRAE\r\nfor INRAE's staff: 150 € no VAT charged per day","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2025-05-09T13:20:29.300103Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-21","end_date":"2025-05-22","venue":"","city":"castanet-tolosan","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[{"id":142,"name":"Introduction to python - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-05-09","registration_closing":"2025-05-14","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":726,"name":"Metagenomics and Metatranscriptomics initiation - 2025 session","shortName":"Metagenomics 2025","description":"Présentation de la formation\r\nA la demande du laboratoire d'Ecologie Microbienne de Lyon, l'équipe Formation de l'IFB organise une session de formation de deux jours sous Galaxy pour l'analyse de données de métagénomique et métatranscriptomique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nA la fin de cette formation, les participants auront \r\n\r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur les méthodes et objectifs d'une analyse en métagénomique et métatranscriptomique\r\n\r\n - réalisé une analyse de données de données métataxonomique, métagénomique shotgun et métatranscriptomique sous l'environnement Galaxy et sur des données fournies par l'équipe pédagogique\r\n\r\n- choisi et initié une analyse sur un jeu de données de leur choix en bénéficiant de l'encadrement de l'équipe pédagogique (Bring Your Own Data sessions)","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=40","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3941","http://edamontology.org/topic_3174","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json"],"elixirPlatforms":[{"id":1,"name":"Training","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=json"}],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png","updated_at":"2025-07-16T11:47:31.510580Z","type":"Training course","start_date":"2025-06-17","end_date":"2025-06-18","venue":"","city":"Villeurbanne","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Onsite"},{"id":783,"name":"Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands - 2026","shortName":"Modélisation de structures 3D de protéines 2026","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1317"],"keywords":["Protein structures","2D/3D","Protein/protein interaction modelisation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:25:50.911130Z","type":"Training course","start_date":"2026-05-28","end_date":"2026-05-29","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2026-05-14","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":664,"name":"Les langages de workflows pour une analyse bioinformatique reproductible / Workflow languages for reproducible bioinformatics analysis","shortName":"WF4bioinfo","description":"L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :\r\n- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB \r\n- une  journée de session pratique  avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=36","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["FAIR","Reproducibility","Nextflow","Snakemake"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":20,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/326/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/804/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":38,"name":"PB-IBENS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PB-IBENS/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png","updated_at":"2025-09-23T09:21:52.846631Z","type":"Training course","start_date":"2025-09-29","end_date":"2025-10-01","venue":"","city":"Paris","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Onsite"},{"id":770,"name":"Linux - Initiation / Linux for Beginners","shortName":"Linux Init","description":"Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Linux","Operating systems"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - 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