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{ "count": 659, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=200&ordering=-end_date", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=160&ordering=-end_date", "results": [ { "id": 787, "name": "Initiation à Python / Introduction to Python - 2026", "shortName": "Introduction to Python 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nmaitriser les éléments de base du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches simples d’extraction d’informations, dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrésentation de Python\r\nVariables Python\r\nStructures de contrôle\r\nGestion de fichiers\r\nRéalisation de programmes simples et de Notebooks Jupyter\r\nMise en pratique avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:30:53.467274Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-06-01", "end_date": "2026-06-02", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-05-18", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 783, "name": "Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands - 2026", "shortName": "Modélisation de structures 3D de protéines 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_1317" ], "keywords": [ "Protein structures", "2D/3D", "Protein/protein interaction modelisation" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:25:50.911130Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-05-28", "end_date": "2026-05-29", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-05-14", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 780, "name": "Analyse de données métagénomiques shotgun / shotgun metagenomics - 2026", "shortName": "Shotgun metagenomics 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données métagénomiques procaryotes de type « shotgun » issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous présenterons les étapes bioinformatiques nécessaires pour nettoyer les données brutes et les caractériser d’un point de vue taxonomique. Nous aborderons ensuite les différentes stratégies à employer pour assembler les reads et obtenir des comptages sur des gènes prédits. Enfin nous présenterons quelques outils pour obtenir une annotation fonctionnelle des échantillons. A l’issue des 2 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage shotgun. Ils seront capables d’utiliser les outils présentés sur les jeux de données de la formation. L’ensemble des TP se déroulera sur l’infrastructure de Migale et nécessite une pratique courante de la ligne de commande.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nIntroduction générale sur les données métagénomiques\r\nAssignation taxonomique\r\nNettoyage des données brutes\r\nAssemblage / Binning\r\nPrédiction de gènes procaryotes\r\nAnnotation fonctionnelle\r\nConclusion, limites des méthodes", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3697" ], "keywords": [ "Metagenomics" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:21:23.055473Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-05-20", "end_date": "2026-05-21", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-05-06", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 786, "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées - 2026", "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3308" ], "keywords": [ "Statistical differential analysis", "RNA-seq" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:29:38.805654Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-05-18", "end_date": "2026-05-19", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-05-04", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 758, "name": "Analysis of shotgun metagenomic data - 11 mai 2026", "shortName": "", "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform. This course is dedicated to the analysis of prokaryotic shotgun metagenomic data from Illumina and Pacbio HiFi sequencing technology. \r\n\r\nAfter an overview of metagenomics and the biases and limitations of analyses, we will look at the main steps involved in analysing metagenomic data and launch independent tools on the genobioinfo cluster.\r\nLearners will then test a workflow to automate processing on a test dataset (metagWGS ).\r\nOn the third day, learners will choose which analysis strategy to start with according to their experimental design and launch the first stage of metagWGS on their own data.\r\nBy the end of the course, trainees will be familiar with the scope, advantages and limitations of shotgun sequencing data analysis and will have started the analysis on their own data.\r\n\r\ncalendar\r\n \r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nFirst Day\r\nStart at 09:00 am\r\nTour de table\r\nIntroduction to metagenomics, Illumina and Pacbio data, analysis stages, analysis limits, etc.\r\nPresentation of some key tools for each stage\r\nPractical work on the main stages launched independently\r\nEnd at 17:00 pm\r\nSecond Day\r\nStart at 09:00 am\r\nIntroduction to the advantages and disadvantages of workflows and containers\r\nLaunch of the data cleansing stage\r\nLaunch of the rest of the workflow and analysis of the multiQC report\r\nEnd at 17:00 pm\r\nThird Day – BYOD\r\nStart at 09:00 am\r\nDefine the analysis strategy and launch the start of the analysis of your own data.\r\nEnd at 17:00 pm maximum", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/analysis-of-shotgun-metagenomic-data/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic for non-academic: 1650€ + 20% taxes (TVA)", "Academic non-INRAE for academic but non-INRAE: 510 € + 20% taxes (TVA)", "INRAE for INRAE's staff: 450 € no VAT charged" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3174" ], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Metagenomics" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2026-02-02T12:27:34.243825Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-05-11", "end_date": "2026-05-13", "venue": "", "city": "Castanet-Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 151, "name": "Metagenomic training - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Metagenomic%20training%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-01-14", "registration_closing": "2026-03-27", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 776, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq - Session Avril 2026", "shortName": "", "description": "Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Module Analyses ADN\r\n- Module Analyses RNA-seq, bioinformatique et biostatistique\r\n\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3308" ], "keywords": [ "RNA-seq", "Transcriptomics (RNA-seq)" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2026-02-10T13:08:53.819949Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-04-27", "end_date": "2026-04-29", "venue": "", "city": "Villeneuve d'Ascq", "country": "FRANCE", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 757, "name": "INTRODUCTION TO PYTHON - 20 avril 2026", "shortName": "Python - 20 avril 2026", "description": "The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3307" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2026-02-02T09:50:06.789625Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-04-20", "end_date": "2026-04-21", "venue": "", "city": "Castanet-Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 142, "name": "Introduction to python - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-01-14", "registration_closing": "2026-03-06", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 756, "name": "SHORT-READ ALIGNMENT AND SMALL SIZE VARIANTS CALLING - 13 avril 2026", "shortName": "", "description": "This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to introduce NGS data, in particular Illumina Solexa technologies with command line. You will discover the new sequence formats, the assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection with the GATK pipeline and alignment visualization software.\r\n\r\nThis training is focused on the practice. It consists of modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nDay 1 (09:00 am to 12:30 am): Fastq format / Sequence quality. Read mapping.\r\nDay 1 (14:00 pm to 17:00 pm): SAM format. Visualisation.\r\nDay 2 (09:00 am to 17:00 am): Variant calling. VCF format. Variant annotation (SNPeff / SNPsift).\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.\r\n\r\nPrerequisites: ability to use a Unix environment (see Unix training) and Cluster (see Cluster training).\r\n \r\nTool box: FastQC, BWA, Samtools, Picard tools, GATK, SnpSift / SnpEff, IGV.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/alignment-and-small-size-variants-calling/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2885", "http://edamontology.org/topic_0102" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/sigenae-text-black-1.png", "updated_at": "2026-02-02T09:47:33.747044Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-04-13", "end_date": "2026-04-14", "venue": "", "city": "Castanet-Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-01-14", "registration_closing": "2026-02-27", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 755, "name": "HOW TO RUN A NF-CORE NEXTFLOW WORKFLOW ON GENOTOUL ? - 7 avril 2026", "shortName": "Nextflow/nf-core - 7 avril 2026", "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning nf-core workflow submission, error understanding, resuming jobs and ressource reservation. We will present and practice:\r\n\r\nthe Nextflow software\r\nthe nf-core community and pipelines\r\nWhat is a singularity image ?\r\nWhere are installed the nf-core workflows ? Which version do I use ?\r\nHow to run a workflow and which config file is used ?\r\nWhich kind of error I can get ?\r\nHow to resume failed jobs?\r\nHow to handle genome indexes ?\r\nHow to monitor my process and then well configure my workflow ?\r\nHow do you best adjust CPU and RAM reservations?\r\nThis is NOT a bioinformatic training on a particular workflow or a training on how to develop a workflow.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nStart at 09:00 am\r\nEnd at 17:00 pm", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/how-to-run-a-nf-core-nextflow-workflow-on-genotoul-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769" ], "keywords": [ "Nextflow" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2026-02-02T09:45:21.771804Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-04-07", "end_date": "2026-04-07", "venue": "", "city": "Castanet-Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 143, "name": "Workflows nf-core - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Workflows%20nf-core%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-01-14", "registration_closing": "2026-02-21", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 740, "name": "ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School", "shortName": "ETBII 2026", "description": "La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R", "Python - basic knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png", "updated_at": "2025-11-03T14:11:43.902530Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-29", "end_date": "2026-04-04", "venue": "", "city": "Fréjus", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-11-02", "registration_closing": "2025-12-17", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 745, "name": "Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform", "shortName": "MicroScope training - April 2026", "description": "In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.", "homepage": "https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_0085", "http://edamontology.org/topic_3301" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Licence" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. See : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/external-microscope-professional-training-sessions/", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 15, "name": "Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Laboratory%20of%20Bioinformatics%20Analyses%20for%20Genomics%20and%20Metabolism/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 71, "name": "University of Évry Val d'Essonne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20%C3%89vry%20Val%20d'Essonne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 9, "name": "MicroScope", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MicroScope/?format=api" } ], "logo_url": "https://labgem.genoscope.cns.fr/wp-content/uploads/2019/06/MicroScope_logo-300x210.png", "updated_at": "2026-01-22T13:20:26.879727Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-30", "end_date": "2026-04-03", "venue": "", "city": "Evry", "country": "", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-02-27", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 754, "name": "RNASEQ ALIGNMENT, QUANTIFICATION AND TRANSCRIPT DISCOVERY WITH STATISTICS - 30 mars 2026", "shortName": "RNASeq bioinfo / biostat - 30 mars 2026", "description": "The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, in collaboration with the Genotoul Biostatistics platform, and the MIAT unit, organize a 3,5 days long training course for bio-informaticians and biologists aiming at learning sequence analysis. It focuses on (protein coding) gene expression analysis using reads produced by ‘RNA-Seq’. This training session is designed to introduce sequences from ‘NGS’ (Next Generation Sequencing), particularly Illumina platforms (HiSeq). You will discover the standards file formats, learn about the usual biases of this type of data and run different kinds of analyses, such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of coding genes and transcripts. Finally you will be able to extract the differentially expressed genes.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/rnaseq-alignment-transcripts-assemblies-statistics/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3308" ], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Expression" ], "prerequisites": [ "Langage R de base", "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Register on the training page : https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 33, "name": "Genotoul-biostat", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-biostat/?format=api" } ], "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2026-02-02T09:41:25.705694Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-30", "end_date": "2026-04-02", "venue": "", "city": "Castanet-Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 135, "name": "Training RNASeq - bioinfo part - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Training%20RNASeq%20-%20bioinfo%20part%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 136, "name": "Training RNASeq - biostat part - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Training%20RNASeq%20-%20biostat%20part%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-01-14", "registration_closing": "2026-02-14", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 781, "name": "Initiation à Linux / Introduction to Linux - 2026", "shortName": "Initiation à Linux 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nÀ l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.\r\n\r\nProgramme\r\n* Connexion (ssh) et transferts de fichiers (scp, rsync)\r\n* Interfaces graphiques (Gnome, KDE) / émulateurs\r\n* Aide en ligne\r\n* Utilisation du shell : le rappel des commandes, l’historique, la complétion\r\n* Système de fichiers : arborescence et chemin d’accès, le répertoire d’accueil…\r\n* Gestion des fichiers et des répertoires\r\n* Principe de protection : les attributs sur les fichiers, les droits d’accès", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Linux" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:23:26.458502Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-04-01", "end_date": "2026-04-01", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-18", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 782, "name": "Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse - 2026", "shortName": "Introduction à tidyverse 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "R Language", "Tidyverse" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:24:34.577208Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-30", "end_date": "2026-03-31", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-16", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 789, "name": "Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy - 2026", "shortName": "Analyse de données NGS sous Galaxy 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien\r\n\r\nProgramme\r\nThéorie\r\n* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)\r\n\r\nPratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien\r\n* Contrôle qualité\r\n* Assemblage de-novo\r\n* Nettoyage des données\r\n* Assemblage\r\n* Visualisation et statistiques sur l’assemblage\r\n* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation\r\nTous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0102", "http://edamontology.org/topic_0092", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3168" ], "keywords": [ "Galaxy", "NGS" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:33:27.380562Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-26", "end_date": "2026-03-26", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-12", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 753, "name": "Cluster - 25 mars 2026", "shortName": "", "description": "This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced", "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [], "keywords": [ "Linux", "Cluster" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "You need to register (via the website) and pay 170 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2026-02-02T09:41:07.174427Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-25", "end_date": "2026-03-25", "venue": "", "city": "Castanet-Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 140, "name": "Cluster TP - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Cluster%20TP%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 139, "name": "Cluster Slides - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Cluster%20Slides%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2026-01-14", "registration_closing": "2026-02-10", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 790, "name": "Initiation à l’utilisation de Galaxy", "shortName": "Initiation Galaxy", "description": "Objectifs pédagogiques :\r\nCette formation propose une introduction sur l’interface utilisateur et les fonctionnalités générales d’une plateforme Galaxy.\r\nA l’issue de la formation, les apprenants seront en mesure de :\r\n* connaître les caractéristiques et le fonctionnement d’un portail Galaxy,\r\n* appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\n* être autonome dans le traitement de fichiers et l’exécution d’outils.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Prise en main d’un portail Galaxy\r\n* Utilisation de l’historique\r\n* Téléchargement des données à traiter\r\n* Manipulation de fichiers\r\n* Paramétrage et exécution d’outils\r\n* Récupération et visualisation de résultats", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:34:28.195643Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-25", "end_date": "2026-03-25", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-11", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 784, "name": "Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles - 2026", "shortName": "Good practices for better reproducibility of analyses 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nL’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes et enjeux de la recherche reproductible\r\nUtilisation de GitHub\r\nGestion des versions d’un document\r\nRédaction de document computationnel\r\nPartage d’un rapport avec ses collaborateurs\r\nPrincipes FAIR et PGD", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Reproducibility" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:27:03.757755Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-24", "end_date": "2026-03-24", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-10", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 785, "name": "Développement d’une application avec R Shiny - 2026", "shortName": "R Shiny 2026", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. Ils et elles seront capables de créer leurs premières applications web interactives à partir de scripts R. Les solutions de déploiement d’applications Shiny seront également abordées.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes généraux et fonctionnement d’une application Shiny\r\nDéveloppement d’applications Shiny\r\nDéploiement d’applications Shiny", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Shiny" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:28:18.921629Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-23", "end_date": "2026-03-23", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-09", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 791, "name": "Annotation et comparaison de génomes bactériens - 2026", "shortName": "Annotation et comparaison de génomes bactériens 2026", "description": "Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour annoter automatiquement et comparer un jeu de données de génomes bactériens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données publiques. Évaluer la qualité et annoter automatiquement un jeu de données. Savoir mettre en oeuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme :\r\n\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n Téléchargement de données publiques\r\n Evaluation de la qualité d’un jeu de données\r\n\r\n* Principes et mise en œuvre d’une annotation automatique d’un génome bactérien\r\n\r\n * Caractérisation de la diversité génomique\r\n\r\n * Construction de pangénomes\r\n\r\n * Analyse des résultats :\r\n Résultats et métriques d’un pangénome\r\n Notions élémentaires de phylogénomique\r\n Visualisation et interprétation des résultats\r\n\r\n * Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep, Quast, Bakta et PPanGGOLiN sous Galaxy.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0797" ], "keywords": [ "Genome annotation", "Comparative genomics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2026-02-12T10:46:56.602216Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-19", "end_date": "2026-03-20", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": null, "registration_closing": "2026-03-05", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" } ] }
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