{"count":675,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=580&ordering=country","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=540&ordering=country","results":[{"id":651,"name":"Langage R : introduction","shortName":"","description":"Cette formation introduira le langage R et les techniques de fouille et de visualisation de données.\r\n\r\n- Installation et configuration de R\r\n- Notions et commandes essentielles (variables, fonctions...)\r\n- Les formats de fichiers, la lecture et l'écriture de données tabulées\r\n- Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux\r\n- Les constructions modernes pour la création de graphiques","homepage":"https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/43/langage-r-introduction/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":6,"name":"CNRS formation entreprise","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":6,"name":"CBiB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=json"}],"logo_url":"https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png","updated_at":"2025-12-09T09:59:21.315956Z","type":"Training course","start_date":"2026-09-21","end_date":"2026-09-23","venue":"","city":"Bordeaux","country":"France","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"future","registration_opening":"2025-12-03","registration_closing":"2026-09-10","registration_status":"open","courseMode":"Onsite"},{"id":409,"name":"10ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm","shortName":"EBAII 2021","description":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.","homepage":"https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii-2021-n1/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Biostatistics","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.","maxParticipants":40,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":3,"name":"IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=json"},{"id":13,"name":"Aviesan","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=json"},{"id":14,"name":"Inserm","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":53,"name":"AVIESAN","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=json"},{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"},{"id":14,"name":"BiGEst","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=json"},{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"},{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2021-11-21","end_date":"2021-11-26","venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2021-06-13","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":505,"name":"2e Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School","shortName":"Second session of ETBII","description":"La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa deuxième édition.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (ingénieurs, chercheurs dans des plateformes ou équipes de recherche) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\nConnaissances de base en Unix/shell, R, Python\r\nAutonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)","homepage":"https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/","is_draft":false,"costs":["770 TTC pour les académiques  et 1540 TTC pour les privés"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3391","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Biostatistics","Biological network inference and analysis","Dimension reduction","Semantic web","Integration of heterogeneous data","Data Integration","Tool integration"],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats","Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Cette formation est ouverte à toute la communauté, en priorité aux bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.","maxParticipants":30,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/Logo_ETBII_Couleurs.png","updated_at":"2023-10-25T13:31:05.639302Z","type":"Training course","start_date":"2024-03-24","end_date":"2024-03-29","venue":"","city":"Fréjus","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/770/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/750/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/146/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/721/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2023-12-01","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":441,"name":"Introduction to Oxford Nanopore Technology data analyses - 2021 - session 09/28-30","shortName":"Introduction to ONT data analyses - 2021 - session 09/28-30","description":"This course offers an introduction to ONT data analysis. It includes 5 issues: basecalling, reads quality control, assemblies and polishing/correction, contig quality and structural variants detection.","homepage":"https://southgreenplatform.github.io/trainings//ont/","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3673","http://edamontology.org/topic_0196","http://edamontology.org/topic_3168"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":null,"updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2021-09-28","end_date":"2021-09-30","venue":"","city":"Montpellier","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":1,"name":"SG-ONT-slides","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/SG-ONT-slides/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Online"},{"id":625,"name":"Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM - 2024","shortName":"Cluster SLURM - 2024","description":"Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2025-01-23T13:51:31.594760Z","type":"Training course","start_date":"2024-05-30","end_date":"2024-05-30","venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-03-29","registration_closing":"2024-04-21","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":650,"name":"Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R","shortName":"","description":"Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq\r\n- Importation des données Single Cell dans R\r\n- Intégration de données Single Cell multiples\r\n- Quality Check et pré-traitement des données\r\n- Normalisation de données\r\n- Identification de marqueurs\r\n- Clustering et assignation cellulaire\r\n- Analyse différentielle des groupes cellulaires\r\n- Savoir intégrer les données de spatialisation\r\n- Savoir intégrer les données de trajectoire\r\n- Savoir intégrer les données de communication cellulaire\r\n- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)","homepage":"https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-single-cell-rna-seq-scrna-seq-avec-r?axe=176","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Bioinformatics & Biomedical","R Language","R","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":["Basic knowledge of R","R programming"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Maîtrise du langage R\r\nAvoir suivi le stage \"Langage R : introduction\" ou niveau équivalent.\r\nAfin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable\r\nhttps://cnrsformation.cnrs.fr/data/STG_23294_55153.docx","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":6,"name":"CNRS formation entreprise","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":6,"name":"CBiB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=json"}],"logo_url":"https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png","updated_at":"2025-12-09T10:10:11.677251Z","type":"Training course","start_date":"2026-10-01","end_date":"2026-10-02","venue":"","city":"Bordeaux","country":"France","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"future","registration_opening":"2025-12-03","registration_closing":"2026-09-20","registration_status":"open","courseMode":"Onsite"},{"id":588,"name":"Introduction au text-mining avec AlvisNLP (session 2024)","shortName":"Introduction to text-mining with AlvisNLP (2024)","description":"Objectifs pédagogiques\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées\r\n\r\nProgramme\r\n* Présentation du text-mining et de la Reconnaissance des Entités Nommées (REN)\r\n* Travaux Pratiques sur des techniques de REN en utilisant AlvisNLP\r\n* Projection de lexiques\r\n* Application de patrons\r\n* Apprentissage automatique","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3474","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Text mining"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:58:57.757098Z","type":"Training course","start_date":"2024-06-12","end_date":"2024-06-13","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/779/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-05-29","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":598,"name":"Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’annotation de génomes bactériens, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- faire tourner une série d’outils pour annoter un génome bactérien avec différents éléments génomiques,\r\n- évaluer l’annotation\r\n- visualiser un génome bactérien et ses annotations\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0097","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0622","http://edamontology.org/topic_0219"],"keywords":["Bacterial isolate","Galaxy","Structural and functional annotation of genomes"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-15T13:46:59.624049Z","type":"Training course","start_date":"2024-05-15","end_date":"2024-05-15","venue":"Bâtiment Turing, Salle A009","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":129,"name":"Bacterial Genome Annotation","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Bacterial%20Genome%20Annotation/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-02-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":512,"name":"New session of Python scripts for bioinformatics and Linux","shortName":"New session of Scripts en Python pour la bioinformatique et environnement Linux","description":"OBJECTIFS\r\n- Connaître les principes et les avantages du système Linux\r\n- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux\r\n- Comprendre et savoir lancer des scripts\r\n- Être capable d'écrire des scripts en Python\r\n- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils \r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc. \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Linux : lignes de commandes, principales commandes, redirection\r\n- Lancer, créer et modifier des scripts\r\n- Notions de variables, de boucles, de choix\r\n- Programmation de scripts : utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers\r\n- Création d'un pipeline d'outils","homepage":"https://cnrsformation.cnrs.fr/liste-stages-176-Bioinformatique.html","is_draft":false,"costs":["1200 €"],"topics":[],"keywords":["Linux","Python Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":7,"name":"ATGC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=json"}],"logo_url":"http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg","updated_at":"2023-10-05T12:36:19.174965Z","type":"Training course","start_date":"2023-10-23","end_date":"2023-10-25","venue":"","city":"Montpellier","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Onsite"},{"id":585,"name":"Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands (session 2024)","shortName":"Modélisation de structures 3D de protéines (2024)","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1317"],"keywords":["Protein structures","2D/3D","Protein/protein interaction modelisation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:39:22.713885Z","type":"Training course","start_date":"2024-05-27","end_date":"2024-05-28","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/778/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/420/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-05-13","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":635,"name":"Introduction To Python - session 16/10/2024 - 17/10/2024","shortName":"Introduction To Python - session 16/10/2024 - 17/10/2024","description":"The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3307"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":["Linux/Unix"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2024-06-10T12:33:57.629350Z","type":"Training course","start_date":"2024-10-16","end_date":"2024-10-17","venue":"","city":"castanet-tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":142,"name":"Introduction to python - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-06-05","registration_closing":"2024-10-08","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":757,"name":"INTRODUCTION TO PYTHON - 20 avril 2026","shortName":"Python - 20 avril 2026","description":"The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3307"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":["Linux/Unix"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2026-02-02T09:50:06.789625Z","type":"Training course","start_date":"2026-04-20","end_date":"2026-04-21","venue":"","city":"Castanet-Tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[{"id":142,"name":"Introduction to python - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2026-01-14","registration_closing":"2026-03-06","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":628,"name":"EBAII - Ecole de Bioinformatique  \"Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit\" session 2024","shortName":"EBAII niv1 - 2024 session","description":"Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.\r\n\r\nContenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies \"long reads\".\r\n\r\nObjectifs généraux:\r\nAcquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.\r\nMaîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.\r\nInterpréter les résultats des analyses de données NGS.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=28","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Biostatistics","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.","maxParticipants":40,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":3,"name":"IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=json"},{"id":14,"name":"Inserm","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"},{"id":14,"name":"BiGEst","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=json"},{"id":11,"name":"Pasteur HUB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Pasteur%20HUB/?format=json"},{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"},{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"},{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1023/course/section/179/logoEBAII.jpg","updated_at":"2024-12-05T09:13:51.889568Z","type":"Training course","start_date":"2024-11-17","end_date":"2024-11-22","venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-04-13","registration_closing":"2024-06-14","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":407,"name":"6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB","shortName":"EBAI 2017","description":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.","homepage":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/en/evenements/EBA2017","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Biostatistics","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. 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Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. 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Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et  les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L'appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s'adresse en priorité à des biologistes en demande d'évolution ou de reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion sur une des plateformes régionales de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d'un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”). Il bénéficiera d’un double encadrement assuré par un enseignant de la formation et par un tuteur bioinformaticien de la plateforme d'accueil de l’IFB.","homepage":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/du-bii","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":28,"name":"University Paris-Cité","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=json"},{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/LogoUnivParisDiderot_1024px_1.jpg","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2019-01-28","end_date":"2019-06-14","venue":"Université Paris-Diderot","city":"Paris","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2018-10-15","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":591,"name":"BIGomics, Génomique Comparative Biopolis","shortName":"","description":"Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module","homepage":"https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3056","http://edamontology.org/topic_0797","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_3810"],"keywords":["Phylogeny","Biodiversity","NGS Data Analysis"],"prerequisites":["Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Inscription via un formulaire Moodle","maxParticipants":50,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/781/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":85,"name":"IRD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":50,"name":"CIRAD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":24,"name":"South Green","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=json"}],"logo_url":"https://southgreenplatform.github.io/trainings/images/logo_southgreen_carre_6577134.png","updated_at":"2024-03-11T13:17:13.095567Z","type":"Training course","start_date":"2024-03-04","end_date":"2024-03-08","venue":"","city":"Montpellier","country":"France","geographical_range":"International","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-24","registration_closing":"2024-02-09","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":758,"name":"Analysis of shotgun metagenomic data - 11 mai 2026","shortName":"","description":"This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform. This course is dedicated to the analysis of prokaryotic shotgun metagenomic data from Illumina and Pacbio HiFi sequencing technology. \r\n\r\nAfter an overview of metagenomics and the biases and limitations of analyses, we will look at the main steps involved in analysing metagenomic data and launch independent tools on the genobioinfo cluster.\r\nLearners will then test a workflow to automate processing on a test dataset (metagWGS ).\r\nOn the third day, learners will choose which analysis strategy to start with according to their experimental design and launch the first stage of metagWGS on their own data.\r\nBy the end of the course, trainees will be familiar with the scope, advantages and limitations of shotgun sequencing data analysis and will have started the analysis on their own data.\r\n\r\ncalendar\r\n \r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nFirst Day\r\nStart at 09:00 am\r\nTour de table\r\nIntroduction to metagenomics, Illumina and Pacbio data, analysis stages, analysis limits, etc.\r\nPresentation of some key tools for each stage\r\nPractical work on the main stages launched independently\r\nEnd at 17:00 pm\r\nSecond Day\r\nStart at 09:00 am\r\nIntroduction to the advantages and disadvantages of workflows and containers\r\nLaunch of the data cleansing stage\r\nLaunch of the rest of the workflow and analysis of the multiQC report\r\nEnd at 17:00 pm\r\nThird Day – BYOD\r\nStart at 09:00 am\r\nDefine the analysis strategy and launch the start of the analysis of your own data.\r\nEnd at 17:00 pm maximum","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/analysis-of-shotgun-metagenomic-data/","is_draft":false,"costs":["Non-academic for non-academic: 1650€ + 20% taxes (TVA)","Academic non-INRAE for academic but non-INRAE: 510 € + 20% taxes (TVA)","INRAE for INRAE's staff: 450 € no VAT charged"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3174"],"keywords":["NGS Data Analysis","Metagenomics"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"},{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2026-02-02T12:27:34.243825Z","type":"Training course","start_date":"2026-05-11","end_date":"2026-05-13","venue":"","city":"Castanet-Tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[{"id":151,"name":"Metagenomic training - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Metagenomic%20training%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2026-01-14","registration_closing":"2026-03-27","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":787,"name":"Initiation à Python / Introduction to Python - 2026","shortName":"Introduction to Python 2026","description":"Objectifs pédagogiques\r\n\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nmaitriser les éléments de base du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches simples d’extraction d’informations, dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrésentation de Python\r\nVariables Python\r\nStructures de contrôle\r\nGestion de fichiers\r\nRéalisation de programmes simples et de Notebooks Jupyter\r\nMise en pratique avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:30:53.467274Z","type":"Training course","start_date":"2026-06-01","end_date":"2026-06-02","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2026-05-18","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":799,"name":"Construction and analysis of eukaryotic pangenome graphs - 30 novembre 2026","shortName":"","description":"This training session is organized by the Genotoul-Bioinfo platform. This 2 days long course is dedicated to the construction and the analysis of eukaryotic pangenome graphs.\r\n\r\nWe will first present the concept of graph-based pangenome, then build one. We will then apply several tools for its analysis: use annotation, call variants, extract sub-graphs, visualize the graph, map reads, genotype individuals, and perform a GWAS on the graph. The different formats will also be presented.\r\n\r\nBy the end of the course, trainees will be familiar with the topic, and able to run the major tools made to build an exploit a pangenome graph.","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/pangenome/","is_draft":false,"costs":["Non-academic for non-academic: 1100€ + 20% taxes (TVA)","INRAE for INRAE's staff: 300 € no VAT charged","Academic non-INRAE for academic but non-INRAE: 340 € + 20% taxes (TVA)"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3796","http://edamontology.org/topic_0625"],"keywords":["Pangenomic"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"},{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2026-04-20T08:13:35.712988Z","type":"Training course","start_date":"2026-11-30","end_date":"2026-12-02","venue":"","city":"Castanet-Tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"future","registration_opening":"2026-04-20","registration_closing":"2026-10-16","registration_status":"open","courseMode":"Onsite"}]}