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{ "count": 659, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=320&ordering=organisedByTeams", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=280&ordering=organisedByTeams", "results": [ { "id": 489, "name": "Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative - session 2023 / Integrative Bioinforformatics training school - 2023 session", "shortName": "ETBII 2023", "description": "Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif :\r\n- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens, biostatisticiens et bioanalystes\r\n- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.\r\n\r\nCette école mobilise une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques \r\n\r\nLa formation a pour but :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques. \r\n- de créer, améliorer et partager des ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.\r\n\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R, Python \r\n- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/", "is_draft": false, "costs": [ "770 TTC pour les académiques et 1540 TTC pour les privés" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté mais cette première édition s’adresse en priorité à des bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/Logo_ETBII_Couleurs.png", "updated_at": "2023-05-17T10:02:50.638104Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-01-16", "end_date": "2023-01-20", "venue": "Accès\r\n\r\nTrain : TGV, gare de St-Raphaël-Valescure (3 km) et car (ligne 3) jusqu’à la Villa Clythia.\r\nÀ 1h30 de Nice, 1h20 de Toulon, 2h10 de Marseille et 7h30 de Paris.\r\n\r\nVoiture : Sur l’A8 prendre la sortie n° 38, Fréjus. Cartes Michelin 82 et 245.\r\nAvion : Nice (70 km), Toulon (90 km), Marseille (140 km).\r\n\r\nTransfert : Navettes depuis la gare de St Raphael. Taxis depuis l’aéroport de\r\nNice (sur réservation).\r\n\r\nCAES du CNRS\r\nLa Villa Clythia\r\n2754, rue Henri Giraud\r\n83600 Fréjus", "city": "Fréjus", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/750/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/146/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/721/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-09-12", "registration_closing": "2022-10-12", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 628, "name": "EBAII - Ecole de Bioinformatique \"Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit\" session 2024", "shortName": "EBAII niv1 - 2024 session", "description": "Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.\r\n\r\nContenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies \"long reads\".\r\n\r\nObjectifs généraux:\r\nAcquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.\r\nMaîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.\r\nInterpréter les résultats des analyses de données NGS.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=28", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": 40, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Pasteur%20HUB/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1023/course/section/179/logoEBAII.jpg", "updated_at": "2024-12-05T09:13:51.889568Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-11-17", "end_date": "2024-11-22", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-04-13", "registration_closing": "2024-06-14", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 627, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données - Session 2024 IBISA-IFB Lyon", "shortName": "FAIR data IBISA Lyon 2024", "description": "Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .\r\nLa formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales, et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.\r\nA la fin de cette formation auront \r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte\r\n- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=30", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [ "Biologists" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "private for IBISA platform staff", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png", "updated_at": "2024-04-24T09:40:20.523534Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-06-11", "end_date": "2024-07-03", "venue": "", "city": "Lyon", "country": "", "geographical_range": "Local", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-04-24", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Blended" }, { "id": 409, "name": "10ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm", "shortName": "EBAII 2021", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii-2021-n1/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-11-21", "end_date": "2021-11-26", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2021-06-13", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 607, "name": "Train-the-Trainer", "shortName": "TtT", "description": "The programme objective is to give instructors tools and tips for providing an enriching learning experience to trainees, irrespective of topic, and to include best-practice guidance on course and training material development.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=25", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 25, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/?format=api" ], "elixirPlatforms": [ { "id": 1, "name": "Training", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=api" } ], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/961/course/section/152/logo_TtT_MRS_def.png", "updated_at": "2024-03-21T15:53:33.771360Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-07-01", "end_date": "2024-07-02", "venue": "CNRS - Délégation Provence et corse, 31 Chemin Joseph Aiguier, 13009 Marseille.", "city": "Marseille", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-20", "registration_closing": "2024-04-22", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 604, "name": "Hackathon - Improving the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond", "shortName": "", "description": "This hackathon aims to improve the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond\r\n\r\nThe objective of this hackathon is to improve the annotation of the Galaxy resources (tools, training, workflows) for microbial data analysis by:\r\n\r\n - Linking microbial Galaxy tools to bio.tools to obtain EDAM ontology annotation\r\n - Improving bio.tools annotations\r\n - Annotating existing microbial-related tutorials with EDAM terms\r\n - Reflecting on the addition of EDAM terms to workflows\r\n - Reflecting on missing terms in the EDAM ontology for microbial data analyses\r\n - Brainstorming about a way to connect tool annotations to improve training and workflow annotations", "homepage": "https://galaxyproject.org/events/2024-03-11-hackathon-galaxy-resources-annotation/#preliminary-schedule", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3941", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_3697" ], "keywords": [ "EDAM", "Annotation", "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2024-02-19T10:09:50.076964Z", "type": "Workshop", "start_date": "2024-03-11", "end_date": "2024-03-15", "venue": "Online with a\r\n • a Zoom room, open the whole week\r\n • 2 daily stand-ups to accommodate different time zones\r\n • Several brainstorming meetings\r\n • microGalaxy Matrix chat for communication", "city": "", "country": "", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-02-19", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Online" }, { "id": 486, "name": "11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm", "shortName": "EBAII 2022", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii-2022-n1/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/371/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2023-05-17T09:56:27.318517Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-11-13", "end_date": "2022-11-18", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-01-19", "registration_closing": "2022-05-31", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 465, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données de recherche en sciences de la vie - édition Francilienne - Session 1 (mars)", "shortName": "FAIR data Paris mars 2022", "description": "Présentation et application des principes FAIR de gestion des données dans un projet bioinformatique.\r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=8&username=guest", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "public", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2023-10-16T08:30:29.394936Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-22", "end_date": "2022-03-23", "venue": "", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 404, "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - Session 2", "shortName": "FAIR data - Session 2", "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/fair-data-science-ouverte-et-pgd-session-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "public", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-11-15", "end_date": "2021-11-18", "venue": "Online zoom session", "city": "", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2021-09-27", "registration_closing": "2021-10-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 760, "name": "EB3I - Ecole de Bioinformatique niveau débutant 2026", "shortName": "EB3I N1 2026", "description": "Description : La formation EB3I IFB, INSERM et INRAe de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.\r\n\r\nContenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies \"long reads\".\r\n\r\nObjectifs généraux:\r\n\r\nAcquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.\r\nMaîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.\r\nInterpréter les résultats des analyses de données NGS.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=47", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Pasteur%20HUB/?format=api" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1538/course/section/339/station-biologique-roscoff-roscoff-4404.jpg", "updated_at": "2026-02-06T15:34:21.314337Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-11-15", "end_date": "2026-11-20", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-02-06", "registration_closing": "2026-05-10", "registration_status": "open", "courseMode": "Online" }, { "id": 418, "name": "Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - Session 1", "shortName": "FAIR data - Session 1", "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "public", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-03-15", "end_date": "2021-03-19", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/737/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": null }, { "id": 415, "name": "Introduction to Machine Learning Using R - 2021", "shortName": "", "description": "With the rise in high-throughput sequencing technologies, the volume of omics data has grown exponentially in recent times and a major issue is to mine useful knowledge from these data which are also heterogeneous in nature. Machine learning (ML) is a discipline in which computers perform automated learning without being programmed explicitly and assist humans to make sense of large and complex data sets. The analysis of complex high-volume data is not trivial and classical tools cannot be used to explore their full potential. Machine learning can thus be very useful in mining large omics datasets to uncover new insights that can advance the field of bioinformatics.\r\n\r\nThis 2-day course will introduce participants to the machine learning taxonomy and the applications of common machine learning algorithms to omics data. The course will cover the common methods being used to analyse different omics data sets by providing a practical context through the use of basic but widely used R libraries. The course will comprise a number of hands-on exercises and challenges where the participants will acquire a first understanding of the standard ML processes, as well as the practical skills in applying them on familiar problems and publicly available real-world data sets.", "homepage": "https://fpsom.github.io/2021-06-ml-elixir-fr/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 8, "name": "Elixir", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.dissco.eu/wp-content/uploads/Elixir-Europe-logo-1.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-06-16", "end_date": "2021-06-17", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Online" }, { "id": 413, "name": "1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2013 - 1", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq)\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://www.aviesan.fr/fr/aviesan/home/aviesan-news/ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 1, "name": "EBIO", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/EBIO/?format=api" }, { "id": 2, "name": "Institut Curie - Bioinformatique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Institut%20Curie%20-%20Bioinformatique/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2013-01-14", "end_date": "2013-01-18", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 412, "name": "2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2013 - 2", "description": "La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.\r\nL’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.\r\nLes participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).", "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/2eme-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit/(sort_cat)/3726", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2013-11-17", "end_date": "2013-11-22", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2013-09-01", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 245, "name": "1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm Niveau 2", "shortName": "EBAII-N2 2021", "description": "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/ebaii2021n2", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0_0_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2021-05-25", "end_date": "2021-05-28", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2021-01-31", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 407, "name": "6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB", "shortName": "EBAI 2017", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/en/evenements/EBA2017", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/GenOuest/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 1, "name": "EBIO", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/EBIO/?format=api" }, { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/TAGC-BU/?format=api" }, { "id": 2, "name": "Institut Curie - Bioinformatique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Institut%20Curie%20-%20Bioinformatique/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2017-11-12", "end_date": "2017-11-17", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 740, "name": "ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School", "shortName": "ETBII 2026", "description": "La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R", "Python - basic knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png", "updated_at": "2025-11-03T14:11:43.902530Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-29", "end_date": "2026-04-04", "venue": "", "city": "Fréjus", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-11-02", "registration_closing": "2025-12-17", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 411, "name": "4ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2015", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/programme-detaille-ecole-bioinfo-09-2015-2.pdf", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - 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2025 session", "shortName": "Metagenomics 2025", "description": "Présentation de la formation\r\nA la demande du laboratoire d'Ecologie Microbienne de Lyon, l'équipe Formation de l'IFB organise une session de formation de deux jours sous Galaxy pour l'analyse de données de métagénomique et métatranscriptomique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nA la fin de cette formation, les participants auront \r\n\r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur les méthodes et objectifs d'une analyse en métagénomique et métatranscriptomique\r\n\r\n - réalisé une analyse de données de données métataxonomique, métagénomique shotgun et métatranscriptomique sous l'environnement Galaxy et sur des données fournies par l'équipe pédagogique\r\n\r\n- choisi et initié une analyse sur un jeu de données de leur choix en bénéficiant de l'encadrement de l'équipe pédagogique (Bring Your Own Data sessions)", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=40", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0637", "http://edamontology.org/topic_3941", "http://edamontology.org/topic_3174" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [ { "id": 1, "name": "Training", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=api" } ], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png", "updated_at": "2025-07-16T11:47:31.510580Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-06-17", "end_date": "2025-06-18", "venue": "", "city": "Villeurbanne", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 410, "name": "3ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2014", "description": "Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une\r\naccumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont\r\nconsidérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de\r\nnouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les\r\ninteractions ADN-protéine (immuno-précipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise\r\nune troisième session de cette école dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur\r\npermettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit en utilisant un\r\nenvironnement logiciel convivial : Galaxy.\r\nL’école comportera des séminaires introductifs, des cours et des travaux pratiques consacrés à l’initiation au traitement\r\ndes données de transcriptome (RNA-seq), d’interactome (ChIP-seq) et de variations génomiques (SNP, CNV). Les\r\nparticipants disposant de données pourront discuter de leur plan d’analyse et effectuer les premières étapes de\r\ntraitement de leurs données au cours de la dernière journée.\r\nL’école est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques dans un environnement Galaxy, plateforme dédiée à\r\nl’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette formation est destinée aux biologistes (chercheurs,\r\ndoctorants, enseignants-chercheurs, ingénieurs, …) ayant déjà utilisé ou souhaitant utiliser ce type de données.", "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/itmo-ggb-3e-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2014-10-05", "end_date": "2014-10-10", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2014-06-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" } ] }
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