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            "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé  - Session 1",
            "shortName": "FAIR data - Session 1",
            "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.",
            "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training/",
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                "http://edamontology.org/topic_3571",
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            "keywords": [
                "Données"
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            "type": "Training course",
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            "name": "« STATIMAGE», Statistiques pour l’imagerie de microscopie",
            "shortName": "",
            "description": "\n\n\nL’objectif de cette formation est de donner aux ingénieurs des plates-formes d’imagerie cellulaire et aux personnes qui utilisent ces technologies, des outils statistiques adaptés aux problématiques du domaine. Dans le but de traiter les grandes séries d’images acquises selon les diverses modalités, il est proposé de renforcer la maîtrise des outils statistiques pour une analyse pertinente mais aussi pour une optimisation des acquisitions.\nLa formation se déroulera du lundi midi au mercredi après-midi pour 2 demi-journées de cours (rappel des notions de bases, modélisation, plans d’expériences) et 3 demi-journées de travaux pratiques/dirigés.\n\n\n\n",
            "homepage": "https://france-bioimaging.org/fr/events/statimage-statistiques-pour-limagerie-de…",
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                "Biostatistics",
                "Image analysis",
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            "venue": "",
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        {
            "id": 707,
            "name": "New session of Initiation à la ligne de commande",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de\r\ncalcul afin d’acquérir les bases pour le traitement de données biologiques.\r\nPrésentation de l’infrastructure du cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction à l’environnement Linux.\r\nInitiation à un langage de scripting avec le shell Bash.\r\nManipulation en ligne de commande de fichiers de données d'origine biologique.\r\nComment se connecter au serveur de calcul.\r\nApprentissage du langage informatique Bash et comment naviguer dans un environnement Linux.\r\nExercices pratiques de saisie de commandes sur un terminal sans interface graphique.\r\nApprentissage de la gestion de fichiers, comment les créer, gérer les droits d’accès, les manipuler et les transférer sur le\r\ncluster de calcul ou les récupérer sur son poste de travail local.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/",
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
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            "prerequisites": [
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            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Avoir un compte sur le cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne (faire une demande le cas échéant sur le site\r\nhttps://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nVENIR AVEC UN ORDINATEUR PORTABLE muni d’une connexion à Eduroam opérationnelle.",
            "maxParticipants": 10,
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                    "name": "AuBi",
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                    "name": "AuBi",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2025-04-09",
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        {
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            "name": "Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour caractériser et visualiser des communautés microbiennes. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à la métagénomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- assigner des taxons à des données de métagénomiques,\r\n- visualiser une communauté microbienne à partir d’assignations taxonomiques\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3697",
                "http://edamontology.org/topic_0637",
                "http://edamontology.org/topic_3174"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy"
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            "prerequisites": [
                "Galaxy - Basic usage"
            ],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy",
            "maxParticipants": null,
            "contacts": [
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                    "name": "CNRS - IFB",
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                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
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                {
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                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
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            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175",
            "updated_at": "2024-02-15T13:47:14.064675Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-09-11",
            "end_date": "2024-09-11",
            "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009",
            "city": "Clermont-Ferrand",
            "country": "France",
            "geographical_range": "Local",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
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                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Taxonomic%20Profiling%20and%20Visualization%20of%20Metagenomic%20Data/?format=api"
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        {
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            "name": "Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,\r\n- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3697",
                "http://edamontology.org/topic_0637"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy",
                "Metabarcoding"
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        {
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            "name": "Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\n\r\nAprès une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité des données transcriptomiques,\r\n- aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,\r\n- estimer le nombre de séquences par gènes,\r\n- construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes\r\n- faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
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                "http://edamontology.org/topic_3170",
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                "http://edamontology.org/topic_3308",
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            "maxParticipants": null,
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                },
                {
                    "id": 145,
                    "name": "Introduction to Transcriptomics",
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        {
            "id": 197,
            "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative 2019",
            "shortName": "DU-Bii 2019",
            "description": "L'université Paris Diderot en partenariat avec l'IFB propose un diplôme un universitaire en bioinformatique.\r\n\r\nLa bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et  les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L'appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s'adresse en priorité à des biologistes en demande d'évolution ou de reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion sur une des plateformes régionales de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d'un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”). Il bénéficiera d’un double encadrement assuré par un enseignant de la formation et par un tuteur bioinformaticien de la plateforme d'accueil de l’IFB.",
            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/du-bii",
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            "maxParticipants": 15,
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        },
        {
            "id": 175,
            "name": "Détection et annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryotes",
            "shortName": "",
            "description": "L'URGI organise une formation sur la détection et l'annotation des éléments transposables par les pipelines REPET. ",
            "homepage": "https://urgi.versailles.inra.fr/About-us/News/Training-on-annotation-of-transpos…",
            "is_draft": false,
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            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
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        {
            "id": 391,
            "name": "INTRODUCTION À L'ANALYSE DE DONNÉES",
            "shortName": "",
            "description": "\nL'utilisation de plus en plus répandue de techniques d’imagerie et de séquençage à haut-débit en biologie est en train de révolutionner les sciences du vivant et de modifier en profondeur leurs pratiques. Dans ce contexte, des outils statistiques sont développés pour permettre d’analyser ces données de hautes dimensions, et la maîtrise de ces outils devient de plus en plus nécessaire pour produire des résultats de bonne qualité. Ce cours de 4 semaines couvrira les étapes nécessaires pour mettre en place un processus d’analyse de données, depuis la planification de l’expérience jusqu’à la fouille des données en passant par l’échantillonnage, les test d’hypothèses, la modélisation statistique etc.\nCe cours s’adresse en priorité aux étudiants de première année de thèse de l’Institut Pasteur. Tout étudiant en thèse sera automatiquement inscrit à ce cours, mais les élèves de 2e année, de 3e année ou les post-doctorants peuvent également s’inscrire, dans la limite des places disponibles. Il est à noter que le cours est obligatoire pour les étudiants de 1ère année. Des dispenses partielles ou totales sont possibles pour les étudiants qui ont déjà des connaissances en statistique, en mathématique ou en physique. Le cours déroulera sur 4 semaines, 4 jours par semaine, trois heures par jour. Chaque séance de trois heures alternera cours magistral et mise en pratique. Il y aura deux sessions : la première commencera le 22 octobre 2018 et la deuxième le 14 janvier 2019.\nChacune de ces deux sessions sera précédée d’une séance d’introduction à l’informatique. Cette séance proposera des notions d’architecture de l’ordinateur, de système d’organisation des fichiers et de format de fichiers. Chaque session sera également suivie d’un cours optionnel sur l’analyse et le traitement des images.\nPour plus d’information, ainsi que pour les inscriptions au module optionnel et les demandes d’exemption, rendez-vous sur la page du cours : https://c3bi.pasteur.fr/introduction-to-data-analysis-2018-19/\nThèmes abordés\nLe module d’analyse de données couvrira un large champ de notions nécessaires aux étudiants pour planifier leurs expériences, analyser et explorer leurs données, interpréter les résultats et générer des figures à des fins de publication. Il abordera des notions de base en statistique, dont les analyses uni- et multivariées, les analyses descriptives, les distributions statistiques usuelles utilisées en biologie, ainsi que les tests d’hypothèses. Les exercices et travaux pratiques seront réalisés avec R et RStudio. Plusieurs séances seront consacrées à une introduction à l’utilisation du langage de programmation R avant d’aborder les notions de statistiques et d’analyse de données.\nLe module d’analyse d’images introduira les principes de base de l’analyse d’image, et portera plus particulièrement sur l’extraction d’information quantitative d’images de microscopie. Ce cours est destiné aux personnes ayant peu ou pas d’expérience en analyse d’image. Il sera très orienté sur la pratique : des cours magistraux de courte durée seront immédiatement suivis de sessions pratiques. Il aidera à la fois les microscopistes débutants et experts qui n’ont jamais eu de formation concrète en analyse d’image.\n \n\n",
            "homepage": "https://www.pasteur.fr/fr/introduction-data-analysis",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "prerequisites": [
                "Master (M2 uniquement)"
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                    "name": "INCEPTION",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/INCEPTION/?format=api"
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            "name": "ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C : traitement, analyse et visualisation de données ",
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            "name": "Using sed and awk to modify large large text files - 2022/03/16",
            "shortName": "",
            "description": "Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions.  The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/modify-and-extract-information-from-large-text-files-day-2-3/",
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            "shortName": "",
            "description": "Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions.  The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.",
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            "description": "Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions.  The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.",
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            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/modify-and-extract-information-from-large-text-files-day-2-3/",
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            "description": "MCEB will take place in Granada, Spain for its 2025 edition. The meeting will put the emphasis on methods and models for phylogenomics and population genomics. Beyond this year's themes, general concepts, models, methods and algorithms will be presented and discussed, just as in the previous editions of MCEB. As usual, the meeting will bring together researchers originating from various disciplines: mathematics, statistics, computer science, phylogenetics, population genetics, molecular epidemiology, biodiversity and macroevolution... Keynote speakers will\r\nintroduce a field of research and discuss their own work in this field. Afternoon will be for short presentations and posters, with plenty of time for discussions. We will stop early every day, thus leaving time for other activities.\r\n\r\nKEYNOTES:\r\n** Sophie Abby - \"Evolution of biosynthetic pathways in Bacteria\"\r\n** Richard Durbin - \"Population genome variation – going beyond SNPs\"\r\n** Lisa Pokorny Montero - \"Genomic approaches to the study of plant evolution\"\r\n** Harald Ringbauer - \"Advanced ancient DNA analysis\"\r\n** Kristina Wicke - \"Inference of phylogenetic networks\"\r\n** Jaime Huerta-Cepas - \"Evolutionary significance of unknown microbial genes\"",
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