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{ "count": 605, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=460&ordering=-organisedByOrganisations", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=420&ordering=-organisedByOrganisations", "results": [ { "id": 707, "name": "New session of Initiation à la ligne de commande", "shortName": "", "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de\r\ncalcul afin d’acquérir les bases pour le traitement de données biologiques.\r\nPrésentation de l’infrastructure du cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction à l’environnement Linux.\r\nInitiation à un langage de scripting avec le shell Bash.\r\nManipulation en ligne de commande de fichiers de données d'origine biologique.\r\nComment se connecter au serveur de calcul.\r\nApprentissage du langage informatique Bash et comment naviguer dans un environnement Linux.\r\nExercices pratiques de saisie de commandes sur un terminal sans interface graphique.\r\nApprentissage de la gestion de fichiers, comment les créer, gérer les droits d’accès, les manipuler et les transférer sur le\r\ncluster de calcul ou les récupérer sur son poste de travail local.", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Licence" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Avoir un compte sur le cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne (faire une demande le cas échéant sur le site\r\nhttps://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nVENIR AVEC UN ORDINATEUR PORTABLE muni d’une connexion à Eduroam opérationnelle.", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2025-02-17T12:47:28.918467Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-04-09", "end_date": "2025-04-09", "venue": "", "city": "Aubière", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-02-17", "registration_closing": "2025-04-02", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 706, "name": "New session of Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO", "shortName": "New session of Formation d'initiation à OMERO", "description": "Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3383" ], "keywords": [ "Bioimaging", "FAIR" ], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Having an account on Mésocentre Clermont Auvergne\r\nComing with a laptop and an Eduroam access", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2025-02-17T12:40:07.020977Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-03-19", "end_date": "2025-03-19", "venue": "", "city": "Aubière", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-02-17", "registration_closing": "2025-03-18", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 642, "name": "A Hackathon for microbial data analysis workflow FAIRification", "shortName": "", "description": "The primary goal of this hackathon is to prepare, integrate, and FAIRify microbial data analysis Galaxy workflows within the Intergalactic Workflow Commission (IWC), ensuring they adhere to best practices for accessibility, interoperability, and reusability across the bioinformatics community. IWC acts as a central hub for Galaxy workflows, automatically listing them in major registries like Dockstore and WorkflowHub, while ensuring workflows are rigorously reviewed, tested, and updated with every new Galaxy release. Versioning, tool updates, and essential metadata enhance the findability and usability of each workflow.\r\n\r\nIn short, the objectives of this hackathon are to:\r\n- Annotate and apply best practices to microbial data analysis Galaxy workflows for consistency and reusability\r\n- Implement robust tests to ensure workflow reliability and accuracy\r\n- Successfully integrate key microbial data analysis Galaxy workflows into IWC, improving accessibility and usability\r\n- Collaborate as a community to refine and improve workflows, ensuring they are peer-reviewed and meet high standards\r\n- Make these peer-reviewed workflows accessible to the broader community through the future microGalaxy Lab\r\n\r\nThis hackathon is open to participants from all communities, so join us to help shape the future of bioinformatics workflows! Experts and IWC experienced users will be participating in the hackathon to support and explain the requirements during the event.", "homepage": "https://galaxyproject.org/events/2024-11-21-hackathon-microgalaxy-iwc/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3697", "http://edamontology.org/topic_3941", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0121" ], "keywords": [ "Galaxy", "Workflow development" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2024-11-22T09:55:01.514886Z", "type": "Workshop", "start_date": "2024-11-21", "end_date": "2024-11-21", "venue": "Online with a\r\n • a Zoom room, open the whole week\r\n • 2 stand-ups to accommodate different time zones\r\n • Several brainstorming meetings\r\n • microGalaxy Matrix chat for communication", "city": "", "country": "", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-10-10", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Online" }, { "id": 637, "name": "Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\n\r\nAprès une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité des données transcriptomiques,\r\n- aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,\r\n- estimer le nombre de séquences par gènes,\r\n- construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes\r\n- faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_1775" ], "keywords": [ "Galaxy", "RNA-seq", "Transcriptomics (RNA-seq)" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" }, { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2024-06-06T08:09:16.432369Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-07-18", "end_date": "2024-07-18", "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 144, "name": "Reference-based RNA-Seq data analysis with Galaxy", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Reference-based%20RNA-Seq%20data%20analysis%20with%20Galaxy/?format=api" }, { "id": 145, "name": "Introduction to Transcriptomics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20Transcriptomics/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-06-06", "registration_closing": "2024-06-20", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 537, "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi", "shortName": "New session of FAIR_bioinfo", "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3307", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3068" ], "keywords": [ "Methodology", "Programming Languages & Computer Sciences", "Cloud", "Linux", "Snakemake", "Docker", "R" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 94, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2023-06-14T10:22:28.365980Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-07-10", "end_date": "2023-07-17", "venue": "Turing Building\r\nRoom A09", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-06-14", "registration_closing": "2023-06-30", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 592, "name": "Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.\r\n\r\nCette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisés autour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases du fonctionnement de la plateforme Galaxy.\r\n\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2024-02-08T10:45:39.749607Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-13", "end_date": "2024-03-13", "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 126, "name": "Galaxy 101 for everyone", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Galaxy%20101%20for%20everyone/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-02-08", "registration_closing": "2024-02-28", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 709, "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi", "shortName": "New session of FAIR_bioinfo", "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3307", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3068" ], "keywords": [ "Methodology", "Programming Languages & Computer Sciences", "Cloud", "Linux", "Snakemake", "Docker", "R" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure", "maxParticipants": 16, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 101, "name": "iGReD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/iGReD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2025-02-17T13:11:26.183643Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-05-19", "end_date": "2025-02-21", "venue": "", "city": "Aubière", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/818/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/819/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/820/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-02-17", "registration_closing": "2025-05-12", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 593, "name": "Introduction à l'analyse de données de séquençage avec contrôle qualité et alignement sur un génome de référence avec Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séquençage : le contrôle qualité des données et l’alignement sur un génome de référence. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction aux données de séquençage, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de séquençage,\r\n- améliorer la qualité de données de séquençage\r\n- aligner des données sur un génome de référence\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0102", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Quality Control", "Galaxy", "Mapping" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" }, { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2024-02-15T13:46:52.060588Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-10", "end_date": "2024-04-10", "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 128, "name": "Mapping with Galaxy", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Mapping%20with%20Galaxy/?format=api" }, { "id": 127, "name": "Quality Control with Galaxy", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Quality%20Control%20with%20Galaxy/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-02-08", "registration_closing": "2024-02-28", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 595, "name": "Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,\r\n- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3697", "http://edamontology.org/topic_0637" ], "keywords": [ "Galaxy", "Metabarcoding" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" }, { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2024-02-15T13:47:06.720309Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-06-19", "end_date": "2024-06-19", "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 131, "name": "16S Microbial Analysis with mothur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/16S%20Microbial%20Analysis%20with%20mothur/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-02-08", "registration_closing": "2024-02-28", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 598, "name": "Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’annotation de génomes bactériens, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- faire tourner une série d’outils pour annoter un génome bactérien avec différents éléments génomiques,\r\n- évaluer l’annotation\r\n- visualiser un génome bactérien et ses annotations\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0097", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3301" ], "keywords": [ "Bacterial isolate", "Galaxy", "Structural and functional annotation of genomes" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" }, { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2024-02-15T13:46:59.624049Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-15", "end_date": "2024-05-15", "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 129, "name": "Bacterial Genome Annotation", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Bacterial%20Genome%20Annotation/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-02-08", "registration_closing": "2024-02-28", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 599, "name": "Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour caractériser et visualiser des communautés microbiennes. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à la métagénomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- assigner des taxons à des données de métagénomiques,\r\n- visualiser une communauté microbienne à partir d’assignations taxonomiques\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3697", "http://edamontology.org/topic_0637", "http://edamontology.org/topic_3174" ], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" }, { "id": 16, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2024-02-15T13:47:14.064675Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-09-11", "end_date": "2024-09-11", "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 130, "name": "Taxonomic Profiling and Visualization of Metagenomic Data", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Taxonomic%20Profiling%20and%20Visualization%20of%20Metagenomic%20Data/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-02-08", "registration_closing": "2024-02-28", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 591, "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis", "shortName": "", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3056" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/781/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings/images/logo_southgreen_carre_6577134.png", "updated_at": "2024-03-11T13:17:13.095567Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-04", "end_date": "2024-03-08", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-24", "registration_closing": "2024-02-09", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 565, "name": "Advanced HPC Trainings 2022", "shortName": "", "description": "This course continues the explanation on how to work on HPC Southgreen clusters. It is intended for experienced users, with the goals of improving LC user productivity and minimizing the obstacles. New notions and tools are presented such as job arrays, basic softwares installation,module environment and singularity. All these notions will be developped.", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//Advanced_HPC/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [ "HPC", "SLURM" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge", "Cluster" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Oprn to South Green close collaborators", "maxParticipants": 8, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-12-04T15:31:56.530884Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-05-18", "end_date": "2023-05-19", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 557, "name": "Advanced HPC Trainings 2023", "shortName": "", "description": "This course continues the explanation on how to work on HPC Southgreen clusters. It is intended for experienced users, with the goals of improving LC user productivity and minimizing the obstacles. New notions and tools are presented such as job arrays, basic softwares installation,module environment and singularity. All these notions will be developped.", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//Advanced_HPC/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [ "HPC", "SLURM" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge", "Cluster" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Oprn to South Green close collaborators", "maxParticipants": 7, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-12-04T15:32:09.166517Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-05-22", "end_date": "2023-05-23", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/732/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/774/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 605, "name": "BIGomics, Génomique Comparative", "shortName": "BOGC", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3056" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 17, "name": "Agropolis Fondation", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Agropolis%20Fondation/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2024-03-11T13:30:02.752091Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-11", "end_date": "2024-04-16", "venue": "Campus numérique francophone - AUF - Université d'Antananarivo", "city": "Antananarivo", "country": "Madagascar", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-04", "registration_closing": "2024-03-17", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 467, "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - édition Strasbourg - Session 1 (mars 2022)", "shortName": "IFB-SO-PGD-Strasbourg-mars2022", "description": "Cette formation, à destination de bioinformaticiens et biologistes, présente les principes FAIR de gestions de données dans un projet de bioinformatique ou de biologie.Elle aborde les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présente sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=10", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "This training is dedicated for academics in Strasbourg area", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" }, { "id": 84, "name": "ICube", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ICube/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-23", "end_date": "2022-03-24", "venue": "IGBMC\r\n1 Rue Laurent Fries\r\n67400 Illkirch-Graffenstaden", "city": "Illkirch Graffenstaden", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2021-12-01", "registration_closing": "2022-03-06", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 568, "name": "Formation Principes FAIR dans un projet de bioinformatique - Session 1 - Strasbourg", "shortName": "FAIR-Bioinfo-Strasbourg_session1", "description": "Cette formation sur 3 jours est destinée à des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes \"FAIR\" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d'analyse et/ou de développement.", "homepage": "https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/training/10387/12552/66e8217a2c8c491a60eeed9f5a167db3", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "FAIR", "Snakemake", "Docker" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Academics", "maxParticipants": 14, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2023-12-20T15:48:19.995591Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-09", "end_date": "2024-04-11", "venue": "", "city": "Strasbourg", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/737/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-12-20", "registration_closing": "2024-03-10", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 467, "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - édition Strasbourg - Session 1 (mars 2022)", "shortName": "IFB-SO-PGD-Strasbourg-mars2022", "description": "Cette formation, à destination de bioinformaticiens et biologistes, présente les principes FAIR de gestions de données dans un projet de bioinformatique ou de biologie.Elle aborde les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présente sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=10", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "This training is dedicated for academics in Strasbourg area", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" }, { "id": 84, "name": "ICube", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ICube/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-23", "end_date": "2022-03-24", "venue": "IGBMC\r\n1 Rue Laurent Fries\r\n67400 Illkirch-Graffenstaden", "city": "Illkirch Graffenstaden", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2021-12-01", "registration_closing": "2022-03-06", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 691, "name": "Initiation à Python : 2025", "shortName": "Introduction to Python : 2025", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nmaitriser les éléments de base du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches simples d’extraction d’informations, dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrésentation de Python\r\nVariables Python\r\nStructures de contrôle\r\nGestion de fichiers\r\nRéalisation de programmes simples et de Notebooks Jupyter\r\nMise en pratique avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T15:30:56.174380Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-03-31", "end_date": "2025-01-01", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-01-22", "registration_closing": "2025-03-16", "registration_status": "open", "courseMode": "Online" }, { "id": 693, "name": "Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles : 2025", "shortName": "Good practices for better reproducibility of analyses :2025", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nL’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes et enjeux de la recherche reproductible\r\nUtilisation de GitHub\r\nGestion des versions d’un document\r\nRédaction de document computationnel\r\nPartage d’un rapport avec ses collaborateurs\r\nPrincipes FAIR et PGD", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Reproducibility" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T15:36:00.927981Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-04-04", "end_date": "2025-04-04", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-01-22", "registration_closing": "2025-03-20", "registration_status": "open", "courseMode": "Online" } ] }
