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{ "count": 605, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=580&ordering=-openTo", "results": [ { "id": 537, "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi", "shortName": "New session of FAIR_bioinfo", "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3307", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3068" ], "keywords": [ "Methodology", "Programming Languages & Computer Sciences", "Cloud", "Linux", "Snakemake", "Docker", "R" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 94, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2023-06-14T10:22:28.365980Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-07-10", "end_date": "2023-07-17", "venue": "Turing Building\r\nRoom A09", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-06-14", "registration_closing": "2023-06-30", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 665, "name": "Interactive Online Companionship - SingleCell RNAseq Analysis 2025", "shortName": "IOC - SingleCell", "description": "InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 3-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nAnalyse de données scRNAseq (avril à juin 2025) – 10 sessions de 2h30 – 2000 € Apprenez à analyser des données de séquençage ARN en cellules uniques grâce à des cas pratiques.Vous travaillerez d’abord sur un jeu de données fourni, puis sur vos propres données, avec un retour personnalisé sur votre projet. Cette formation requiert une bonne maîtrise de R.\r\n\r\nKey Highlights:\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nTailored feedback on your own data to reinforce the learning process.\r\nLimited spots available, registration is now open.", "homepage": "https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Single-Cell Analysis" ], "prerequisites": [ "R programming" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Followed R training or equivalent level", "maxParticipants": 6, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 18, "name": "IBiSA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=api" }, { "id": 19, "name": "Sorbonne Université", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true", "updated_at": "2024-12-11T08:35:29.702215Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-04-07", "end_date": "2025-06-30", "venue": "", "city": "online", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2024-12-01", "registration_closing": "2024-12-31", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 640, "name": "RNASeq Analysis", "shortName": "RNASeq Analysis", "description": "Objectives\r\n- Understand the key steps in RNASeq data analysis for a differential expression study\r\n- Know how to perform command-line analysis using Snakemake.\r\n\r\nPedagogical Content\r\nDay 1\r\n- Principle of RNASeq technology: objectives and experimental design.\r\n- Data quality assessment (FastQC, MultiQC).\r\n- Sequence alignment to a reference genome (STAR).\r\n\r\nDay 2\r\n- Differential gene expression analysis (HTSeqCount, DESeq2).\r\n- Functional annotation (GO, Kegg).\r\n- Using the Snakemake workflow system.\r\n- Comparison between RNASeq and 3’SRP methods.\r\n\r\nThe theoretical part is followed by a pipeline run step-by-step on a test dataset. \r\nIt will be possible to start an analysis on your own data.", "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/rnaseq/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Familiarity with basic Linux commands.", "maxParticipants": 12, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 16, "name": "BiRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiRD/?format=api" } ], "logo_url": "https://bird.univ-nantes.io/website/images/logo/logo.svg", "updated_at": "2024-08-22T15:55:32.866676Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-10-02", "end_date": "2024-10-03", "venue": "", "city": "Nantes", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 591, "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis", "shortName": "", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3056" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/781/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings/images/logo_southgreen_carre_6577134.png", "updated_at": "2024-03-11T13:17:13.095567Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-04", "end_date": "2024-03-08", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-24", "registration_closing": "2024-02-09", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 702, "name": "Pandas : gérer, analyser, visualiser vos données efficacement - Session 2025", "shortName": "", "description": "Les objectifs de cette formation sont :\r\n- Importer, exporter, gérer, analyser des données tabulaires\r\n- Calculer des données dérivées\r\n- Combiner et interroger des données complexes\r\n- Calculer des statistiques descriptives des données\r\n- Visualiser et synthétiser les données sous formes graphiques", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/python-et-module-pandas-pour-gerer-et-analyser-donnees?mc=Pandas", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire, organisation des données\r\n- Connaissance de base de la programmation en Python (activité régulière d'écriture de scripts en Python)\r\n- Maitrise d'un environnement de développement ou éditeur de programmes/scripts", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 6, "name": "CNRS formation entreprise", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2025-02-11T08:44:15.358414Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-03-24", "end_date": "2025-03-26", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-02-01", "registration_closing": "2025-03-20", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" } ] }
