{"count":686,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=560&ordering=-topics","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=520&ordering=-topics","results":[{"id":751,"name":"New session of Introduction at HPC","shortName":"","description":"Knowledge of the concepts and best practices for using the computing resources of the mesocenter cluster Clermont Auvergne in a bioinformatics context.\r\nBecome familiar with the work environment of the computing cluster, become autonomous in the use of its resources and learn to use a scheduler. \r\nPresentation of the resources accessible on the cluster (computing nodes, storage spaces, tools).\r\nConcept of jobs, queues and parallel computing.\r\nJob management (submission, follow-up, deletion).","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Have an account on the Mesocentre UCA computing cluster (make a request if necessary on the site https://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nAlternation of theoretical courses and practical work.\r\nCOME WITH A LAPTOP with an operational Eduroam connection.\r\nThe training is in French.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":94,"name":"University Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2026-01-28T10:19:20.805050Z","type":"Training course","start_date":"2026-03-04","end_date":"2026-03-04","venue":"UCA – Campus des Cézeaux – Bâtiment Turing - Mésocentre","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2026-01-27","registration_closing":"2026-03-03","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":750,"name":"New session of Introduction to Linux","shortName":"","description":"The aim of this training course is to familiarize participants with the use of the command line for use on a computing cluster in order to acquire the basics for processing biological data.\r\nPresentation of the computing cluster infrastructure at the Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction to the Linux environment.\r\nIntroduction to a scripting language with the Bash shell.\r\nCommand line manipulation of biological data files.\r\nHow to connect to the computing server.\r\nLearning the Bash computer language and how to navigate in a Linux environment.\r\nPractical exercises in entering commands on a terminal without a graphical interface.\r\nLearning file management, how to create files, manage access rights, manipulate them and transfer them to the computing cluster or retrieve them on your local workstation.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Have an account on the Mesocentre UCA computing cluster (make a request if necessary on the site https://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nAlternation of theoretical courses and practical work.\r\nCOME WITH A LAPTOP with an operational Eduroam connection.\r\nThe training is in French.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":94,"name":"University Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2026-01-28T10:19:31.625603Z","type":"Training course","start_date":"2026-02-25","end_date":"2026-02-25","venue":"UCA – Campus des Cézeaux – Bâtiment Turing - Mésocentre","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2026-01-27","registration_closing":"2026-02-24","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":740,"name":"ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School","shortName":"ETBII 2026","description":"La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif  :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3391","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Biostatistics","Biological network inference and analysis","Dimension reduction","Semantic web","Integration of heterogeneous data","Data Integration","Tool integration"],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats","Basic knowledge of R","Python - basic knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.","maxParticipants":30,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png","updated_at":"2025-11-03T14:11:43.902530Z","type":"Training course","start_date":"2026-03-29","end_date":"2026-04-04","venue":"","city":"Fréjus","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-11-02","registration_closing":"2025-12-17","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":738,"name":"Soumission de données et métadonnées à BioSample et ENA - 2025","shortName":"FAIR Data EBI 2025","description":"Nous vous proposons une formation en ligne sur le processus et les outils mis en place dans le cadre des projets AgroDiv et BReIF pour soumettre des données à ENA (EMBL-EBI) associées à des descriptions riches des échantillons séquencés dans BioSamples. Le webinaire abordera une explication approfondie des fichiers d'entrée requis pour la soumission, des champs demandés dans les template ainsi qu'une démonstration de l'utilisation des scripts développés pour automatiser la soumission des données et simplifier le processus.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=44","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Ce webinaire est ouvert à tous : n’hésitez pas à disséminer l’information dans vos unités.\r\nLes participants doivent s’inscrire ici : https://sondages.inrae.fr/index.php/768122?lang=fr","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":22,"name":"BReIF","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/BReIF/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-10-10T12:42:20.404551Z","type":"Training course","start_date":"2025-11-06","end_date":"2025-11-06","venue":"","city":"Online","country":"","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":147,"name":"Data-brokering script","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Data-brokering%20script/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-10-09","registration_closing":"2025-10-24","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":537,"name":"New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi","shortName":"New session of FAIR_bioinfo","description":"Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":94,"name":"University Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2023-06-14T10:22:28.365980Z","type":"Training course","start_date":"2023-07-10","end_date":"2023-07-17","venue":"Turing Building\r\nRoom A09","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-06-14","registration_closing":"2023-06-30","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":554,"name":"Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 (2023 session )","shortName":"Graphics with R-ggplot2 (2023)","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Représentations graphiques"],"prerequisites":["Langage R de base"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-17T10:24:23.197102Z","type":"Training course","start_date":"2023-05-15","end_date":"2023-05-15","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-02-01","registration_closing":"2023-05-08","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":737,"name":"H2020-AGENT Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform - 2022","shortName":"FAIRDOM 2022","description":"Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform, and submission workflow using curation & validation tools.","homepage":"https://urgi.versailles.inrae.fr/fairdom/events/1","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3365","http://edamontology.org/topic_3571","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_3572","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["Attendees will bring their own data"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"For H2020-AGENT project members only","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/755/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":21,"name":"H2020-AGENT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/H2020-AGENT/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-13T13:27:15.246574Z","type":"Training course","start_date":"2022-04-11","end_date":"2022-04-13","venue":"","city":"Versailles","country":"France","geographical_range":"International","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/755/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Blended"},{"id":569,"name":"Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 (2024 session)","shortName":"Graphics with R-ggplot2 (2024)","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Représentations graphiques"],"prerequisites":["Langage R de base"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-17T10:24:43.054528Z","type":"Training course","start_date":"2024-03-13","end_date":"2024-03-13","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":735,"name":"Datathon AGENT - 2021","shortName":"FAIRDOM 2021","description":"Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform, and submission workflow using curation & validation tools.","homepage":"https://agent-project.eu/news/agent-phenotyping-data-management","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3365","http://edamontology.org/topic_3571","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_3572","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["Attendees will bring their own data"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"For H2020-AGENT project members only","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":21,"name":"H2020-AGENT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/H2020-AGENT/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - 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2024","shortName":"FAIR Data EBI 2024","description":"Processus et outils mis en place dans le cadre des projets AgroDiv et BReIF pour soumettre des données dans les archives EMBL-EBI associées à des descriptions riches des échantillons séquencés dans BioSamples.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Consortium AgroDiv et BreIF","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-11-28T13:36:05.985672Z","type":"Training course","start_date":"2024-05-22","end_date":"2024-05-22","venue":"","city":"","country":"","geographical_range":"National","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":147,"name":"Data-brokering script","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Data-brokering%20script/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Online"},{"id":592,"name":"Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.\r\n\r\nCette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisés autour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases du fonctionnement de la plateforme Galaxy.\r\n\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T10:45:39.749607Z","type":"Training course","start_date":"2024-03-13","end_date":"2024-03-13","venue":"Bâtiment Turing, Salle A009","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":126,"name":"Galaxy 101 for everyone","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Galaxy%20101%20for%20everyone/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-02-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":593,"name":"Introduction à l'analyse de données de séquençage avec contrôle qualité et alignement sur un génome de référence avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séquençage : le contrôle qualité des données et l’alignement sur un génome de référence. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction aux données de séquençage, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de séquençage,\r\n- améliorer la qualité de données de séquençage\r\n- aligner des données sur un génome de référence\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":["Quality Control","Galaxy","Mapping"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-15T13:46:52.060588Z","type":"Training course","start_date":"2024-04-10","end_date":"2024-04-10","venue":"Bâtiment Turing, Salle A009","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":128,"name":"Mapping with Galaxy","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Mapping%20with%20Galaxy/?format=json"},{"id":127,"name":"Quality Control with Galaxy","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Quality%20Control%20with%20Galaxy/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-02-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":728,"name":"WheatIS data discovery - AgBioData","shortName":"WheatIS Search AgBioData","description":"The WheatIS project aims at building an International Wheat Information System to support the wheat research community. The main objective is to provide a single-access web base system to access to the available data resources and bioinformatics tools. The project is endorsed by the Wheat Initiative.\r\nThe WheatIS data discovery tool allows to search data in all the wheat resources around the world.\r\nThis training will describe how to use the tool, what data are available, how to join, etc.","homepage":"https://urgi.versailles.inrae.fr/About-us/News/WheatIS-DataDiscovery-webinar-on-AgBioData-conference","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_3489","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Pour la communauté AgBioData","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-11T13:43:21.110089Z","type":"Training course","start_date":"2020-10-07","end_date":"2020-10-07","venue":"","city":"","country":"","geographical_range":"International","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":null,"registration_status":"unknown","courseMode":"Online"},{"id":707,"name":"New session of Initiation à la ligne de commande","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de\r\ncalcul afin d’acquérir les bases pour le traitement de données biologiques.\r\nPrésentation de l’infrastructure du cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction à l’environnement Linux.\r\nInitiation à un langage de scripting avec le shell Bash.\r\nManipulation en ligne de commande de fichiers de données d'origine biologique.\r\nComment se connecter au serveur de calcul.\r\nApprentissage du langage informatique Bash et comment naviguer dans un environnement Linux.\r\nExercices pratiques de saisie de commandes sur un terminal sans interface graphique.\r\nApprentissage de la gestion de fichiers, comment les créer, gérer les droits d’accès, les manipuler et les transférer sur le\r\ncluster de calcul ou les récupérer sur son poste de travail local.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Avoir un compte sur le cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne (faire une demande le cas échéant sur le site\r\nhttps://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nVENIR AVEC UN ORDINATEUR PORTABLE muni d’une connexion à Eduroam opérationnelle.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T12:47:28.918467Z","type":"Training course","start_date":"2025-04-09","end_date":"2025-04-09","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-04-02","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":727,"name":"WheatIS data discovery - 2020","shortName":"WheatIS Search 2020","description":"The WheatIS project aims at building an International Wheat Information System to support the wheat research community. 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La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :\r\n- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB \r\n- une  journée de session pratique  avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=29","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["FAIR","Reproducibility","Nextflow","Snakemake"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":20,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/326/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/804/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":38,"name":"PB-IBENS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PB-IBENS/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png","updated_at":"2024-03-28T10:04:12.722566Z","type":"Training course","start_date":"2024-10-14","end_date":"2024-10-16","venue":"","city":"Paris","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-03-01","registration_closing":"2024-06-30","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":709,"name":"New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi","shortName":"New session of FAIR_bioinfo","description":"Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":101,"name":"iGReD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/iGReD/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T13:11:26.183643Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-19","end_date":"2025-02-21","venue":"","city":"Aubière","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/818/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/819/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/820/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-02-17","registration_closing":"2025-05-12","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":725,"name":"AlphaFold et au-delà : Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA - 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Over the past few years, a rapid and disruptive acceleration of progress in AI has occurred, driven by significant advances in widespread data availability, computing power and machine learning. Remarkable strides were made in particular in the development of foundation models - AI models trained on extensive volumes of unlabelled data. Moreover, given the large amounts of omics data that are being generated and made accessible to researchers due to the drop in the cost of high-throughput technologies, analysing these complex high-volume data is not trivial, and the use of classical statistics can not explore their full potential. 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