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            "id": 515,
            "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module  Analyses ADN (sous Galaxy) - Session Mars 2023",
            "shortName": "",
            "description": "Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses ADN sont :\r\n- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures\r\n- Présenter les méthodes et outils d'alignement\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence\r\n- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence\r\n- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses",
            "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer",
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            "costs": [
                "Free to academics"
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            "keywords": [
                "NGS Data Analysis",
                "Assembly of genomes and transcriptomes",
                "Read alignment on genomes",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [
                "Galaxy - Basic usage"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Le cycle de formation \"Analyse de données de séquençage à haut-débit\" organisé par bilille est financé par les services formation des personnels de l'Université de Lille, CNRS et Inserm, et est ouvert en priorité aux personnels de la région des Hauts-de-France de ces organismes.",
            "maxParticipants": 14,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api",
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                    "name": "CNRS",
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                },
                {
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                    "name": "INSERM",
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                    "id": 66,
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                    "name": "Bilille",
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                }
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            "updated_at": "2024-12-09T17:37:52.573465Z",
            "type": "Training course",
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            "end_date": "2023-03-09",
            "venue": "",
            "city": "Lille",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 592,
            "name": "Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.\r\n\r\nCette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisés autour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases du fonctionnement de la plateforme Galaxy.\r\n\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)",
            "maxParticipants": null,
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            "sponsoredBy": [
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
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                    "name": "AuBi",
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                    "name": "AuBi",
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            "updated_at": "2024-02-08T10:45:39.749607Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-13",
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            "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009",
            "city": "Clermont-Ferrand",
            "country": "France",
            "geographical_range": "Local",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [
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                    "name": "Galaxy 101 for everyone",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Galaxy%20101%20for%20everyone/?format=api"
                }
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            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-02-08",
            "registration_closing": "2024-02-28",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 479,
            "name": "Using sed and awk to modify large large text files - session 2022/10/12",
            "shortName": "",
            "description": "Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions.  The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/modify-and-extract-information-from-large-text-files-day-2-3/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
            ],
            "keywords": [
                "Programming Languages & Computer Sciences"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux/Unix"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
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                    "name": "MIAT 0875",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%200875/?format=api"
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                    "id": 22,
                    "name": "Genotoul-bioinfo",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
            "updated_at": "2024-03-26T14:09:59.037431Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-10-12",
            "end_date": "2022-10-12",
            "venue": "",
            "city": "Castanet Tolosan",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api"
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            "realisation_status": "past",
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            "registration_closing": "2022-10-05",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 624,
            "name": "Linux Avancé / Advanced Linux - 2024",
            "shortName": "Advanced Linux - 2024",
            "description": "Objectifs\r\n- Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers\r\nvolumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …\r\nProgramme\r\n- Introduction\r\n- Décrire (wc, grep)\r\n- Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)\r\n- Rechercher (grep)\r\n- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)\r\n- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)\r\n- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)\r\n- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)\r\n- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)",
            "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
            ],
            "keywords": [],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 18,
            "contacts": [],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 65,
                    "name": "SBR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png",
            "updated_at": "2025-01-23T13:51:43.807358Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-05-29",
            "end_date": "2024-05-29",
            "venue": "",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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            "registration_opening": "2024-03-29",
            "registration_closing": "2024-04-21",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 277,
            "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/5 : Analyses RNA-seq - partie 1 (bioinformatique)",
            "shortName": "",
            "description": "bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 3 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse",
            "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [],
            "keywords": [
                "NGS Data Analysis",
                "Analysis of RNAseq data",
                "Gene expression differential analysis",
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                "Transcriptomics (RNA-seq)",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
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