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{ "count": 629, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=600&ordering=-geographical_range", "results": [ { "id": 575, "name": "Python avancé : 2025", "shortName": "Advanced Python (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nconnaître les éléments avancés du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches complexes visant à extraire et re-formater des données issues de fichiers textes,\r\ndans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nFonctions\r\nExpressions régulières\r\nGestion des erreurs\r\nBiopython\r\nQuelques modules de bioinformatique\r\nRéalisation de programmes et de Notebooks Jupyter\r\nIllustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [ "Python - basic knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T15:53:46.278385Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-04-02", "end_date": "2025-04-03", "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/199/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/175/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2025-01-19", "registration_closing": "2025-03-18", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 273, "name": "FROGS formation : tools for bioinformatics and statistics analyses with amplicon metagenomics data", "shortName": "", "description": "This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae, NED (GenPhySE) and TWB, is designed to help you to deal with NGS data of 16S, 18S ... DNA produced with MiSeq from Illumina and Roche 454 technologies in the Galaxy workbench.\nYou will discover how to use our Galaxy instance, clean reads, clusterize them, do the taxonomic affiliation and perform statistics to interpret your results.\nPrerequisites: knowledge of R or in another programming language\n", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/metagenomic-amplicons-and-stats-with…", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Metagenomics", "metatranscriptomics", "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Subscribe by the web page : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/galaxy-training/.\nPrices : 165 euros per day for academic people, 550 per day otherwise.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/FROGS_logo_0.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2019-06-30", "end_date": "2019-07-03", "venue": "", "city": "Auzeville-Tolosane", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": null }, { "id": 381, "name": "Linux For Dummies", "shortName": "", "description": " \nThis course offers an introduction to work with Linux. We will describe the Linux environment, the first linux commands so participants can start to utilize command-line tools and feel comfortable using bioinformatics softwares through a linux terminal.\nPrerequisites\nNo experience required\n\nProgram\nConnecting to a distant HPC\nNavigating through a Unix file system\nCreating and deleting files\nManipuling and filtering file text\nBasics searching for text within a file\n\n\nLearning objectives\nAfter this course, participants should be able to:\nConnect to a Unix / Linux system\nManipulate files and directories within the Linux system\nWork with text files\nRun programs from the command-line\n\n\nInstructors\nChristine Tranchant - christine.tranchant@ird.fr\nNdomassi Tando - ndomassi.tando@ird.fr\nBruno Granouillac - bruno.granouillac@ird.fr\nFrançois Sabot - francois.sabot@ird.fr\nGautier Sarah - gautier.sarah@cirad.fr\n\n", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//linux/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2018-03-11", "end_date": null, "venue": "", "city": "Centre IRD, Montpellier", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": null }, { "id": 282, "name": "Analyse de données metabarcoding", "shortName": "", "description": "Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue d'une formation sur l'analyse de données metabarcoding en mai 2018.\nCelle-ci vous proposera : \n- une formation complète à l'outil FROGS sous Galaxy\n- l'intervention de plusieurs experts du domaine avec exposés thématiques et tutoriaux \n- le tout sur 5j, du 14 au 18 mai prochain\nCette semaine thématique est co-organisée entre la cellule bioinformatique de l’ifremer à Brest, la plateforme MIGALE de Jouy et la plate-forme ABiMS de Roscoff qui accueillera la formation.\nRetrouver les détails du programme ici : \nhttp://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2018\nSi cette formation vous intéresse, merci de bien vouloir compléter le formulaire d'inscription (disponible dans le lien ci-dessus).\n----------------------------------------\nWe are pleased to announce a training on metabarcoding data analysis in May 2018.\nThis one will propose to you:\n- complete training in the FROGS tool under Galaxy\n- the intervention of several experts in the field with thematic presentations and tutorials\n- all on 5days , from May 14 to 18\nThis theme week is co-organized with the IFREMER bioinformatic team (Brest) , the Migale bioinformatic platform(Jouy en Josas) and the ABiMS (Roscoff) bioinformatic platform and would take place in Roscoff..\nFind the details of the program here:\nhttp://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2018\nIf you are interested in this training, please complete the registration form (see link above).\nTrainning will be in French with slides in English.\n", "homepage": "http://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2018", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Ecology", "Biodiversity", "Microbial ecology", "NGS Data Analysis", "Metagenomics", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Dates et lieu\nDu 14 au 18 mai 2018\nStation Biologique de Roscoff\nPublic visé\nDoctorants, ITA, chercheurs, enseignants et ingénieurs impliqués dans des projets concrets d’analyse de données de metabarcoding.\nPré-requis\nAvoir une connaissance de l'environnement Galaxy et un projet d'analyse de données de metabarcoding.\nNombre de participants attendus\n18 participants.\nEtant donné le nombre limité de places pour cette formation, une sélection des participants sera réalisée dans le cas où nous aurions reçu plus de 18 candidatures.\nFrais d'inscription\n600€ HT (tarif unique)\nCes frais d'inscription comprennent les déjeuners et diners qui seront pris au restaurant Gulf Stream à Roscoff.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/Pre%CC%81sentation1.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2018-05-13", "end_date": "2018-05-17", "venue": "", "city": "ROSCOFF", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": null }, { "id": 584, "name": "Comparaison de génomes microbiens (session 2024)", "shortName": "Comparaison de génomes microbiens (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n* Téléchargement de données publiques\r\n* Evaluation de la qualité\r\n* Caractérisation de la diversité génomique\r\n* Stratégies de comparaison :\r\n* Construction de famille de protéines\r\n* Alignement de génomes complets\r\n* Analyse des résultats :\r\n o Notion de core et pan-génome\r\n o Notions élémentaires de phylogénomique\r\n o Visualisation et interprétation des résultats\r\n* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3299" ], "keywords": [ "Comparative genomics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2024-01-18T14:16:08.617035Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-24", "end_date": "2024-05-24", "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-08", "registration_closing": "2024-05-10", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 410, "name": "3ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2014", "description": "Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une\r\naccumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont\r\nconsidérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de\r\nnouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les\r\ninteractions ADN-protéine (immuno-précipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise\r\nune troisième session de cette école dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur\r\npermettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit en utilisant un\r\nenvironnement logiciel convivial : Galaxy.\r\nL’école comportera des séminaires introductifs, des cours et des travaux pratiques consacrés à l’initiation au traitement\r\ndes données de transcriptome (RNA-seq), d’interactome (ChIP-seq) et de variations génomiques (SNP, CNV). Les\r\nparticipants disposant de données pourront discuter de leur plan d’analyse et effectuer les premières étapes de\r\ntraitement de leurs données au cours de la dernière journée.\r\nL’école est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques dans un environnement Galaxy, plateforme dédiée à\r\nl’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette formation est destinée aux biologistes (chercheurs,\r\ndoctorants, enseignants-chercheurs, ingénieurs, …) ayant déjà utilisé ou souhaitant utiliser ce type de données.", "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/itmo-ggb-3e-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2014-10-05", "end_date": "2014-10-10", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2014-06-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 408, "name": "9ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm", "shortName": "EBAII 2020", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/ebaii2020", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2020-10-04", "end_date": "2020-10-09", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2020-04-05", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 686, "name": "Développement d’une application avec R Shiny : session 2025", "shortName": "R Shiny 2025", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. Ils et elles seront capables de créer leurs premières applications web interactives à partir de scripts R. Les solutions de déploiement d’applications Shiny seront également abordées.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes généraux et fonctionnement d’une application Shiny\r\nDéveloppement d’applications Shiny\r\nDéploiement d’applications Shiny", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Shiny" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T15:03:21.860021Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-03-14", "end_date": "2025-03-14", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2025-01-22", "registration_closing": "2025-02-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 350, "name": "Analyse de données métagénomiques 16S", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2017-06-19", "end_date": "2017-06-22", "venue": "", "city": "Jouy en Josas", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": null } ] }
