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            "name": "Introduction au language R / Introduction to R langage (2024 session)",
            "shortName": "Introduction to R language (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et ses principes. Ils seront capables de les appliquer pour effectuer des calculs ou des représentations graphiques simples. Ils seront de plus autonomes pour manipuler leurs tableaux de données.\r\nAttention : ce module n’est ni un module de statistique, ni un module d’analyse statistique des données.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Structures et manipulation de données\r\n* Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…)\r\n* Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot)",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
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                "R Language"
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            "type": "Training course",
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        {
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            "name": "Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform - novembre 2022",
            "shortName": "MicroScope training - nov 2022",
            "description": "In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.",
            "homepage": "https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/",
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            "costs": [
                "2500 € for private companies",
                "1350 € for academics",
                "945 € for students"
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0797",
                "http://edamontology.org/topic_0085",
                "http://edamontology.org/topic_3301"
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            "keywords": [
                "Genome analysis",
                "Sequence annotation"
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            "prerequisites": [
                "Licence"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. See : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/external-microscope-professional-training-sessions/",
            "maxParticipants": 12,
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                    "name": "Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism",
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                    "name": "MicroScope",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-11-21",
            "end_date": "2022-11-25",
            "venue": "Evry University Paris Saclay",
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        {
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            "name": "Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 (2024 session)",
            "shortName": "Graphics with R-ggplot2 (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.",
            "homepage": "https://migale.inrae.fr/trainings",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                "http://edamontology.org/topic_0091",
                "http://edamontology.org/topic_0605",
                "http://edamontology.org/topic_2269"
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            "keywords": [
                "Représentations graphiques"
            ],
            "prerequisites": [
                "Langage R de base"
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            "maxParticipants": 10,
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                    "name": "BioinfOmics",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-13",
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        {
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            "name": "Cluster - session 2022/03/15",
            "shortName": "",
            "description": "This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [],
            "keywords": [
                "Linux",
                "Cluster"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "You need to register (via the website) and pay 170 euros (+ 20% taxes (TVA)) a day for academic, 150  € no VAT charged for INRAE and 550 euros (+ 20% taxes (TVA)) a day for a private.",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
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                    "name": "Genotoul-bioinfo",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
                }
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            "updated_at": "2023-05-17T10:18:25.493051Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-03-15",
            "end_date": "2022-03-15",
            "venue": "",
            "city": "Castanet Tolosan",
            "country": "France",
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            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api"
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        {
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            "name": "LINUX - session 2022/10/10",
            "shortName": "",
            "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning sequence analysis. This training session has been designed to familiarize yourself with the platform resources and its organization. You will learn to access the platform from your work station, what is an Linux environment and how to use it, how to create and manipulate files, how to transfer them from and to your personal computer.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of 3 modules with a large variety of exercises:\r\n\r\n- Connect to « genotoul » server (09:00 am to 10:30 am): Platform presentation, Linux basics, opening an user account, Putty installation, first connection.\r\n- Files and basics commands  (10:45 am to 12:00 pm): types of files and secure access, file manipulation commands, text editors and viewers, disk space management .\r\n- Transfers and file manipulation (14:00 pm to 17:00 pm): download/transfer, compress/uncompress, utility commands and data extraction, output redirections.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/linux-2-2/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
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                "Linux - Basic Knowledge"
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            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
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            "organisedByOrganisations": [
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                    "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse",
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                    "name": "Genotoul-bioinfo",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
                }
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            "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-10-10",
            "end_date": "2022-10-10",
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        {
            "id": 485,
            "name": "IMGT® standards, databases, tools and web resources - Session 2022",
            "shortName": "IMGT workshop",
            "description": "Presentation of IMGT® patterns and resources for the study of genes, expressed repertoires and three-dimensional structures of immunoglobulins (antibodies) and T cell receptors.",
            "homepage": "https://www.biocampus.cnrs.fr/index.php/fr/ateliers-a-venir-inscriptions/68-presentation-des-standards-des-bases-de-donnees-outils-et-ressources-web-d-imgt",
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3930",
                "http://edamontology.org/topic_3948"
            ],
            "keywords": [
                "Protein structures",
                "Immune repertoire analysis",
                "Monoclonal antibody",
                "Immunology"
            ],
            "prerequisites": [
                "Biologists"
            ],
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            "maxParticipants": 10,
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api"
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            "venue": "",
            "city": "Montpellier",
            "country": "France",
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        },
        {
            "id": 199,
            "name": "Ecole single-cell 2019",
            "shortName": "SincellTE 2019",
            "description": "Transcriptomique et épigénomique en cellule unique: théorie et pratique",
            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/sincellTE_2019",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
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            "type": "Training course",
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            "venue": "Station Biologique",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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        },
        {
            "id": 554,
            "name": "Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2 (2023 session )",
            "shortName": "Graphics with R-ggplot2 (2023)",
            "description": "Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.",
            "homepage": "https://migale.inrae.fr/trainings",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0091",
                "http://edamontology.org/topic_0605",
                "http://edamontology.org/topic_2269"
            ],
            "keywords": [
                "Représentations graphiques"
            ],
            "prerequisites": [
                "Langage R de base"
            ],
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            "maxParticipants": 10,
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                    "name": "BioinfOmics",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 10,
                    "name": "MIGALE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api"
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-17T10:24:23.197102Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2023-05-15",
            "end_date": "2023-05-15",
            "venue": "",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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        },
        {
            "id": 418,
            "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé  - Session 1",
            "shortName": "FAIR data - Session 1",
            "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.",
            "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3420",
                "http://edamontology.org/topic_0219",
                "http://edamontology.org/topic_3571"
            ],
            "keywords": [
                "Données"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "public",
            "maxParticipants": null,
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api"
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            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 3,
                    "name": "IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
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                    "name": "IFB-core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api"
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            ],
            "organisedByTeams": [
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                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
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            "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg",
            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2021-03-15",
            "end_date": "2021-03-19",
            "venue": "",
            "city": "",
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            "geographical_range": "",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/737/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api"
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            "trainingMaterials": [],
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            "registration_status": "unknown",
            "courseMode": null
        },
        {
            "id": 590,
            "name": "Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO",
            "shortName": "Formation d'initiation à OMERO",
            "description": "Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.\r\n\r\nInscription dans la limite de 10 personnes auprès de la plateforme CLIC ou de la plateforme AuBi.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3383"
            ],
            "keywords": [
                "Microscopy",
                "Bioimaging",
                "FAIR"
            ],
            "prerequisites": [
                "none"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Demander l'ouverture d'un compte au Mésocentre Clermont Auvergne\r\nVenir avec un ordinateur portable et une connexion à Eduroam",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 16,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 87,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api"
                },
                {
                    "id": 96,
                    "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api"
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            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 31,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
                }
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            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg",
            "updated_at": "2024-02-01T14:24:51.515020Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-01-26",
            "end_date": "2024-01-26",
            "venue": "Bâtiment Turing, Salle A013",
            "city": "Clermont-Ferrand",
            "country": "France",
            "geographical_range": "Local",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-01-02",
            "registration_closing": null,
            "registration_status": "open",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 412,
            "name": "2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN",
            "shortName": "EBA 2013 - 2",
            "description": "La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.\r\nL’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.\r\nLes participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).",
            "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/2eme-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit/(sort_cat)/3726",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
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            "keywords": [
                "Biostatistics",
                "Sequence analysis",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api"
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            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
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                    "name": "Aviesan",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
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                    "id": 53,
                    "name": "AVIESAN",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api"
                },
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
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            "organisedByTeams": [
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                    "id": 29,
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                {
                    "id": 4,
                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg",
            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2013-11-17",
            "end_date": "2013-11-22",
            "venue": "Station Biologique",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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            "registration_opening": null,
            "registration_closing": "2013-09-01",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 619,
            "name": "Manipulating  & Visualizing Data with R - 2024",
            "shortName": "R - DataViz - 2024",
            "description": "Objectifs\r\n- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R\r\n- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)\r\n- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)\r\n- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)\r\n- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate\r\n- Introduction aux concepts de visualisation de données\r\n- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse\r\n- Partager ses résultats avec Quarto",
            "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0092"
            ],
            "keywords": [],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 18,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api"
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                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png",
            "updated_at": "2025-01-23T13:52:27.424558Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-05-23",
            "end_date": "2024-05-23",
            "venue": "",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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            "registration_opening": "2024-03-29",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 712,
            "name": "Linux - Initiation / Linux for Beginners",
            "shortName": "Linux Initiation",
            "description": "Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus",
            "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/2025",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
            ],
            "keywords": [
                "Linux",
                "Operating systems"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription",
            "maxParticipants": 16,
            "contacts": [],
            "elixirPlatforms": [],
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            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 65,
                    "name": "SBR - Roscoff Marine Station",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png",
            "updated_at": "2025-02-21T08:52:59.581686Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2025-05-14",
            "end_date": "2025-05-14",
            "venue": "",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 486,
            "name": "11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm",
            "shortName": "EBAII 2022",
            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
            "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii-2022-n1/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [],
            "keywords": [
                "Biostatistics",
                "Sequence analysis",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.",
            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/371/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
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                    "name": "IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api"
                },
                {
                    "id": 13,
                    "name": "Aviesan",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api"
                },
                {
                    "id": 14,
                    "name": "Inserm",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
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                    "name": "AVIESAN",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api"
                },
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
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            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 14,
                    "name": "BiGEst",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api"
                },
                {
                    "id": 10,
                    "name": "MIGALE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api"
                },
                {
                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                },
                {
                    "id": 4,
                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
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            ],
            "logo_url": null,
            "updated_at": "2023-05-17T09:56:27.318517Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-11-13",
            "end_date": "2022-11-18",
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            "city": "Roscoff",
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        },
        {
            "id": 740,
            "name": "ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School",
            "shortName": "ETBII 2026",
            "description": "La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif  :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45",
            "is_draft": false,
            "costs": [],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3391",
                "http://edamontology.org/topic_3366",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "Biological network inference and analysis",
                "Dimension reduction",
                "Semantic web",
                "Integration of heterogeneous data",
                "Data Integration",
                "Tool integration"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux and knowledge of NGS formats",
                "Basic knowledge of R",
                "Python - basic knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.",
            "maxParticipants": 30,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api"
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            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
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                    "id": 1,
                    "name": "CNRS - IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
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                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
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            "organisedByTeams": [
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                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                }
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            "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png",
            "updated_at": "2025-11-03T14:11:43.902530Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2026-03-29",
            "end_date": "2026-04-04",
            "venue": "",
            "city": "Fréjus",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
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            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "future",
            "registration_opening": "2025-11-02",
            "registration_closing": "2025-12-17",
            "registration_status": "open",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 741,
            "name": "Initiation à Galaxy - session Juin 2025",
            "shortName": "",
            "description": "Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.\r\n\r\nGalaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. \r\nC'est l'environnement qui est utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.",
            "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [],
            "keywords": [
                "Galaxy"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Ouvert en priorité aux participants du cycle Analyse NGS organisé par Bilille.",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api"
            ],
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            "organisedByTeams": [
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                    "id": 3,
                    "name": "Bilille",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png",
            "updated_at": "2025-11-21T16:39:58.895195Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2025-06-23",
            "end_date": "2025-06-23",
            "venue": "",
            "city": "Villeneuve d'Ascq",
            "country": "France",
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            "registration_status": "unknown",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 582,
            "name": "Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy  : 2025",
            "shortName": "Analyse donées NGS sous Galaxy: 2025",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien\r\n\r\nProgramme\r\nThéorie\r\n* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)\r\n\r\nPratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien\r\n* Contrôle qualité\r\n* Assemblage de-novo\r\n* Nettoyage des données\r\n* Assemblage\r\n* Visualisation et statistiques sur l’assemblage\r\n* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation\r\nTous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0092",
                "http://edamontology.org/topic_0102",
                "http://edamontology.org/topic_0196",
                "http://edamontology.org/topic_3168"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy",
                "NGS"
            ],
            "prerequisites": [
                "Galaxy - Basic usage"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
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                    "name": "MIGALE",
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2025-01-23T15:28:28.758744Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2025-03-21",
            "end_date": "2025-03-21",
            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 649,
            "name": "Analyses NGS avec R",
            "shortName": "",
            "description": "Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage NGS\r\n- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants\r\n- L'analyse des reads et du résultat d'alignement\r\n- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq\r\n- Les techniques d'enrichissement\r\n- Les outils de visualisation pour les NGS\r\n\r\nLa fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires.",
            "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-ngs-r?axe=176",
            "is_draft": false,
            "costs": [],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605"
            ],
            "keywords": [
                "NGS Data Analysis",
                "R Language",
                "Gene expression differential analysis",
                "Data visualization"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api"
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            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
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                    "name": "CNRS formation entreprise",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api"
                }
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            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 1,
                    "name": "CNRS formation entreprises",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api"
                }
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            "organisedByTeams": [
                {
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                    "name": "CBiB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=api"
                }
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            "logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png",
            "updated_at": "2024-12-04T10:38:10.103074Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2025-05-15",
            "end_date": "2025-05-16",
            "venue": "",
            "city": "Bordeaux",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
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            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-12-03",
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            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 618,
            "name": "Initiation à R / R Initiation - 2024",
            "shortName": "R - Init - 2024",
            "description": "Objectifs\r\n- Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de\r\nbase\r\n- Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction à l'IDE Rstudio\r\n- Créer un projet et un script\r\n- Manipulation de données de base\r\n- Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?\r\n- Utiliser des fonctions de packages externes",
            "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_2269"
            ],
            "keywords": [],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 16,
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            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. Ils et elles seront capables de créer leurs premières applications web interactives à partir de scripts R. Les solutions de déploiement d’applications Shiny seront également abordées.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes généraux et fonctionnement d’une application Shiny\r\nDéveloppement d’applications Shiny\r\nDéploiement d’applications Shiny",
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