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{ "count": 605, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=500&ordering=shortName", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=460&ordering=shortName", "results": [ { "id": 522, "name": "Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM - Session 1 - 2023", "shortName": "Cluster SLURM 2023 S1", "description": "Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2023-05-17T09:26:47.718424Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-06-22", "end_date": "2023-06-22", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-02-22", "registration_closing": "2023-05-15", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 625, "name": "Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM - 2024", "shortName": "Cluster SLURM - 2024", "description": "Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-01-23T13:51:31.594760Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-30", "end_date": "2024-05-30", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-29", "registration_closing": "2024-04-21", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 584, "name": "Comparaison de génomes microbiens (session 2024)", "shortName": "Comparaison de génomes microbiens (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n* Téléchargement de données publiques\r\n* Evaluation de la qualité\r\n* Caractérisation de la diversité génomique\r\n* Stratégies de comparaison :\r\n* Construction de famille de protéines\r\n* Alignement de génomes complets\r\n* Analyse des résultats :\r\n o Notion de core et pan-génome\r\n o Notions élémentaires de phylogénomique\r\n o Visualisation et interprétation des résultats\r\n* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622" ], "keywords": [ "Comparative genomics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2024-01-18T14:16:08.617035Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-24", "end_date": "2024-05-24", "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-08", "registration_closing": "2024-05-10", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 197, "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative 2019", "shortName": "DU-Bii 2019", "description": "L'université Paris Diderot en partenariat avec l'IFB propose un diplôme un universitaire en bioinformatique.\r\n\r\nLa bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L'appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s'adresse en priorité à des biologistes en demande d'évolution ou de reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion sur une des plateformes régionales de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d'un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”). Il bénéficiera d’un double encadrement assuré par un enseignant de la formation et par un tuteur bioinformaticien de la plateforme d'accueil de l’IFB.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/du-bii", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/LogoUnivParisDiderot_1024px_1.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2019-01-28", "end_date": "2019-06-14", "venue": "Université Paris-Diderot", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2018-10-15", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 466, "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative - session 2019 / University Diploma in Integrative Bioinformatics - 2019 session", "shortName": "DUBii 2019", "description": "La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de natures diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et des outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service.\r\n\r\nL'université de Paris propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la troisième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DUBii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes ou à des médecins souhaitant évoluer en compétences ou envisager une reconversion professionnelle et ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique / biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). \r\n\r\nLe DUBii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion de 20 jours sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques. \r\n\r\n Cette formation se déroulera pendant 8 semaines réparties entre :\r\nLes cours : 4 semaines à raison de 4 jours/semaine en présentiel (96h)\r\nLe projet tutoré : 20 jours sur l'une des plateformes bioinformatique de l'IFB", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/du-bii", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2019-01-28", "end_date": "2019-06-14", "venue": "", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2018-07-01", "registration_closing": "2018-10-15", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 400, "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative - session 2020 / University Diploma in Integrative Bioinformatics - 2020 session", "shortName": "DUBii 2020", "description": "La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de nature diverse : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. L'université Paris Diderot propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la deuxième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DU-Bii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes en demande d'évolution ou de reconversion professionnelle ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique/biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). Les prérequis sont décrits sur le portail “DU” de l’université Paris Diderot, qui présente le DU-Bii et le DU complémentaire \"Création, Analyse et Valorisation de données omiques\" (DUO) : voir la page dédiée. Le DU-Bii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques. Cette formation se déroulera pendant 8 semaines réparties entre : Les cours : 4 semaines à raison de 4 jours/semaine en présentiel (96h) du 2 mars au 2 avril 2020 avec 1 semaine de césure la semaine 12). Le projet tutoré : 20 jours sur l'une des plateformes bioinformatique de l'IFB, à répartir entre le 6 avril et le 19 juin 2020.\r\nRenseignements et candidatures : fcsdv@univ-paris-diderot.fr\r\nInscriptions : voir la page page du DU-Bii de l'Université Paris Diderot\r\nContacts Paris-Diderot : Bertrand.Cosson@univ-paris-diderot.fr \r\nContacts IFB : Helene.Chiapello@inra.fr, Jacques.van-Helden@univ-amu.fr", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/diplome-universitaire-en-bioinformatique-integrative-du-bii-2020", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2020-03-02", "end_date": "2020-11-18", "venue": "Université Paris Diderot", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2019-11-05", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 414, "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative - session 2021 / University Diploma in Integrative Bioinformatics - 2021 session", "shortName": "DUBii 2021", "description": "La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de nature diverse : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service.\r\n\r\nL'université Paris Diderot propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la deuxième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DU-Bii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes en demande d'évolution ou de reconversion professionnelle ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique/biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). Les prérequis sont décrits sur le portail “DU” de l’université Paris Diderot, qui présente le DU-Bii et le DU complémentaire \"Création, Analyse et Valorisation de données omiques\" (DUO).\r\n\r\nLe DU-Bii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques.\r\n\r\nRenseignements et candidatures : fcsdv@univ-paris-diderot.fr\r\nInscriptions : voir la page page du DU-Bii de l'Université Paris Diderot\r\nContacts Paris-Diderot : Bertrand.Cosson@univ-paris-diderot.fr \r\nContacts IFB : Helene.Chiapello@inra.fr, Jacques.van-Helden@univ-amu.fr", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/dubii/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-03-01", "end_date": "2021-06-16", "venue": "", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 413, "name": "1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2013 - 1", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq)\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://www.aviesan.fr/fr/aviesan/home/aviesan-news/ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 1, "name": "EBIO", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/EBIO/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 2, "name": "Curie Bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Curie%20Bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2013-01-14", "end_date": "2013-01-18", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 412, "name": "2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2013 - 2", "description": "La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.\r\nL’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.\r\nLes participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).", "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/2eme-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit/(sort_cat)/3726", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2013-11-17", "end_date": "2013-11-22", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2013-09-01", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 410, "name": "3ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2014", "description": "Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une\r\naccumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont\r\nconsidérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de\r\nnouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les\r\ninteractions ADN-protéine (immuno-précipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise\r\nune troisième session de cette école dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur\r\npermettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit en utilisant un\r\nenvironnement logiciel convivial : Galaxy.\r\nL’école comportera des séminaires introductifs, des cours et des travaux pratiques consacrés à l’initiation au traitement\r\ndes données de transcriptome (RNA-seq), d’interactome (ChIP-seq) et de variations génomiques (SNP, CNV). Les\r\nparticipants disposant de données pourront discuter de leur plan d’analyse et effectuer les premières étapes de\r\ntraitement de leurs données au cours de la dernière journée.\r\nL’école est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques dans un environnement Galaxy, plateforme dédiée à\r\nl’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette formation est destinée aux biologistes (chercheurs,\r\ndoctorants, enseignants-chercheurs, ingénieurs, …) ayant déjà utilisé ou souhaitant utiliser ce type de données.", "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/itmo-ggb-3e-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2014-10-05", "end_date": "2014-10-10", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2014-06-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 411, "name": "4ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2015", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/programme-detaille-ecole-bioinfo-09-2015-2.pdf", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2015-09-27", "end_date": "2015-10-02", "venue": "Station Biologique\r\nPlace Georges Teissier\r\n29680 Roscoff", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 10, "name": "5ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB", "shortName": "EBAI 2016", "description": "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/en/evenements/EBA2016", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2016-11-20", "end_date": "2016-11-25", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 407, "name": "6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB", "shortName": "EBAI 2017", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/en/evenements/EBA2017", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. 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Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/EBAI2018", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/TAGC-BU/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/GenOuest/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2018-11-25", "end_date": "2018-11-30", "venue": "Station biologique de Roscoff", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2018-05-31", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 406, "name": "8ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm", "shortName": "EBAII 2019", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). 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Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour des différentes étapes qui mèneront à l’obtention d’un génome annoté à partir de données “long reads” et “hybride” : contrôle qualité des données, assemblage, scaffolding, polishing, annotation structurale et fonctionnelle (en session parallèle pour les procaryotes et les eucaryotes). \r\nL’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.\r\nAttention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.\r\nPublic visé\r\nCette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii2022_genomique/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://cvt.aviesan.fr/wp-content/themes/cvtaviesan/images/logo_cvt.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-09-25", "end_date": "2022-09-30", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-01-25", "registration_closing": "2022-03-15", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" } ] }
