{"count":668,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=200&ordering=registration_status","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=json&limit=20&offset=160&ordering=registration_status","results":[{"id":501,"name":"Autumn School #5 \"Bioinformatics and Biostatistical Tools  in Medical Genomics\"","shortName":"","description":"Genopole et ses partenaires institutionnels lancent la 5e session de l’école thématique « Bioinformatique et biostatistiques pour la génomique en santé »\r\nCette formation est dédiée aux chercheurs, ingénieurs et doctorants et dispensée en anglais par des experts internationaux de la génomique.\r\nLes points forts de la formation :\r\n\r\n    Des sessions de formation pratiques aux outils d’analyse génomique\r\n    Des experts des grands centres nationaux et internationaux (Université d’Evry – Paris-Saclay, Inrae, CEA, CNRS, Université du Luxembourg, EMBL-EBI)\r\n    Format résidentiel tout inclus dans un cadre accueillant et propice au networking\r\n    Effectif limité à 15 participants pour une qualité optimale des sessions pratiques\r\n    Formation éligible à la prise en charge employeurs ou OPCO","homepage":"https://www.genopole.fr/temps-forts/agenda/genopole-summer-school-2022","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":null,"updated_at":"2022-11-14T16:43:03.315741Z","type":"Training course","start_date":"2022-11-21","end_date":"2022-11-24","venue":"","city":"","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2022-10-28","registration_closing":"2022-11-19","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":507,"name":"Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform - November 2023","shortName":"MicroScope training - November 2023","description":"In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.","homepage":"https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0085","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0797"],"keywords":["Sequence analysis","Microbial evolution","Structural and functional annotation of genomes","Sequence annotation"],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. See : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/external-microscope-professional-training-sessions/","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":15,"name":"Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Laboratory%20of%20Bioinformatics%20Analyses%20for%20Genomics%20and%20Metabolism/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":67,"name":"University Paris-Saclay","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":9,"name":"MicroScope","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MicroScope/?format=json"}],"logo_url":"https://labgem.genoscope.cns.fr/wp-content/uploads/2021/06/GENOSCOPE-LABGeM.jpg","updated_at":"2023-05-17T09:52:54.208192Z","type":"Training course","start_date":"2023-12-04","end_date":"2023-12-08","venue":"","city":"Evry","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2023-11-05","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":477,"name":"Cluster - session 2022/10/11","shortName":"","description":"This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.","homepage":"http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":[],"keywords":["Linux","Cluster"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2023-05-17T10:14:33.722250Z","type":"Training course","start_date":"2022-10-11","end_date":"2022-10-11","venue":"","city":"Castanet Tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2022-03-08","registration_closing":"2022-10-04","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":568,"name":"Formation Principes FAIR dans un projet de bioinformatique - Session 1 - Strasbourg","shortName":"FAIR-Bioinfo-Strasbourg_session1","description":"Cette formation sur 3 jours est destinée à des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes \"FAIR\" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d'analyse et/ou de développement.","homepage":"https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/training/10387/12552/66e8217a2c8c491a60eeed9f5a167db3","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":[],"keywords":["Programming Languages & Computer Sciences","FAIR","Snakemake","Docker"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Academics","maxParticipants":14,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":79,"name":"IBMP","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBMP/?format=json"},{"id":83,"name":"IGBMC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":14,"name":"BiGEst","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2023-12-20T15:48:19.995591Z","type":"Training course","start_date":"2024-04-09","end_date":"2024-04-11","venue":"","city":"Strasbourg","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/737/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-12-20","registration_closing":"2024-03-10","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":199,"name":"Ecole single-cell 2019","shortName":"SincellTE 2019","description":"Transcriptomique et épigénomique en cellule unique: théorie et pratique","homepage":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/sincellTE_2019","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":30,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/644/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/sincellTE_logo_0_2.png","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2019-02-03","end_date":"2019-02-08","venue":"Station Biologique","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2018-11-15","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":463,"name":"École EBAii Assemblage & Annotation / Assembly & Annotation EBAii school - Session 2022","shortName":"EBAii Assemblage & Annotation / Assembly & Annotation EBAii school -2022","description":"Objectifs\r\nLa formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS), pour l'assemblage et l'annotation de novo de génomes. Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour des différentes étapes qui mèneront à l’obtention d’un génome annoté à partir de données “long reads” et “hybride” : contrôle qualité des données, assemblage, scaffolding, polishing, annotation structurale et fonctionnelle (en session parallèle pour les procaryotes et les eucaryotes). \r\nL’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.\r\nAttention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.\r\nPublic visé\r\nCette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.","homepage":"https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii2022_genomique/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":40,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://cvt.aviesan.fr/wp-content/themes/cvtaviesan/images/logo_cvt.png","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2022-09-25","end_date":"2022-09-30","venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2022-01-25","registration_closing":"2022-03-15","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":462,"name":"Principes FAIR dans un projet de bioinformatique - Session 2022","shortName":"FAIR bioinfo - session 2022","description":"L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d’analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=9&username=guest","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769"],"keywords":["Computing Environments","NGS Sequencing Data Analysis","Workflow development"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":3,"name":"IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":43,"name":"IFB-core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.627601Z","type":"Training course","start_date":"2022-06-13","end_date":"2022-06-15","venue":"","city":"Paris","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2022-01-26","registration_closing":"2022-04-15","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":540,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq  (sous Galaxy)- session Octobre 2023","shortName":"","description":"Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Découvrir les fonctionnalités courantes de Galaxy, et savoir les utiliser.\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants.","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"La première journée du module permettra aux personnes n’ayant pas suivi le module Analyses ADN du cycle de rattraper les pré-requis nécessaires à la suite de la formation (initiation à Galaxy, nettoyage et qualités des séquences, mapping). Des concepts basiques en statistique (moyenne, variance, p-value) sont nécessaires pour être à l’aise dans la quatrième journée.","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:37:20.758462Z","type":"Training course","start_date":"2023-10-03","end_date":"2023-10-06","venue":"","city":"Villeneuve d'Ascq","country":"FRANCE","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-06-15","registration_closing":"2023-07-13","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":696,"name":"Annotation et comparaison de génomes bactériens : 2025","shortName":"Annotation et comparaison de génomes bactériens","description":"Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n* Téléchargement de données publiques\r\n* Evaluation de la qualité\r\n* Caractérisation de la diversité génomique\r\n* Stratégies de comparaison :\r\n* Construction de famille de protéines\r\n* Alignement de génomes complets\r\n* Analyse des résultats :\r\n   o Notion de core et pan-génome\r\n   o Notions élémentaires de phylogénomique\r\n   o Visualisation et interprétation des résultats\r\n* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3299","http://edamontology.org/topic_0622"],"keywords":["Comparative genomics"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2025-01-29T11:32:53.505947Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-19","end_date":"2025-05-20","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2025-01-22","registration_closing":"2025-05-04","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":756,"name":"SHORT-READ ALIGNMENT AND SMALL SIZE VARIANTS CALLING - 13 avril 2026","shortName":"","description":"This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to introduce NGS data, in particular Illumina Solexa technologies with command line. You will discover the new sequence formats, the assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection with the GATK pipeline and alignment visualization software.\r\n\r\nThis training is focused on the practice. It consists of modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nDay 1 (09:00 am to 12:30 am): Fastq format / Sequence quality. Read mapping.\r\nDay 1 (14:00 pm to 17:00 pm): SAM format. Visualisation.\r\nDay 2 (09:00 am to 17:00 am): Variant calling. VCF format. Variant annotation (SNPeff / SNPsift).\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.\r\n\r\nPrerequisites: ability to use a Unix environment (see Unix training) and Cluster (see Cluster training).\r\n \r\nTool box: FastQC, BWA, Samtools, Picard tools, GATK, SnpSift / SnpEff, IGV.","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/alignment-and-small-size-variants-calling/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0102","http://edamontology.org/topic_2885"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/sigenae-text-black-1.png","updated_at":"2026-02-02T09:47:33.747044Z","type":"Training course","start_date":"2026-04-13","end_date":"2026-04-14","venue":"","city":"Castanet-Tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2026-01-14","registration_closing":"2026-02-27","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":458,"name":"Initiation à Git / Git Initiation - 2021 Session 2","shortName":"Git Initiation - 2021 S2","description":"Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3372"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2022-10-07T08:23:00.426374Z","type":"Training course","start_date":"2022-01-21","end_date":null,"venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2021-12-15","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":595,"name":"Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,\r\n- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":["Galaxy","Metabarcoding"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-15T13:47:06.720309Z","type":"Training course","start_date":"2024-06-19","end_date":"2024-06-19","venue":"Bâtiment Turing, Salle A009","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":131,"name":"16S Microbial Analysis with mothur","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/16S%20Microbial%20Analysis%20with%20mothur/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-02-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":670,"name":"Analysis of shotgun metagenomic data - May 2025","shortName":"","description":"This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform. This course is dedicated to the analysis of prokaryotic shotgun metagenomic data from Illumina and Pacbio HiFi sequencing technology. \r\n\r\nAfter an overview of metagenomics and the biases and limitations of analyses, we will look at the main steps involved in analysing metagenomic data and launch independent tools on the genobioinfo cluster.\r\nLearners will then test a workflow to automate processing on a test dataset (metagWGS ).\r\nOn the third day, learners will choose which analysis strategy to start with according to their experimental design and launch the first stage of metagWGS on their own data.\r\nBy the end of the course, trainees will be familiar with the scope, advantages and limitations of shotgun sequencing data analysis and will have started the analysis on their own data.\r\n\r\ncalendar\r\n \r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nFirst Day\r\nStart at 09:00 am\r\nTour de table\r\nIntroduction to metagenomics, Illumina and Pacbio data, analysis stages, analysis limits, etc.\r\nPresentation of some key tools for each stage\r\nPractical work on the main stages launched independently\r\nEnd at 17:00 pm\r\nSecond Day\r\nStart at 09:00 am\r\nIntroduction to the advantages and disadvantages of workflows and containers\r\nLaunch of the data cleansing stage\r\nLaunch of the rest of the workflow and analysis of the multiQC report\r\nEnd at 17:00 pm\r\nThird Day – BYOD\r\nStart at 09:00 am\r\nDefine the analysis strategy and launch the start of the analysis of your own data.\r\nEnd at 17:00 pm maximum","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/analysis-of-shotgun-metagenomic-data/","is_draft":false,"costs":["Non-academic for non-academic: 1650€ + 20% taxes (TVA)","Academic non-INRAE for academic but non-INRAE: 510 € + 20% taxes (TVA)","INRAE for INRAE's staff: 450 € no VAT charged"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3174"],"keywords":["NGS Data Analysis","Metagenomics"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"},{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2024-12-06T20:59:00.699915Z","type":"Training course","start_date":"2025-05-05","end_date":"2025-05-07","venue":"","city":"castanet-tolosan","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-12-06","registration_closing":"2025-04-23","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":777,"name":"Introduction au language R / Introduction to R langage - 2026","shortName":"Introduction to R langage - 2026","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et ses principes. Ils seront capables de les appliquer pour effectuer des calculs ou des représentations graphiques simples. Ils seront de plus autonomes pour manipuler leurs tableaux de données.\r\nAttention : ce module n’est ni un module de statistique, ni un module d’analyse statistique des données.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Structures et manipulation de données\r\n* Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…)\r\n* Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot)","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:13:09.936499Z","type":"Training course","start_date":"2026-03-10","end_date":"2026-03-11","venue":"","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":null,"registration_closing":"2026-02-24","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":599,"name":"Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour caractériser et visualiser des communautés microbiennes. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à la métagénomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- assigner des taxons à des données de métagénomiques,\r\n- visualiser une communauté microbienne à partir d’assignations taxonomiques\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_3174","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-15T13:47:14.064675Z","type":"Training course","start_date":"2024-09-11","end_date":"2024-09-11","venue":"Bâtiment Turing, Salle A009","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"Local","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"trainingMaterials":[{"id":130,"name":"Taxonomic Profiling and Visualization of Metagenomic Data","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Taxonomic%20Profiling%20and%20Visualization%20of%20Metagenomic%20Data/?format=json"}],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-02-08","registration_closing":"2024-02-28","registration_status":"closed","courseMode":"Online"},{"id":537,"name":"New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi","shortName":"New session of FAIR_bioinfo","description":"Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":94,"name":"University Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2023-06-14T10:22:28.365980Z","type":"Training course","start_date":"2023-07-10","end_date":"2023-07-17","venue":"Turing Building\r\nRoom A09","city":"Clermont-Ferrand","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-06-14","registration_closing":"2023-06-30","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":574,"name":"Initiation à Python / Introduction to Python (2024 session)","shortName":"Introduction to Python (2024)","description":"Objectifs pédagogiques\r\n\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nmaitriser les éléments de base du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches simples d’extraction d’informations, dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrésentation de Python\r\nVariables Python\r\nStructures de contrôle\r\nGestion de fichiers\r\nRéalisation de programmes simples et de Notebooks Jupyter\r\nMise en pratique avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-17T11:12:29.553873Z","type":"Training course","start_date":"2024-03-26","end_date":"2024-03-27","venue":"https://migale.inrae.fr/how-to-come","city":"Jouy-en-Josas","country":"France","geographical_range":"","trainers":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/199/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/175/?format=json"],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-01-08","registration_closing":"2024-03-12","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":628,"name":"EBAII - Ecole de Bioinformatique  \"Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit\" session 2024","shortName":"EBAII niv1 - 2024 session","description":"Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.\r\n\r\nContenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies \"long reads\".\r\n\r\nObjectifs généraux:\r\nAcquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.\r\nMaîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.\r\nInterpréter les résultats des analyses de données NGS.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=28","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Biostatistics","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.","maxParticipants":40,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":3,"name":"IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=json"},{"id":14,"name":"Inserm","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"},{"id":14,"name":"BiGEst","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=json"},{"id":11,"name":"Pasteur HUB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Pasteur%20HUB/?format=json"},{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"},{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"},{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1023/course/section/179/logoEBAII.jpg","updated_at":"2024-12-05T09:13:51.889568Z","type":"Training course","start_date":"2024-11-17","end_date":"2024-11-22","venue":"","city":"Roscoff","country":"France","geographical_range":"National","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2024-04-13","registration_closing":"2024-06-14","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"},{"id":279,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. 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