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{ "count": 659, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=380&ordering=topics", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=340&ordering=topics", "results": [ { "id": 605, "name": "BIGomics, Génomique Comparative", "shortName": "BOGC", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_3056", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 17, "name": "Agropolis Fondation", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Agropolis%20Fondation/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2024-03-11T13:30:02.752091Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-11", "end_date": "2024-04-16", "venue": "Campus numérique francophone - AUF - Université d'Antananarivo", "city": "Antananarivo", "country": "Madagascar", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-04", "registration_closing": "2024-03-17", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 591, "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis", "shortName": "", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_3056", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/781/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings/images/logo_southgreen_carre_6577134.png", "updated_at": "2024-03-11T13:17:13.095567Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-04", "end_date": "2024-03-08", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-24", "registration_closing": "2024-02-09", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 704, "name": "Mathematical and Computational Evolutionary Biology (MCEB)", "shortName": "MCEB", "description": "MCEB will take place in Granada, Spain for its 2025 edition. The meeting will put the emphasis on methods and models for phylogenomics and population genomics. Beyond this year's themes, general concepts, models, methods and algorithms will be presented and discussed, just as in the previous editions of MCEB. As usual, the meeting will bring together researchers originating from various disciplines: mathematics, statistics, computer science, phylogenetics, population genetics, molecular epidemiology, biodiversity and macroevolution... Keynote speakers will\r\nintroduce a field of research and discuss their own work in this field. Afternoon will be for short presentations and posters, with plenty of time for discussions. We will stop early every day, thus leaving time for other activities.\r\n\r\nKEYNOTES:\r\n** Sophie Abby - \"Evolution of biosynthetic pathways in Bacteria\"\r\n** Richard Durbin - \"Population genome variation – going beyond SNPs\"\r\n** Lisa Pokorny Montero - \"Genomic approaches to the study of plant evolution\"\r\n** Harald Ringbauer - \"Advanced ancient DNA analysis\"\r\n** Kristina Wicke - \"Inference of phylogenetic networks\"\r\n** Jaime Huerta-Cepas - \"Evolutionary significance of unknown microbial genes\"", "homepage": "https://mceb2025.sciencesconf.org/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3293", "http://edamontology.org/topic_3050", "http://edamontology.org/topic_3056", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "keywords": [ "Biostatistics", "Biodiversity", "Evolution and Phylogeny", "Phylogenetics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "PRACTICAL INFORMATION\r\n\r\n** Place: \"Carmen de la Victoria\" and \"Corrala de Santiago\", Granada, Spain.\r\n\r\n** Dates: May 12-16th, 2025. The conference will begin Monday evening and will\r\n end at about 3pm on Friday.\r\n\r\n** Fees: Between 650€ to 850€. Fees will vary depending on the type of room,\r\n shared (for students) or individual. They include accommodation for four nights\r\n with breakfast, lunches, coffee breaks, two dinners and drinks around posters\r\n from Monday night until Friday lunchtime included.\r\n\r\n** Deadline for abstract submission and pre-registration: February 21, 2025.\r\n\r\n** Notification of acceptance: March 15, 2025.", "maxParticipants": 60, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2025-02-17T08:51:35.482439Z", "type": "Meeting", "start_date": "2025-05-12", "end_date": "2025-05-16", "venue": "Carmen de la Victoria\" and \"Corrala de Santiago\"", "city": "Granada", "country": "Spain", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2025-02-01", "registration_closing": "2025-05-05", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 458, "name": "Initiation à Git / Git Initiation - 2021 Session 2", "shortName": "Git Initiation - 2021 S2", "description": "Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2022-10-07T08:23:00.426374Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-01-21", "end_date": null, "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2021-12-15", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 626, "name": "Initiation à Git / Git Initiation - 2024", "shortName": "Git Initiation - 2024", "description": "Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-01-23T13:48:53.713733Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-31", "end_date": "2024-05-31", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-29", "registration_closing": "2024-04-21", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 496, "name": "Initiation à Git / Git Initiation - 2022 Session 2", "shortName": "Git Initiation - 2022 Session 2", "description": "Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; 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IWC acts as a central hub for Galaxy workflows, automatically listing them in major registries like Dockstore and WorkflowHub, while ensuring workflows are rigorously reviewed, tested, and updated with every new Galaxy release. Versioning, tool updates, and essential metadata enhance the findability and usability of each workflow.\r\n\r\nIn short, the objectives of this hackathon are to:\r\n- Annotate and apply best practices to microbial data analysis Galaxy workflows for consistency and reusability\r\n- Implement robust tests to ensure workflow reliability and accuracy\r\n- Successfully integrate key microbial data analysis Galaxy workflows into IWC, improving accessibility and usability\r\n- Collaborate as a community to refine and improve workflows, ensuring they are peer-reviewed and meet high standards\r\n- Make these peer-reviewed workflows accessible to the broader community through the future microGalaxy Lab\r\n\r\nThis hackathon is open to participants from all communities, so join us to help shape the future of bioinformatics workflows! Experts and IWC experienced users will be participating in the hackathon to support and explain the requirements during the event.", "homepage": "https://galaxyproject.org/events/2024-11-21-hackathon-microgalaxy-iwc/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3697", "http://edamontology.org/topic_3941", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_3174" ], "keywords": [ "Galaxy", "Workflow development" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2024-11-22T09:55:01.514886Z", "type": "Workshop", "start_date": "2024-11-21", "end_date": "2024-11-21", "venue": "Online with a\r\n • a Zoom room, open the whole week\r\n • 2 stand-ups to accommodate different time zones\r\n • Several brainstorming meetings\r\n • microGalaxy Matrix chat for communication", "city": "", "country": "", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-10-10", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Online" }, { "id": 627, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données - Session 2024 IBISA-IFB Lyon", "shortName": "FAIR data IBISA Lyon 2024", "description": "Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .\r\nLa formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales, et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.\r\nA la fin de cette formation auront \r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte\r\n- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=30", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [ "Biologists" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "private for IBISA platform staff", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png", "updated_at": "2024-04-24T09:40:20.523534Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-06-11", "end_date": "2024-07-03", "venue": "", "city": "Lyon", "country": "", "geographical_range": "Local", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-04-24", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Blended" }, { "id": 404, "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - Session 2", "shortName": "FAIR data - Session 2", "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/fair-data-science-ouverte-et-pgd-session-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "public", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-11-15", "end_date": "2021-11-18", "venue": "Online zoom session", "city": "", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2021-09-27", "registration_closing": "2021-10-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 513, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données d'une plateforme IBISA - session 2023", "shortName": "FAIR data IBISA 2023", "description": "Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .\r\nLa formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales, et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.\r\nA la fin de cette formation auront \r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte\r\n- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=16", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "FAIR", "Data", "Données" ], "prerequisites": [ "Biologists" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "private for IBISA platform staff", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png", "updated_at": "2023-10-16T08:29:00.590537Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-02-02", "end_date": "2023-02-03", "venue": "", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 465, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données de recherche en sciences de la vie - édition Francilienne - Session 1 (mars)", "shortName": "FAIR data Paris mars 2022", "description": "Présentation et application des principes FAIR de gestion des données dans un projet bioinformatique.\r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=8&username=guest", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "public", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2023-10-16T08:30:29.394936Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-22", "end_date": "2022-03-23", "venue": "", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 418, "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - Session 1", "shortName": "FAIR data - Session 1", "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "public", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-03-15", "end_date": "2021-03-19", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/737/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": null }, { "id": 672, "name": "Webinar 3: IMGT research axis II: Analysis and exploration of the expressed IG and TR repertoires with IMGT tools", "shortName": "IMGT® Webinar 3", "description": "Axis II: Analysis and exploration of the expressed IG and TR repertoires based on comparison with IMGT reference directories in normal and pathological situations\r\n\r\nIMGT/V-QUEST and IMGT/JunctionAnalysis\r\nIMGT/HighV-QUEST\r\nIMGT/StatClonotype\r\n\r\nSpeakers: Véronique Giudicelli and Myriam Croze\r\n\r\nTuesday 10th of December 2024\tTime: 15:00 CET", "homepage": "https://www.imgt.org/IMGTeducation/webinar.php", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2814", "http://edamontology.org/topic_3930", "http://edamontology.org/topic_3948" ], "keywords": [ "Protein structures", "Immunogenetics", "Monoclonal antibody" ], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "free inscription", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 46, "name": "IMGT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IMGT/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2025-01-23T14:56:22.428436Z", "type": "Workshop", "start_date": "2024-12-10", "end_date": "2024-12-10", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Online" }, { "id": 637, "name": "Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy", "shortName": "", "description": "L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\n\r\nAprès une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité des données transcriptomiques,\r\n- aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,\r\n- estimer le nombre de séquences par gènes,\r\n- construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes\r\n- faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_1775", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3170" ], "keywords": [ "Galaxy", "RNA-seq", "Transcriptomics (RNA-seq)" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/807/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - 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session 2025/ AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools - 2025 session", "shortName": "AlphaFold - 2025 session", "description": "L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec l'IDRIS et les plateformes PRABI-AMS, BIOI2, CUBIC, RPBS et Bilille une nouvelle formation intitulée: “AlphaFold et au-delà : Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA / AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools”.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=43", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_1317", "http://edamontology.org/topic_3542", "http://edamontology.org/topic_3534", "http://edamontology.org/topic_0736", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Artificial Intelligence", "Comparative and de novo structure modeling", "alphafold", "Post-translational modifications" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [ { "id": 1, "name": "Training", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=api" } ], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - 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Over the past few years, a rapid and disruptive acceleration of progress in AI has occurred, driven by significant advances in widespread data availability, computing power and machine learning. Remarkable strides were made in particular in the development of foundation models - AI models trained on extensive volumes of unlabelled data. Moreover, given the large amounts of omics data that are being generated and made accessible to researchers due to the drop in the cost of high-throughput technologies, analysing these complex high-volume data is not trivial, and the use of classical statistics can not explore their full potential. As such, Machine Learning (ML) and Artificial Intelligence (AI) have been recognized as key opportunity areas, as evidenced by a number of ongoing activities and efforts throughout the community.\r\n\r\nHowever, beyond the technological advances, it is equally important that the individual researchers acquire the necessary knowledge and skills to fully take advantage of Machine Learning. Being aware of the challenges, opportunities and constraints that ML applications entail, is a critical aspect in ensuring high quality research in life sciences.\r\n\r\nRecognizing this need, this week-long training will bring together experts from four ELIXIR Nodes and deliver a hands-on, high-intensity course available for members from all ELIXIR Nodes.\r\n\r\nLearners will be guided across the various steps in Machine Learning, from the foundational concepts, through the deep learning and generative AI techniques, closely complemented by insights into the existing reporting (DOME Recommendations) and regulatory frameworks (EU AI Act).\r\n\r\nThis 4-day school will involve around 10 trainers/helpers from across 4 different ELIXIR nodes and 30 participants from across all ELIXIR nodes. 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