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            "description": "\nObjectifs\n\nConnaître les bases de la modélisation moléculaire : modélisation par homologie, arrimage (docking) de ligands, mutations in silico. Une demi-journée dédiée à la modélisation de vos protéines d'intérêts.\n\nProgramme\n\n- Visualiser : Connaître les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PYmol.\n- Comprendre : Analyse des structures 3D de protéines (RX ou RMN). Recherche d'homologues avec HHpred, I-Tasser, etc... Modélisation par homologie avec Modeller, Phyre2. Principes et applications.\n- Prédire : Docking de ligands avec Autodock. Prédiction des mutations in silico. Principes et applications.\nL'accent sera mis sur les points forts et les limites des différents outils et la pratique avec de nombreux \"hand- on tutorials\"\nPlus une session dédiée : «bring your own protein».\n",
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            "description": "\nObjectifs\n\n- Présenter le langage de programmation R et ses principes.\n- Utiliser les principales fonctionnalités de ce langage pour effectuer des calculs mathématiques, statistiques ou des représentations graphiques.\n- Attention : ce module n'est ni un module de statistique, ni un module d'analyse statistique des données.\n\nProgramme\n\n- Structures et manipulation de données.\n- Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…).\n- Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot).\n",
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            "name": "Introduction au logiciel R",
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            "description": "\n\nObjectifs de la formation\nAcquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R\nConnaître les principales analyses statistiques nécessaires en biologie et les utiliser sous R\nRéaliser des graphiques sous R\nConnaitre les bibliothèques R utiles en Biologie\n\n\n",
            "homepage": "http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-log…",
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                "Biostatistics",
                "Programming Languages & Computer Sciences",
                "Statistical Tests",
                "Regression",
                "R Language",
                "Descriptive statistics"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "Informations et inscriptions:\nhttp://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-logiciel-r/\n \n",
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        {
            "id": 257,
            "name": "Analyse de données RNA-seq sous l’environnement Galaxy ",
            "shortName": "",
            "description": "\n\nObjectifs de la formation\nAcquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit.\nConnaître les caractéristiques des données obtenues dans le cadre de l’analyse du transcriptome (RNA-seq).\nSavoir planifier une expérience simple de type RNA-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.\nConnaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq . Pouvoir les mettre en oeuvre dans un cas simple via un serveur web Galaxy.\nPouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.\nDurée de la formation : 2,5 jours\n\n\n",
            "homepage": "http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/analyse-des-donn…",
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                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "NGS Data Analysis",
                "Analysis of RNAseq data",
                "Assembly of genomes and transcriptomes",
                "Read alignment on genomes",
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                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
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            "openTo": "Internal personnel",
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            "name": "Analysis of NGS data with R",
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            "description": "https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19025-Analyses-NGS-avec-R.html?axe=98\n",
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        {
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            "name": "Advanced sequence analysis",
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            "description": "https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19019-Analyse-avancee-de-sequences.h...\n",
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            "name": "Linux/Unix",
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            "description": "This training presents the following points: how to access the platform, how to use a Unix environment, how to create and manipulate and transfer files with command line from your computer toward our cluster and vice versa. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.\n",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/linux-2/",
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            "accessConditions": "You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private\n",
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                    "name": "Genotoul-bioinfo",
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            "name": "Cluster",
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            "description": "This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.\n",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/",
            "is_draft": false,
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                "Cluster"
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            "shortName": "",
            "description": "As the command line training but with Galaxy. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.\n",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/reads-alignment-and-small-size-varia…",
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            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private\n",
            "maxParticipants": null,
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        {
            "id": 263,
            "name": "Phylogénie moléculaire",
            "shortName": "",
            "description": "\nLes objectifs sont :\n1. Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire.\n2. Être autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique.\n3. Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie.\nhttps://cnrsformation.cnrs.fr/\n\n",
            "homepage": "http://cnrsformation.cnrs.fr/stage-17007-Phylogenie-moleculaire-%28Montpellier%2…",
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            "keywords": [
                "Phylogeny",
                "Evolution and Phylogeny",
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            "openTo": "Internal personnel",
            "accessConditions": "S'acquitter des frais d'inscription, être familiarisé avec les banques de données de séquences, avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique, connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres), avoir des notions de programmation.\n",
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            "name": "Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)",
            "shortName": "",
            "description": "\nLes objectifs sont :\n- Savoir choisir les outils d'analyse\n- Etre autonome pour effectuer un pipeline d'analyse\n- Comprendre les principes des méthodes d'analyse\n- Savoir manipuler les fichiers de séquences : préparation et filtration\n- Etre capable d'évaluer la qualité des données\n- Savoir analyser avec ou sans génome de référence\nhttps://cnrsformation.cnrs.fr/\n\n",
            "homepage": "http://cnrsformation.cnrs.fr/stage-17010-Bioinformatique-pour-le-traitement-de-d…",
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                "Methodology",
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                "Assembly of genomes and transcriptomes",
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            "accessConditions": "S'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoire..., notions du système linux et des lignes de commandes, niveau master\n",
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            "name": "Analyse de données métagénomiques 16S",
            "shortName": "",
            "description": "\n\n\n\n\n\n\n\nObjectifs\nCette formation est dédiée à l'analyse de données de type \"métagénomique amplicon\" issues des technolo-gies de séquençage 454 et Illumina. La formation couvre les grandes étapes d'un pipeline d'analyse bioinformatique sous Galaxy (FROGS) pour transformer les séquences en tables d'abondances puis présente des outils statistiques sous R (phyloseq) qui permettent de décrire et comparer les échantillons à partir de ces tables.\n\n \nProgramme\n\nJours 1 et 2 : Analyses Bioinformatiques sous Galaxy\nIntroduction générale\nBrefs rappels sur l'environnement Galaxy\nPrésentation des données issues des différentes technologies de séquençage\nPrétraitement des données\nClustering des séquences, construction des OTUs\nDétection de chimères\nAnnotation taxonomique\nFiltrage des données de comptages\nOutils de visualisation\nConstruction de workflow et configuration de FROGS\nLimite des données et des méthodes \nJour 3 et 4 :  Analyses Statistiques sous Rstudio\nIntroduction générale\nImport, manipulation et visualisation des données\nMesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\nOrdination et réduction de dimension : MDS\nClustering et Heatmap\nComparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis\n▫ Introduction générale\n▫ Brefs rappels sur l'environnement Galaxy\n▫ Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage ▫ Prétraitement des données\n▫ Clustering des séquences, construction des OTUs\n▫ Détection de chimères\n▫ Annotation taxonomique\n▫ Filtrage des données de comptages\n▫ Outils de visualisation\n▫ Construction de workflow et configuration de FROGS\n▫ Limite des données et des méthodes\n\n\n\n\n\nJour 3 : Analyses Statistiques sous Rstudio\n\n\t▫  Introduction générale\n\t\n\n\t▫  Import et manipulation des données\n\t\n\n\t▫  Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\n\t\n\n\t▫  Ordination et réduction de dimension : MDS\n\t\n\n\t▫  Clustering et Heatmap\n\t\n\n\t▫  Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis \n\t\n\n\n\n\n\n\n\n\n",
            "homepage": "http://migale.jouy.inra.fr/",
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            "name": "Introduction à la phylogénie moléculaire",
            "shortName": "",
            "description": "Le C3BI propose des cours pour acquérir les notions théoriques de phylogénie et maitriser les outils et logiciels.\nLes cours d'”Introduction à la phylogénie moléculaire” sont ouverts EN ACCES LIBRE  à tous les Pasteuriens et dispensés en langue française .\nl'après midi les travaux pratiques sont limités à 15 personnes (sur inscription)\n** Mardi 29 septembre\n– 9h30-11h : Méthodes de distance (A. Criscuolo)\n– 14h-15h30 : Méthodes de Maximum de Parcimonie (O. Gascuel)\n** Mercredi 30 septembre\n– 9h30-11h : Modèles d’évolution (O. Gascuel)\n– 14h-15h30 : Méthodes de Maximum de Vraisemblance (O. Gascuel)\n** Jeudi 1er octobre\n– 9h30-11h : Méthodes Bayesiennes (G. Perriere)\n– 14h-15h30 : Inférences des forces sélectives (G. Perriere)\n",
            "homepage": "http://c3bi.pasteur.fr",
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        {
            "id": 267,
            "name": "Cours Pasteur Analyse des Génomes",
            "shortName": "",
            "description": "Chaque année, ce cours théorique et pratique d’une durée de sept semaines fait le tour\ndes concepts, techniques et outils nécessaires à l'étude des génomes, des étapes expérimentales à l’analyse des résultats. Il illustre les différents aspects de la génomique et de ses applications en se basant sur les résultats les plus récents de la recherche - voir plus\n",
            "homepage": "http://www.pasteur.fr/fr/enseignement/cours-pasteur/pole-mecanismes-du-vivant/an…",
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