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            "description": "Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue d'une formation sur l'analyse de données metabarcoding en mai 2018.\nCelle-ci vous proposera : \n- une formation complète à l'outil FROGS sous Galaxy\n- l'intervention de plusieurs experts du domaine avec exposés thématiques et tutoriaux \n- le tout sur 5j, du 14 au 18 mai prochain\nCette semaine thématique est co-organisée entre la cellule bioinformatique de l’ifremer à Brest, la plateforme MIGALE de Jouy et  la plate-forme ABiMS de Roscoff qui accueillera la formation.\nRetrouver les détails du programme ici : \nhttp://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2018\nSi cette formation vous intéresse, merci de bien vouloir compléter le formulaire d'inscription (disponible dans le  lien ci-dessus).\n----------------------------------------\nWe are pleased to announce a training on metabarcoding data analysis in May 2018.\nThis one will propose to you:\n- complete training in the FROGS tool under Galaxy\n- the intervention of several experts in the field with thematic presentations and tutorials\n- all on  5days , from May 14 to 18\nThis theme week is co-organized with the IFREMER bioinformatic team (Brest) , the Migale bioinformatic platform(Jouy en Josas)  and  the ABiMS (Roscoff) bioinformatic platform and would take place in Roscoff..\nFind the details of the program here:\nhttp://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2018\nIf you are interested in this training, please complete the registration form (see link above).\nTrainning will be in French with slides in English.\n",
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            "name": "Les langages de workflows pour une analyse bioinformatique reproductible - session 2024 / Workflow languages for reproducible bioinformatics analysis -2024 session",
            "shortName": "WF4bioinfo 2024",
            "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :\r\n- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB \r\n- une  journée de session pratique  avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=29",
            "is_draft": false,
            "costs": [],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "FAIR",
                "Reproducibility",
                "Nextflow",
                "Snakemake"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 20,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/326/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/804/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 38,
                    "name": "PB-IBENS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PB-IBENS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png",
            "updated_at": "2024-03-28T10:04:12.722566Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-10-14",
            "end_date": "2024-10-16",
            "venue": "",
            "city": "Paris",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
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            "realisation_status": "past",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 612,
            "name": "RNASEQ ALIGNMENT, QUANTIFICATION AND TRANSCRIPT DISCOVERY WITH STATISTICS - session 14 - 17 /05/2024",
            "shortName": "RNASeq bioinfo / biostat",
            "description": "The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, in collaboration with the Genotoul Biostatistics platform, and the MIAT unit, organize a 3,5 days long training course for bio-informaticians and biologists aiming at learning sequence analysis. It focuses on (protein coding) gene expression analysis using reads produced by ‘RNA-Seq’. This training session is designed to introduce sequences from ‘NGS’ (Next Generation Sequencing), particularly Illumina platforms (HiSeq). You will discover the standards file formats, learn about the usual biases of this type of data and run different kinds of analyses, such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of coding genes and transcripts. Finally you will be able to extract the differentially expressed genes.",
            "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/rnaseq-alignment-transcripts-assemblies-statistics/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3308"
            ],
            "keywords": [
                "NGS Data Analysis",
                "Expression"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux/Unix",
                "Cluster",
                "Langage R de base"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Register on the training page : https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 15,
                    "name": "MIAT",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 33,
                    "name": "Genotoul-biostat",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-biostat/?format=api"
                },
                {
                    "id": 22,
                    "name": "Genotoul-bioinfo",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
                }
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            "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
            "updated_at": "2024-03-26T14:25:27.655655Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-05-14",
            "end_date": "2024-05-17",
            "venue": "",
            "city": "Castanet Tolosan",
            "country": "France",
            "geographical_range": "",
            "trainers": [],
            "trainingMaterials": [
                {
                    "id": 135,
                    "name": "training RNASEQ Bioinfo part",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/training%20RNASEQ%20Bioinfo%20part/?format=api"
                },
                {
                    "id": 136,
                    "name": "training RNASeq biostat part",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/training%20RNASeq%20biostat%20part/?format=api"
                }
            ],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-03-24",
            "registration_closing": null,
            "registration_status": "open",
            "courseMode": "Online"
        },
        {
            "id": 592,
            "name": "Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.\r\n\r\nCette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisés autour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases du fonctionnement de la plateforme Galaxy.\r\n\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)",
            "maxParticipants": null,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 16,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 87,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api"
                },
                {
                    "id": 96,
                    "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 31,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175",
            "updated_at": "2024-02-08T10:45:39.749607Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-13",
            "end_date": "2024-03-13",
            "venue": "Bâtiment Turing, Salle A009",
            "city": "Clermont-Ferrand",
            "country": "France",
            "geographical_range": "Local",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [
                {
                    "id": 126,
                    "name": "Galaxy 101 for everyone",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Galaxy%20101%20for%20everyone/?format=api"
                }
            ],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-02-08",
            "registration_closing": "2024-02-28",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 706,
            "name": "New session of Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO",
            "shortName": "New session of Formation d'initiation à OMERO",
            "description": "Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi",
            "is_draft": false,
            "costs": [],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3383"
            ],
            "keywords": [
                "Bioimaging",
                "FAIR"
            ],
            "prerequisites": [
                "none"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Having an account on Mésocentre Clermont Auvergne\r\nComing with a laptop and an Eduroam access",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 16,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 56,
                    "name": "INSERM",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api"
                },
                {
                    "id": 87,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 31,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175",
            "updated_at": "2025-02-17T12:40:07.020977Z",
            "type": "Training course",
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            "description": "L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’annotation de génomes bactériens, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- faire tourner une série d’outils pour annoter un génome bactérien avec différents éléments génomiques,\r\n- évaluer l’annotation\r\n- visualiser un génome bactérien et ses annotations\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
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            "name": "Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy",
            "shortName": "",
            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,\r\n- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nNous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
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            "maxParticipants": null,
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            "description": "L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séquençage : le contrôle qualité des données et l’alignement sur un génome de référence. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction aux données de séquençage, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de séquençage,\r\n- améliorer la qualité de données de séquençage\r\n- aligner des données sur un génome de référence\r\n\r\nLes inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580\r\nDans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du \"premier arrivé, premier servi\" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.",
            "homepage": "",
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            "registration_closing": "2024-02-28",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 590,
            "name": "Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO",
            "shortName": "Formation d'initiation à OMERO",
            "description": "Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.\r\n\r\nInscription dans la limite de 10 personnes auprès de la plateforme CLIC ou de la plateforme AuBi.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3383"
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            "keywords": [
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                "Bioimaging",
                "FAIR"
            ],
            "prerequisites": [
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            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Demander l'ouverture d'un compte au Mésocentre Clermont Auvergne\r\nVenir avec un ordinateur portable et une connexion à Eduroam",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
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                {
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            "country": "France",
            "geographical_range": "Local",
            "trainers": [
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=api"
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            "registration_status": "open",
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        },
        {
            "id": 502,
            "name": "FAIR_bioinfo_@_AuBi",
            "shortName": "FAIR_bioinfo",
            "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs points seront abordés: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/formation-2022-pratiques-fair-en-bioinformatique",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                "http://edamontology.org/topic_3316",
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_0091",
                "http://edamontology.org/topic_3068"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Snakemake",
                "Docker"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure",
            "maxParticipants": 15,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 87,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api"
                },
                {
                    "id": 94,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 31,
                    "name": "AuBi",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api"
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            "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175",
            "updated_at": "2023-06-14T10:22:47.972169Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-11-28",
            "end_date": "2022-12-02",
            "venue": "Plateforme AuBi\r\nMésocentre\r\nDOSI\r\nUCA",
            "city": "CLERMONT-FERRAND",
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/765/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api"
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        },
        {
            "id": 642,
            "name": "A Hackathon for microbial data analysis workflow FAIRification",
            "shortName": "",
            "description": "The primary goal of this hackathon is to prepare, integrate, and FAIRify microbial data analysis Galaxy workflows within the Intergalactic Workflow Commission (IWC), ensuring they adhere to best practices for accessibility, interoperability, and reusability across the bioinformatics community. IWC acts as a central hub for Galaxy workflows, automatically listing them in major registries like Dockstore and WorkflowHub, while ensuring workflows are rigorously reviewed, tested, and updated with every new Galaxy release. Versioning, tool updates, and essential metadata enhance the findability and usability of each workflow.\r\n\r\nIn short, the objectives of this hackathon are to:\r\n- Annotate and apply best practices to microbial data analysis Galaxy workflows for consistency and reusability\r\n- Implement robust tests to ensure workflow reliability and accuracy\r\n- Successfully integrate key microbial data analysis Galaxy workflows into IWC, improving accessibility and usability\r\n- Collaborate as a community to refine and improve workflows, ensuring they are peer-reviewed and meet high standards\r\n- Make these peer-reviewed workflows accessible to the broader community through the future microGalaxy Lab\r\n\r\nThis hackathon is open to participants from all communities, so join us to help shape the future of bioinformatics workflows! Experts and IWC experienced users will be participating in the hackathon to support and explain the requirements during the event.",
            "homepage": "https://galaxyproject.org/events/2024-11-21-hackathon-microgalaxy-iwc/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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                "http://edamontology.org/topic_3697",
                "http://edamontology.org/topic_3941",
                "http://edamontology.org/topic_3174",
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_0121"
            ],
            "keywords": [
                "Galaxy",
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            "sponsoredBy": [
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                    "name": "CNRS - IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api"
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            "organisedByOrganisations": [
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                {
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            "logo_url": null,
            "updated_at": "2024-11-22T09:55:01.514886Z",
            "type": "Workshop",
            "start_date": "2024-11-21",
            "end_date": "2024-11-21",
            "venue": "Online with a\r\n       • a Zoom room, open the whole week\r\n       • 2 stand-ups to accommodate different time zones\r\n       • Several brainstorming meetings\r\n       • microGalaxy Matrix chat for communication",
            "city": "",
            "country": "",
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        },
        {
            "id": 537,
            "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi",
            "shortName": "New session of FAIR_bioinfo",
            "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.",
            "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0769",
                "http://edamontology.org/topic_3307",
                "http://edamontology.org/topic_0091",
                "http://edamontology.org/topic_3068"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Programming Languages & Computer Sciences",
                "Cloud",
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                "Snakemake",
                "Docker",
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            "prerequisites": [
                "Linux - Basic Knowledge"
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            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure",
            "maxParticipants": 15,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api"
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            "elixirPlatforms": [],
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            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
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                    "name": "AuBi",
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                },
                {
                    "id": 94,
                    "name": "Université Clermont Auvergne",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api"
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            "organisedByTeams": [
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            "description": "L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\n\r\nAprès une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité des données transcriptomiques,\r\n- aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,\r\n- estimer le nombre de séquences par gènes,\r\n- construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes\r\n- faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés",
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