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            "name": "Environments and best practices for using the BiRD cluster",
            "shortName": "Best practices BiRD cluster",
            "description": "Objectives\r\n- Understand and implement the principles of reproducible science in analysis and development projects\r\n- Acquire basic commands necessary for optimal use of the cluster\r\n\r\nPedagogical Content\r\n- Introduction to reproducibility\r\n- Best practices on code history and sharing: Git\r\n- Conda environment\r\n- Presentation of the computing cluster\r\n- Introduction to workflows using Snakemake",
            "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/cluster/",
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            "type": "Training course",
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        {
            "id": 708,
            "name": "New session of Introduction à l'utilisation d'un cluster de calcul",
            "shortName": "",
            "description": "Knowledge of the concepts and best practices for using the computing resources of the mesocenter cluster Clermont Auvergne in a bioinformatics context.\r\nBecome familiar with the work environment of the computing cluster, become autonomous in the use of its resources and learn to use a scheduler. \r\nPresentation of the resources accessible on the cluster (computing nodes, storage spaces, tools).\r\nConcept of jobs, queues and parallel computing.\r\nJob management (submission, follow-up, deletion).",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/",
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                "http://edamontology.org/topic_0605",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
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            "accessConditions": "Have an account on the Mesocentre UCA computing cluster (make a request if necessary on the site https://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nAlternation of theoretical courses and practical work.\r\nCOME WITH A LAPTOP with an operational Eduroam connection.\r\nThe training is in French.",
            "maxParticipants": 10,
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
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            "start_date": "2025-04-16",
            "end_date": "2025-04-16",
            "venue": "",
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            "country": "France",
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        {
            "id": 706,
            "name": "New session of Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO",
            "shortName": "New session of Formation d'initiation à OMERO",
            "description": "Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi",
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            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Having an account on Mésocentre Clermont Auvergne\r\nComing with a laptop and an Eduroam access",
            "maxParticipants": 10,
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
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            "start_date": "2025-03-19",
            "end_date": "2025-03-19",
            "venue": "",
            "city": "Aubière",
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        {
            "id": 537,
            "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi",
            "shortName": "New session of FAIR_bioinfo",
            "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles",
            "is_draft": false,
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_3307",
                "http://edamontology.org/topic_0091",
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            "keywords": [
                "Methodology",
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                "Linux - Basic Knowledge"
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            "openTo": "Everyone",
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            "maxParticipants": 15,
            "contacts": [
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                {
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
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            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175",
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        {
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            "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi",
            "shortName": "New session of FAIR_bioinfo",
            "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_3307",
                "http://edamontology.org/topic_0091",
                "http://edamontology.org/topic_3068"
            ],
            "keywords": [
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                "Cloud",
                "Linux",
                "Snakemake",
                "Docker",
                "R"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
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            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure",
            "maxParticipants": 16,
            "contacts": [
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        {
            "id": 502,
            "name": "FAIR_bioinfo_@_AuBi",
            "shortName": "FAIR_bioinfo",
            "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs points seront abordés: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/formation-2022-pratiques-fair-en-bioinformatique",
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                "http://edamontology.org/topic_3316",
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_0091",
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            "keywords": [
                "Methodology",
                "Snakemake",
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                    "name": "AuBi",
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
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            "updated_at": "2023-06-14T10:22:47.972169Z",
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            "end_date": "2022-12-02",
            "venue": "Plateforme AuBi\r\nMésocentre\r\nDOSI\r\nUCA",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api"
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 257,
            "name": "Analyse de données RNA-seq sous l’environnement Galaxy ",
            "shortName": "",
            "description": "\n\nObjectifs de la formation\nAcquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit.\nConnaître les caractéristiques des données obtenues dans le cadre de l’analyse du transcriptome (RNA-seq).\nSavoir planifier une expérience simple de type RNA-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.\nConnaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq . Pouvoir les mettre en oeuvre dans un cas simple via un serveur web Galaxy.\nPouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.\nDurée de la formation : 2,5 jours\n\n\n",
            "homepage": "http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/analyse-des-donn…",
            "is_draft": false,
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                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "NGS Data Analysis",
                "Analysis of RNAseq data",
                "Assembly of genomes and transcriptomes",
                "Read alignment on genomes",
                "Statistical Tests",
                "Gene expression differential analysis",
                "Galaxy",
                "Transcript and transcript variant analysis",
                "Transcriptomics (RNA-seq)",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Informations et inscriptions:\nhttp://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/analyse-...\n",
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            "venue": "",
            "city": "PRABI (Campus scientifique de la Doua, LYON-VILLEURBANNE)",
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        {
            "id": 256,
            "name": "Introduction au logiciel R",
            "shortName": "",
            "description": "\n\nObjectifs de la formation\nAcquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R\nConnaître les principales analyses statistiques nécessaires en biologie et les utiliser sous R\nRéaliser des graphiques sous R\nConnaitre les bibliothèques R utiles en Biologie\n\n\n",
            "homepage": "http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-log…",
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            "keywords": [
                "Biostatistics",
                "Programming Languages & Computer Sciences",
                "Statistical Tests",
                "Regression",
                "R Language",
                "Descriptive statistics"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Informations et inscriptions:\nhttp://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-logiciel-r/\n \n",
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        },
        {
            "id": 270,
            "name": "Biotechnologies et bioinformatique appliquées aux maladies rares",
            "shortName": "",
            "description": "Module optionnel du DIU Maladies rares : de la recherche au traitement.\n",
            "homepage": "http://fondation-maladiesrares.org/actualite/diu-maladies-rares-de-la-recherche-…",
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            "prerequisites": [
                "Autre (Diplôme universitaire, école d'ingénieur ...)"
            ],
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            "accessConditions": "Inscription au DIU Maladies rares : de la recherche au traitement\n",
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        {
            "id": 269,
            "name": "Bioinformatique et Analyses Mutationnelles",
            "shortName": "",
            "description": "Module de formation à la bioinformatique appliquée à l'analyse des données génétiques dans le cadre des maladies génétiques humaines. Cet enseignement fait partie du Master 2 de Pathologie Humaine dispensé à la faculté de Médecine de la Timone à Marseille.\n \n",
            "homepage": "http://formations.univ-amu.fr/ME5APH-ENAPHCU41.html",
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            "keywords": [
                "NGS Data Analysis",
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                "Sequence analysis",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [
                "Master (M2 uniquement)"
            ],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Inscription au Master 2 de Pathologie Humaine\n",
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            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
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        },
        {
            "id": 591,
            "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis",
            "shortName": "",
            "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module",
            "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339",
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            "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module",
            "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339",
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                "http://edamontology.org/topic_3810",
                "http://edamontology.org/topic_0780",
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            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de quatres ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
            "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/",
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            "name": "9ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm",
            "shortName": "EBAII 2020",
            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/ebaii2020",
            "is_draft": false,
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                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.",
            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api"
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            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/formations/8%C3%A8me-%C3%A9cole-bioinformatique-aviesan-ifb",
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            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=37",
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            "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.",
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            "description": "Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.\r\n\r\nContenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies \"long reads\".\r\n\r\nObjectifs généraux:\r\nAcquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.\r\nMaîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.\r\nInterpréter les résultats des analyses de données NGS.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=28",
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            "maxParticipants": 40,
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