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            "name": "Linux For Jedi - April 2022",
            "shortName": "",
            "description": "This course offers to develop and enhance advanced Linux shell command line and scripting skills for the processing and analysis of NGS data. We will work on a HPC server and use linux powerful commands to allow to analyze big amount of biological data.",
            "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings/linuxJedi/",
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        {
            "id": 470,
            "name": "Introduction to python - May 2022",
            "shortName": "",
            "description": "This course provides an introduction to programming using python. At the end of the training, participants should be able to write simple python programs to handle biological data and to understand more complex programs written by others.\r\nNote : This course in currently available only in french",
            "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//python/",
            "is_draft": false,
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                    "name": "South Green",
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            "type": "Training course",
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        {
            "id": 792,
            "name": "Analyse de données de métabarcoding - 2026",
            "shortName": "Métabarcoding 2026",
            "description": "Cette formation est dédiée à l’analyse de données de type “metabarcoding” issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d’abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.\r\n\r\nA l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding). Ils seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS) et sauront utiliser l’application Easy16S.\r\n\r\nIls seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses. S’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.\r\n\r\nProgramme :\r\n\r\n\r\nAnalyses bioinformatiques sous Galaxy\r\n\r\n    Introduction générale sur les données amplicons\r\n    Présentation et mise en application avec la suite FROGS du nettoyage des données, du clustering, de la détection de chimères, de l’assignation taxonomique et des étapes annexes\r\n    Conclusion, limite des méthodes, outils compagnons\r\n\r\nAnalyses statistiques avec Easy16S\r\n\r\n    Introduction générale\r\n    Import, manipulation et visualisation des données\r\n    Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\r\n    Ordination et réduction de dimension : MDS\r\n    Clustering et Heatmap\r\n    Comparaison d’échantillons : PERMANOVA, adonis\r\n\r\nMise en application sur données personnelles ou publiques",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
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        {
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            "name": "LINUX - Novembre 18 2025",
            "shortName": "",
            "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning sequence analysis. This training session has been designed to familiarize yourself with the platform resources and its organization. You will learn to access the platform from your work station, what is an Linux environment and how to use it, how to create and manipulate files, how to transfer them from and to your personal computer.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of 3 modules with a large variety of exercises:\r\n\r\n- Connect to « genotoul » server (09:00 am to 10:30 am): Platform presentation, Linux basics, opening an user account, Putty installation, first connection.\r\n- Files and basics commands  (10:45 am to 12:00 pm): types of files and secure access, file manipulation commands, text editors and viewers, disk space management .\r\n- Transfers and file manipulation (14:00 pm to 17:00 pm): download/transfer, compress/uncompress, utility commands and data extraction, output redirections.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/linux-2-2/",
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                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
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                "http://edamontology.org/topic_3316"
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                    "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse",
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                    "name": "Genotoul-bioinfo",
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            "type": "Training course",
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            "venue": "",
            "city": "castanet-tolosan",
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        {
            "id": 572,
            "name": "Analyse de données métagénomiques shotgun / shotgun metagenomics (2024 session)",
            "shortName": "Shotgun metagenomics (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données métagénomiques procaryotes de type « shotgun » issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous présenterons les étapes bioinformatiques nécessaires pour nettoyer les données brutes et les caractériser d’un point de vue taxonomique. Nous aborderons ensuite les différentes stratégies à employer pour assembler les reads et obtenir des comptages sur des gènes prédits. Enfin nous présenterons quelques outils pour obtenir une annotation fonctionnelle des échantillons. A l’issue des 2 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage shotgun. Ils seront capables d’utiliser les outils présentés sur les jeux de données de la formation. L’ensemble des TP se déroulera sur l’infrastructure de Migale et nécessite une pratique courante de la ligne de commande.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nIntroduction générale sur les données métagénomiques\r\nAssignation taxonomique\r\nNettoyage des données brutes\r\nAssemblage / Binning\r\nPrédiction de gènes procaryotes\r\nAnnotation fonctionnelle\r\nConclusion, limites des méthodes",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
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            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3697"
            ],
            "keywords": [
                "Metagenomics"
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            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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                    "name": "BioinfOmics",
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                    "name": "MIGALE",
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                }
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-18",
            "end_date": "2024-03-19",
            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api"
            ],
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            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-01-08",
            "registration_closing": "2024-03-04",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 583,
            "name": "Traitement bioinformatique et analyse différentielle de données d’expression RNA-seq sous Galaxy (session 2024)",
            "shortName": "Analyse données RNA-seq sous Galaxy (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :\r\n* de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;\r\n* de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;\r\n* de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;\r\n* d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.\r\n\r\nProgramme\r\nBioinformatique :\r\n* Obtenir des données de qualité : nettoyage, filtrage, qualité\r\n* Aligner les lectures sur un génome de référence\r\n* Détecter de nouveaux transcrits\r\n* Quantifier l’expression des gènes\r\n* Préparer et déployer unensemble d’analyses sur plusieurs échantillons\r\n\r\nBiostatistique :\r\n* Construire un plan d’expérience simple\r\n* Normaliser les données de comptage\r\n* Identifier les gènes différentiellements exprimés\r\n* Se sensibiliser aux tests multiples\r\n\r\nAnalyse de protocoles Bioinformatique et Biostatistiques issus de la littérature",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3308",
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_0102",
                "http://edamontology.org/topic_3170"
            ],
            "keywords": [
                "Gene expression differential analysis",
                "RNA-seq",
                "Transcriptomics"
            ],
            "prerequisites": [
                "Galaxy - Basic usage"
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            "maxParticipants": 10,
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                    "id": 82,
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                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api"
                }
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                    "name": "MIGALE",
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-18T14:05:30.962177Z",
            "type": "Training course",
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            "country": "France",
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        },
        {
            "id": 460,
            "name": "Molecular Phylogeny - Basic Training - session 2022",
            "shortName": "Phylogénie moléculaire - formation de base - session 2022",
            "description": "OBJECTIF\r\n- Savoir inférer un arbre phylogénétique et l'interpréter\r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Savoir ce à quoi correspondent des séquences génétiques homologues\r\n- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique\r\n- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)\r\n- Avoir des notions de programmation\r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Lignes de commandes Linux\r\n- Le format Newick\r\n- Dessin d'arbres\r\n- Alignements multiples et nettoyage\r\n- Modèles d'évolution\r\n- Choix de modèles\r\n- Définitions et propriétés des arbres\r\n- Méthodes de parcimonie\r\n- Méthodes de distance\r\n- Maximum de vraisemblance\r\n- Reconstruction phylogénétique Bayésienne\r\n- Bootstraps et autres supports de branches",
            "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/phylogenie-moleculaire-formation-de-base?axe=146",
            "is_draft": false,
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            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3293",
                "http://edamontology.org/topic_0084",
                "http://edamontology.org/topic_3299"
            ],
            "keywords": [
                "Phylogeny",
                "Evolution and Phylogeny",
                "Molecular evolution",
                "Phylogenetics"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
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            "maxParticipants": 12,
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                    "name": "CNRS formation entreprises",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api"
                }
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            "organisedByTeams": [
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                    "id": 7,
                    "name": "ATGC",
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            "logo_url": "http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg",
            "updated_at": "2023-05-17T10:17:18.992615Z",
            "type": "Training course",
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            "end_date": "2022-04-01",
            "venue": "",
            "city": "Montpellier",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
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        },
        {
            "id": 245,
            "name": "1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm Niveau 2",
            "shortName": "EBAII-N2 2021",
            "description": "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2",
            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/ebaii2021n2",
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            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
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                    "name": "AVIESAN",
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                },
                {
                    "id": 56,
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                {
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            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 10,
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                {
                    "id": 14,
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                {
                    "id": 4,
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                {
                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                }
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            "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0_0_0.jpg",
            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2021-05-25",
            "end_date": "2021-05-28",
            "venue": "Station Biologique",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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        },
        {
            "id": 789,
            "name": "Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy - 2026",
            "shortName": "Analyse de données NGS sous Galaxy 2026",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien\r\n\r\nProgramme\r\nThéorie\r\n* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)\r\n\r\nPratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien\r\n* Contrôle qualité\r\n* Assemblage de-novo\r\n* Nettoyage des données\r\n* Assemblage\r\n* Visualisation et statistiques sur l’assemblage\r\n* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation\r\nTous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0102",
                "http://edamontology.org/topic_0092",
                "http://edamontology.org/topic_0196",
                "http://edamontology.org/topic_3168"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy",
                "NGS"
            ],
            "prerequisites": [
                "Galaxy - Basic usage"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
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                    "name": "BioinfOmics",
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                },
                {
                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
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                }
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            "organisedByTeams": [
                {
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                    "name": "MIGALE",
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                }
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2026-02-12T10:33:27.380562Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2026-03-26",
            "end_date": "2026-03-26",
            "venue": "",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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            "registration_closing": "2026-03-12",
            "registration_status": "open",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 561,
            "name": "Introduction to Microbial Comparative Genomics 2022",
            "shortName": "",
            "description": "This course offers an introduction to microbial genomics analysis.\r\nIt includes 5 issues: assembly, genome annotation, circos visualization, pan-genome construction, pan-GWAS.",
            "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//bacterialGenomics/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [],
            "keywords": [
                "genomics",
                "Structural genomics",
                "Genome analysis"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Open to South Green close collaborators",
            "maxParticipants": 20,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/771/?format=api",
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                {
                    "id": 24,
                    "name": "South Green",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png",
            "updated_at": "2023-12-04T15:32:33.606313Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-06-14",
            "end_date": "2022-06-14",
            "venue": "",
            "city": "Montpellier",
            "country": "France",
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            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": null,
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            "registration_status": "unknown",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 447,
            "name": "LINUX - session 2022/03/14",
            "shortName": "",
            "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning sequence analysis. This training session has been designed to familiarize yourself with the platform resources and its organization. You will learn to access the platform from your work station, what is an Linux environment and how to use it, how to create and manipulate files, how to transfer them from and to your personal computer.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of 3 modules with a large variety of exercises:\r\n\r\n- Connect to « genotoul » server (09:00 am to 10:30 am): Platform presentation, Linux basics, opening an user account, Putty installation, first connection.\r\n- Files and basics commands  (10:45 am to 12:00 pm): types of files and secure access, file manipulation commands, text editors and viewers, disk space management .\r\n- Transfers and file manipulation (14:00 pm to 17:00 pm): download/transfer, compress/uncompress, utility commands and data extraction, output redirections.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/linux-2-2/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
            ],
            "keywords": [],
            "prerequisites": [
                "none"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
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                {
                    "id": 37,
                    "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 22,
                    "name": "Genotoul-bioinfo",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-03-14",
            "end_date": "2022-03-14",
            "venue": "INRAE Occitanie Toulouse 24 Chemin de Borde Rouge – Auzeville CS 52627 31326 Castanet Tolosan cedex",
            "city": "Toulouse",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
            "trainers": [
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            "registration_opening": "2022-01-24",
            "registration_closing": "2022-03-07",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 587,
            "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées (2024)",
            "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3308",
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3170"
            ],
            "keywords": [
                "Statistical differential analysis",
                "RNA-seq"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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                {
                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api"
                }
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            "organisedByTeams": [
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                    "id": 10,
                    "name": "MIGALE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api"
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-18T14:52:00.895148Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-06-10",
            "end_date": "2024-06-11",
            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
            "geographical_range": "",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api"
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            "realisation_status": "past",
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            "registration_closing": "2024-05-27",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 744,
            "name": "Langage R : introduction",
            "shortName": "",
            "description": "Cette formation introduira le langage R et les techniques de fouille et de visualisation de données.\r\n\r\n- Installation et configuration de R\r\n- Notions et commandes essentielles (variables, fonctions...)\r\n- Les formats de fichiers, la lecture et l'écriture de données tabulées\r\n- Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux\r\n- Les constructions modernes pour la création de graphiques",
            "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/catalogue/formation/43/langage-r-introduction/",
            "is_draft": false,
            "costs": [],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605"
            ],
            "keywords": [
                "R Language"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api"
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            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 6,
                    "name": "CNRS formation entreprise",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 1,
                    "name": "CNRS formation entreprises",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 6,
                    "name": "CBiB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=api"
                }
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            "logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png",
            "updated_at": "2025-12-09T09:59:07.812841Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2026-06-01",
            "end_date": "2026-06-03",
            "venue": "",
            "city": "Bordeaux",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "future",
            "registration_opening": "2025-12-03",
            "registration_closing": "2026-05-20",
            "registration_status": "open",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 623,
            "name": "Linux - Initiation / Linux for Beginners - 2024",
            "shortName": "Linux Init - 2024",
            "description": "Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus",
            "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
            ],
            "keywords": [
                "Linux",
                "Operating systems"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 16,
            "contacts": [],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 65,
                    "name": "SBR - Roscoff Marine Station",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png",
            "updated_at": "2025-01-23T13:51:59.887045Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-05-28",
            "end_date": "2024-05-28",
            "venue": "",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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        {
            "id": 753,
            "name": "Cluster - 25 mars 2026",
            "shortName": "",
            "description": "This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.",
            "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/",
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                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
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            "keywords": [
                "Linux",
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        {
            "id": 610,
            "name": "Cluster - session 23/04/2024",
            "shortName": "",
            "description": "This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [],
            "keywords": [
                "Linux",
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                    "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse",
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                    "name": "Genotoul-bioinfo",
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                    "name": "Cluster Slides - Genotoul-bioinfo",
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        {
            "id": 786,
            "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées - 2026",
            "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq 2026",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                "http://edamontology.org/topic_3170",
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3308"
            ],
            "keywords": [
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                    "name": "BioinfOmics",
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2026-02-12T10:29:38.805654Z",
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            "venue": "",
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        {
            "id": 573,
            "name": "Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles (2024 session)",
            "shortName": "Good practices for better reproducibility of analyses (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nL’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes et enjeux de la recherche reproductible\r\nUtilisation de GitHub\r\nGestion des versions d’un document\r\nRédaction de document computationnel\r\nPartage d’un rapport avec ses collaborateurs\r\nPrincipes FAIR et PGD",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
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            ],
            "keywords": [
                "Reproducibility"
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                    "name": "BioinfOmics",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api"
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-17T11:04:05.427843Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-21",
            "end_date": "2024-03-21",
            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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            "trainers": [
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        {
            "id": 488,
            "name": "Exploration de la Diversité Taxonomique  des Ecosystèmes par Metabarcoding",
            "shortName": "",
            "description": "En matière de prospectives scientifiques, l’INSU OA, le CNRS et l’IRD ambitionnent de caractériser la biodiversité environnementale afin d’étudier l’impact du changement global sur les milieux et de l’anthropisation de la planète. Ces enjeux nécessitent l’acquisition de connaissances sur la biodiversité pour répondre aux grands défis planétaires (e.g. modéliser, anticiper, prévenir les catastrophes écologiques), aux objectifs de développement durable, et contribuer aux grandes transitions de la société dans un contexte de changement climatique.\r\n\r\nLe metabarcoding est aujourd’hui une des approches incontournable dans la description des écosystèmes pour répondre à ces enjeux scientifiques; elle offre une caractérisation exhaustive de la diversité taxonomique (composition en espèces et abondances) d’un écosystème via le séquençage massif de marqueurs d’intérêts (e.g. ARN ribosomaux 16S, 18S, gène COX, …) et le post-traitement bio-informatique des données générées.\r\n\r\nL’Action Nationale de Formation CNRS-INSU MetaBioDiv, portée par l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (Armougom F., MIO) et la Délégation Régionale Côte d’Azur CNRS (DR20, Pierrette Finsac), propose à la communauté scientifique une formation sur la caractérisation de la biodiversité taxonomique d’écosystèmes (procaryotes et micro-eucaryotes) par le prisme du séquençage haut-débit Illumina (Miseq) et du traitement bio-informatique associé (outils R sous Rstudio).",
            "homepage": "https://anfmetabiodiv.mio.osupytheas.fr",
            "is_draft": false,
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            "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative - session 2021 / University Diploma in Integrative Bioinformatics - 2021 session",
            "shortName": "DUBii 2021",
            "description": "La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de nature diverse : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service.\r\n\r\nL'université Paris Diderot propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la deuxième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DU-Bii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes en demande d'évolution ou de reconversion professionnelle ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique/biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). Les prérequis sont décrits sur le portail “DU” de l’université Paris Diderot, qui présente le DU-Bii et le DU complémentaire \"Création, Analyse et Valorisation de données omiques\" (DUO).\r\n\r\nLe DU-Bii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques.\r\n\r\nRenseignements et candidatures : fcsdv@univ-paris-diderot.fr\r\nInscriptions : voir la page page du DU-Bii de l'Université Paris Diderot\r\nContacts Paris-Diderot : Bertrand.Cosson@univ-paris-diderot.fr \r\nContacts IFB : Helene.Chiapello@inra.fr, Jacques.van-Helden@univ-amu.fr",
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