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            "name": "Traitement bioinformatique et analyse différentielle de données d’expression RNA-seq sous Galaxy (session 2024)",
            "shortName": "Analyse données RNA-seq sous Galaxy (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :\r\n* de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;\r\n* de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;\r\n* de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;\r\n* d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.\r\n\r\nProgramme\r\nBioinformatique :\r\n* Obtenir des données de qualité : nettoyage, filtrage, qualité\r\n* Aligner les lectures sur un génome de référence\r\n* Détecter de nouveaux transcrits\r\n* Quantifier l’expression des gènes\r\n* Préparer et déployer unensemble d’analyses sur plusieurs échantillons\r\n\r\nBiostatistique :\r\n* Construire un plan d’expérience simple\r\n* Normaliser les données de comptage\r\n* Identifier les gènes différentiellements exprimés\r\n* Se sensibiliser aux tests multiples\r\n\r\nAnalyse de protocoles Bioinformatique et Biostatistiques issus de la littérature",
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            "name": "Comparaison de génomes microbiens (session 2024)",
            "shortName": "Comparaison de génomes microbiens (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n* Téléchargement de données publiques\r\n* Evaluation de la qualité\r\n* Caractérisation de la diversité génomique\r\n* Stratégies de comparaison :\r\n* Construction de famille de protéines\r\n* Alignement de génomes complets\r\n* Analyse des résultats :\r\n   o Notion de core et pan-génome\r\n   o Notions élémentaires de phylogénomique\r\n   o Visualisation et interprétation des résultats\r\n* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.",
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        {
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            "name": "Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands (session 2024)",
            "shortName": "Modélisation de structures 3D de protéines (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»",
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            "name": "Initiation à Linux / Introduction to Linux (2024 session)",
            "shortName": "Initiation à Linux (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nÀ l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.\r\n\r\nProgramme\r\n* Connexion (ssh) et transferts de fichiers (scp, rsync)\r\n* Interfaces graphiques (Gnome, KDE) / émulateurs\r\n* Aide en ligne\r\n* Utilisation du shell : le rappel des commandes, l’historique, la complétion\r\n* Système de fichiers : arborescence et chemin d’accès, le répertoire d’accueil…\r\n* Gestion des fichiers et des répertoires\r\n* Principe de protection : les attributs sur les fichiers, les droits d’accès",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
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            "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées (2024)",
            "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3170",
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3308"
            ],
            "keywords": [
                "Statistical differential analysis",
                "RNA-seq"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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                {
                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
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            "organisedByTeams": [
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                    "name": "MIGALE",
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            ],
            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-18T14:52:00.895148Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-06-10",
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            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 588,
            "name": "Introduction au text-mining avec AlvisNLP (session 2024)",
            "shortName": "Introduction to text-mining with AlvisNLP (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées\r\n\r\nProgramme\r\n* Présentation du text-mining et de la Reconnaissance des Entités Nommées (REN)\r\n* Travaux Pratiques sur des techniques de REN en utilisant AlvisNLP\r\n* Projection de lexiques\r\n* Application de patrons\r\n* Apprentissage automatique",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605",
                "http://edamontology.org/topic_3474"
            ],
            "keywords": [
                "Text mining"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
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                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
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            ],
            "organisedByTeams": [
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                    "id": 10,
                    "name": "MIGALE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api"
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            ],
            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-18T14:58:57.757098Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-06-12",
            "end_date": "2024-06-13",
            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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            ],
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            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-01-08",
            "registration_closing": "2024-05-29",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 589,
            "name": "NGS data analysis on the command line - Session 6",
            "shortName": "NGS-analysis-cli - session6",
            "description": "This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data. \r\nDuring this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting.  And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana",
            "homepage": "https://www.ibmp.cnrs.fr/bioinformatics-trainings/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0102",
                "http://edamontology.org/topic_3170",
                "http://edamontology.org/topic_2269",
                "http://edamontology.org/topic_3168"
            ],
            "keywords": [],
            "prerequisites": [
                "none"
            ],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "This training is dedicated to academics working in a laboratory of Unistra/CNRS.",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
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                    "id": 79,
                    "name": "UPR2357",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
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                    "id": 14,
                    "name": "BiGEst",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": null,
            "updated_at": "2024-01-22T14:58:13.640466Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-11",
            "end_date": "2024-03-15",
            "venue": "",
            "city": "Strasbourg",
            "country": "",
            "geographical_range": "Local",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [
                {
                    "id": 52,
                    "name": "Statistics with RStudio",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Statistics%20with%20RStudio/?format=api"
                },
                {
                    "id": 60,
                    "name": "Differential analysis of RNA-Seq data",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Differential%20analysis%20of%20RNA-Seq%20data/?format=api"
                }
            ],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-01-28",
            "registration_closing": "2024-02-18",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 577,
            "name": "Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform - November 2024",
            "shortName": "MicroScope training - November 2024",
            "description": "In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.",
            "homepage": "https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0797",
                "http://edamontology.org/topic_0085",
                "http://edamontology.org/topic_3301"
            ],
            "keywords": [
                "Sequence analysis",
                "Microbial evolution",
                "Structural and functional annotation of genomes",
                "Sequence annotation"
            ],
            "prerequisites": [
                "Licence"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. See : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/external-microscope-professional-training-sessions/",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 15,
                    "name": "Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Laboratory%20of%20Bioinformatics%20Analyses%20for%20Genomics%20and%20Metabolism/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 71,
                    "name": "UEVE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UEVE/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 9,
                    "name": "MicroScope",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MicroScope/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://labgem.genoscope.cns.fr/wp-content/uploads/2021/06/GENOSCOPE-LABGeM.jpg",
            "updated_at": "2024-02-01T14:22:25.240457Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-11-18",
            "end_date": "2024-11-22",
            "venue": "",
            "city": "Evry",
            "country": "France",
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            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": null,
            "registration_closing": "2024-10-18",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 576,
            "name": "Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform - March 2024",
            "shortName": "MicroScope training March 2024",
            "description": "In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.",
            "homepage": "https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0797",
                "http://edamontology.org/topic_0085",
                "http://edamontology.org/topic_3301"
            ],
            "keywords": [
                "Sequence analysis",
                "Microbial evolution",
                "Structural and functional annotation of genomes",
                "Sequence annotation"
            ],
            "prerequisites": [
                "Licence"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. See : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/external-microscope-professional-training-sessions/",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
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                    "id": 15,
                    "name": "Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Laboratory%20of%20Bioinformatics%20Analyses%20for%20Genomics%20and%20Metabolism/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
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                    "id": 71,
                    "name": "UEVE",
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            "organisedByTeams": [
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                    "name": "MicroScope",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MicroScope/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://labgem.genoscope.cns.fr/wp-content/uploads/2021/06/GENOSCOPE-LABGeM.jpg",
            "updated_at": "2024-02-01T14:22:36.209642Z",
            "type": "Training course",
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            "venue": "",
            "city": "Evry",
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        },
        {
            "id": 590,
            "name": "Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO",
            "shortName": "Formation d'initiation à OMERO",
            "description": "Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.\r\n\r\nInscription dans la limite de 10 personnes auprès de la plateforme CLIC ou de la plateforme AuBi.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3383"
            ],
            "keywords": [
                "Microscopy",
                "Bioimaging",
                "FAIR"
            ],
            "prerequisites": [
                "none"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Demander l'ouverture d'un compte au Mésocentre Clermont Auvergne\r\nVenir avec un ordinateur portable et une connexion à Eduroam",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
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            "sponsoredBy": [
                {
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
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                {
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            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg",
            "updated_at": "2024-02-01T14:24:51.515020Z",
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            "end_date": "2024-01-26",
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            "country": "France",
            "geographical_range": "Local",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=api"
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        },
        {
            "id": 592,
            "name": "Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.\r\n\r\nCette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisés autour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases du fonctionnement de la plateforme Galaxy.\r\n\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)",
            "maxParticipants": null,
            "contacts": [
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
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            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 16,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
                }
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            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 87,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api"
                },
                {
                    "id": 96,
                    "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 31,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
                }
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            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175",
            "updated_at": "2024-02-08T10:45:39.749607Z",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [
                {
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                    "name": "Galaxy 101 for everyone",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 593,
            "name": "Introduction à l'analyse de données de séquençage avec contrôle qualité et alignement sur un génome de référence avec Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séquençage : le contrôle qualité des données et l’alignement sur un génome de référence. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction aux données de séquençage, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de séquençage,\r\n- améliorer la qualité de données de séquençage\r\n- aligner des données sur un génome de référence\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                "http://edamontology.org/topic_0102",
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            "keywords": [
                "Quality Control",
                "Galaxy",
                "Mapping"
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            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy",
            "maxParticipants": null,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
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            "sponsoredBy": [
                {
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                    "name": "CNRS - IFB",
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                {
                    "id": 16,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
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            ],
            "organisedByOrganisations": [
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                },
                {
                    "id": 96,
                    "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api"
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            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 31,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
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                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Taxonomic%20Profiling%20and%20Visualization%20of%20Metagenomic%20Data/?format=api"
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        {
            "id": 603,
            "name": "RNASeq Analysis",
            "shortName": "RNASeq Analysis",
            "description": "Objectives\r\n- Understand the key steps in RNASeq data analysis for a differential expression study\r\n- Know how to perform command-line analysis using Snakemake.\r\n\r\nPedagogical Content\r\nDay 1\r\n- Principle of RNASeq technology: objectives and experimental design.\r\n- Data quality assessment (FastQC, MultiQC).\r\n- Sequence alignment to a reference genome (STAR).\r\n\r\nDay 2\r\n- Differential gene expression analysis (HTSeqCount, DESeq2).\r\n- Functional annotation (GO, Kegg).\r\n- Using the Snakemake workflow system.\r\n- Comparison between RNASeq and 3’SRP methods.\r\n\r\nThe theoretical part is followed by a pipeline run step-by-step on a test dataset. \r\nIt will be possible to start an analysis on your own data.",
            "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/rnaseq/",
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        {
            "id": 602,
            "name": "Environments and best practices for using the BiRD cluster",
            "shortName": "Best practices BiRD cluster",
            "description": "Objectives\r\n- Understand and implement the principles of reproducible science in analysis and development projects\r\n- Acquire basic commands necessary for optimal use of the cluster\r\n\r\nPedagogical Content\r\n- Introduction to reproducibility\r\n- Best practices on code history and sharing: Git\r\n- Conda environment\r\n- Presentation of the computing cluster\r\n- Introduction to workflows using Snakemake",
            "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/cluster/",
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            "type": "Training course",
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            "end_date": "2024-03-19",
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        {
            "id": 601,
            "name": "Introduction to Linux",
            "shortName": "Introduction to Linux - BiRD",
            "description": "Objectives\r\n- Understand the principles and advantages of the Linux system\r\n- Know and use the main bash commands. Ability to chain multiple commands using pipes\r\n- Launch programs with arguments\r\n- Gain independence to perform command line analyses\r\n\r\nPedagogical Content\r\n- Introduction to the Linux system.\r\n- File system: directory structure, paths, home directory, file and directory management.\r\n- Principle of protections: reading file attributes, access rights, management of user groups.\r\n- Shell usage: command reminders, input/output redirection, history, completion, launching programs with arguments.\r\n- Commands relevant to bioinformatics: grep, cut, sed, sort, more, etc.\r\n- Connection (ssh) - how to start a session from Linux or Windows PowerShell",
            "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/",
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        {
            "id": 604,
            "name": "Hackathon - Improving the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond",
            "shortName": "",
            "description": "This hackathon aims to improve the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond\r\n\r\nThe objective of this hackathon is to improve the annotation of the Galaxy resources (tools, training, workflows) for microbial data analysis by:\r\n\r\n - Linking microbial Galaxy tools to bio.tools to obtain EDAM ontology annotation\r\n - Improving bio.tools annotations\r\n - Annotating existing microbial-related tutorials with EDAM terms\r\n - Reflecting on the addition of EDAM terms to workflows\r\n - Reflecting on missing terms in the EDAM ontology for microbial data analyses\r\n - Brainstorming about a way to connect tool annotations to improve training and workflow annotations",
            "homepage": "https://galaxyproject.org/events/2024-03-11-hackathon-galaxy-resources-annotation/#preliminary-schedule",
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                "http://edamontology.org/topic_3174",
                "http://edamontology.org/topic_0769"
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            "keywords": [
                "EDAM",
                "Annotation",
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                    "name": "CNRS - IFB",
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                    "name": "IFB Core",
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            "logo_url": null,
            "updated_at": "2024-02-19T10:09:50.076964Z",
            "type": "Workshop",
            "start_date": "2024-03-11",
            "end_date": "2024-03-15",
            "venue": "Online with a\r\n       • a Zoom room, open the whole week\r\n       • 2 daily stand-ups to accommodate different time zones\r\n       • Several brainstorming meetings\r\n       • microGalaxy Matrix chat for communication",
            "city": "",
            "country": "",
            "geographical_range": "International",
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        {
            "id": 591,
            "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis",
            "shortName": "",
            "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module",
            "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339",
            "is_draft": false,
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0797",
                "http://edamontology.org/topic_3810",
                "http://edamontology.org/topic_0780",
                "http://edamontology.org/topic_3056"
            ],
            "keywords": [
                "Phylogeny",
                "Biodiversity",
                "NGS Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
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            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle",
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                    "name": "CIRAD",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api"
                },
                {
                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
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                {
                    "id": 85,
                    "name": "IRD",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 24,
                    "name": "South Green",
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