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{ "count": 628, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=140&ordering=prerequisites", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=100&ordering=prerequisites", "results": [ { "id": 695, "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées : 2025", "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3170" ], "keywords": [ "Statistical differential analysis", "RNA-seq" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T15:39:41.484105Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-05-12", "end_date": "2025-05-13", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2025-01-21", "registration_closing": "2025-04-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 740, "name": "ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School", "shortName": "ETBII 2026", "description": "La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R", "Python - basic knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png", "updated_at": "2025-11-03T14:11:43.902530Z", "type": "Training course", "start_date": "2026-03-29", "end_date": "2026-04-04", "venue": "", "city": "Fréjus", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2025-11-02", "registration_closing": "2025-12-17", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 534, "name": "Manipulation de données avec R : introduction à tidyverse", "shortName": "Introduction à tidyverse", "description": "A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n- utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n- lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n- manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n- mettre en forme et pivoter les tables de données", "homepage": "https://migale.inrae.fr/trainings", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "R Language" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2023-05-26T14:19:19.327877Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-06-19", "end_date": "2023-06-20", "venue": "Access to the INRAE center reception\r\n By car\r\n\r\n Take the N118 from the Paris rotary Porte de Saint-Cloud > Pont de Sèvres > Follow direction Bordeaux/Nantes – take exit 6A Jouy-en-Josas/Bièvres\r\n Take the N12 from Plaisir > Follow direction Paris exit 1 towards the D53\r\n Take the A12 Rambouillet > Jouy – take exit 2 via the D446\r\n\r\n By the RER (train to the suburbs)\r\n\r\nRER C Line: Get off at the Jouy-en-Josas station. The research center is a 15 minute walk (you must walk towards the town hall (Mairie de Jouy).\r\n\r\n From Chatelet-Les Halles, take the RER B line until the Massy-Palaiseau station (32 min.) then take the RER C line CIME train (14 min.)\r\n From Versailles-Chantier RER C station take the VICK or VITY train (8 min.)\r\n From the Bibliothèque François Mitterand RER C station, take the CIME train (1 hour)\r\n\r\n From the Orly Airport\r\n\r\nTake the bus « Paris par le train » to the Pont de Rungis RER C train station. Then take the RER C train CIME towards Versailles Chantiers. Get off at the Jouy-en-Josas station.\r\n\r\nStops of the “Paris par le train” bus :\r\n\r\n Paris-Orly Sud : porte C, stop 6\r\n Paris-Orly Ouest : porte G on the Arrivals level.\r\n\r\n From the Charles de Gaulle - Roissy Airport\r\n\r\nTo go from the Paris-Charles de Gaulle airport to Jouy-en-Josas you may take :\r\n\r\n the RER B train towards St Remy les Chevreuses. Get off at the Massy Palaiseau station\r\n the RER C train towards Versailles Chantiers (CIME trains). Get off at Jouy-en-Josas.", "city": "JOUY EN JOSAS Cedex", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-05-25", "registration_closing": "2023-06-05", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 481, "name": "Statistiques avec R / Statistics with R - 2022 Session 1", "shortName": "R - Stats - 2022 S1", "description": "Objectifs\r\n- Choisir un test statistique adapté à un problème donné.\r\n-\r\nImporter des données et réaliser un test avec R.\r\nProgramme\r\n- Théorie : modèle, loi de distribution, hypothèse H0, variable de test, p-value, tests multiples, FDR\r\n- Pratique : réalisation de tests sous R dans un environnement convivial (RStudio)\r\n-\r\ntests usuels simples : Gauss, Student, χ2\r\n-\r\ntests multiples : ANOVA, correction (ex. Student multiple), tests spécifiques (ex. SAM)", "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2269" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-05-03", "end_date": null, "venue": "https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/services/venir-a-la-sbr", "city": "Roscoff", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-03-09", "registration_closing": "2022-04-10", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 605, "name": "BIGomics, Génomique Comparative", "shortName": "BOGC", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_3056", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 17, "name": "Agropolis Fondation", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Agropolis%20Fondation/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2024-03-11T13:30:02.752091Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-11", "end_date": "2024-04-16", "venue": "Campus numérique francophone - AUF - Université d'Antananarivo", "city": "Antananarivo", "country": "Madagascar", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-04", "registration_closing": "2024-03-17", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 489, "name": "Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative - session 2023 / Integrative Bioinforformatics training school - 2023 session", "shortName": "ETBII 2023", "description": "Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif :\r\n- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens, biostatisticiens et bioanalystes\r\n- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.\r\n\r\nCette école mobilise une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques \r\n\r\nLa formation a pour but :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques. \r\n- de créer, améliorer et partager des ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.\r\n\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R, Python \r\n- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/", "is_draft": false, "costs": [ "770 TTC pour les académiques et 1540 TTC pour les privés" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté mais cette première édition s’adresse en priorité à des bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - 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Cartes Michelin 82 et 245.\r\nAvion : Nice (70 km), Toulon (90 km), Marseille (140 km).\r\n\r\nTransfert : Navettes depuis la gare de St Raphael. Taxis depuis l’aéroport de\r\nNice (sur réservation).\r\n\r\nCAES du CNRS\r\nLa Villa Clythia\r\n2754, rue Henri Giraud\r\n83600 Fréjus", "city": "Fréjus", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/750/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/146/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/721/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-09-12", "registration_closing": "2022-10-12", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 591, "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis", "shortName": "", "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module", "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3810", "http://edamontology.org/topic_3056", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biodiversity", "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle", "maxParticipants": 50, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/781/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings/images/logo_southgreen_carre_6577134.png", "updated_at": "2024-03-11T13:17:13.095567Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-04", "end_date": "2024-03-08", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "International", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-24", "registration_closing": "2024-02-09", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 587, "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées (2024)", "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3170" ], "keywords": [ "Statistical differential analysis", "RNA-seq" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2024-01-18T14:52:00.895148Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-06-10", "end_date": "2024-06-11", "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/776/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-08", "registration_closing": "2024-05-27", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 579, "name": "Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse (session 2024)", "shortName": "Introduction à tidyverse (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "R Language", "Tidyverse" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2024-01-18T12:35:50.766349Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-03", "end_date": "2024-04-04", "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "FRance", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-08", "registration_closing": "2024-03-20", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 571, "name": "Développement d’une application avec R Shiny (session 2024)", "shortName": "Shiny application development (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. Ils et elles seront capables de créer leurs premières applications web interactives à partir de scripts R. Les solutions de déploiement d’applications Shiny seront également abordées.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes généraux et fonctionnement d’une application Shiny\r\nDéveloppement d’applications Shiny\r\nDéploiement d’applications Shiny", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "Shiny" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2024-01-17T10:46:26.358781Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-14", "end_date": "2024-03-14", "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/175/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-01-08", "registration_closing": "2024-02-29", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 518, "name": "Statistiques avec R / Statistics with R - Session 1 - 2023", "shortName": "R - Stats 2023 S1", "description": "Objectifs\r\n- Choisir un test statistique adapté à un problème donné.\r\n-\r\nImporter des données et réaliser un test avec R.\r\nProgramme\r\n- Théorie : modèle, loi de distribution, hypothèse H0, variable de test, p-value, tests multiples, FDR\r\n- Pratique : réalisation de tests sous R dans un environnement convivial (RStudio)\r\n-\r\ntests usuels simples : Gauss, Student, χ2\r\n-\r\ntests multiples : ANOVA, correction (ex. Student multiple), tests spécifiques (ex. 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"registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 700, "name": "Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse : 2025", "shortName": "Introduction à tidyverse", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "R Language", "Tidyverse" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T15:46:16.560558Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-06-16", "end_date": "2025-06-17", "venue": "", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2025-01-21", "registration_closing": "2025-06-01", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 505, "name": "2e Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School", "shortName": "Second session of ETBII", "description": "La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa deuxième édition.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (ingénieurs, chercheurs dans des plateformes ou équipes de recherche) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\nConnaissances de base en Unix/shell, R, Python\r\nAutonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/", "is_draft": false, "costs": [ "770 TTC pour les académiques et 1540 TTC pour les privés" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté, en priorité aux bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/Logo_ETBII_Couleurs.png", "updated_at": "2023-10-25T13:31:05.639302Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-03-24", "end_date": "2024-03-29", "venue": "", "city": "Fréjus", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/770/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/750/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/146/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/721/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2023-12-01", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 636, "name": "How To Run a NF-Core Nextflow Workflow On Genotoul ? - session 12/11/2024", "shortName": "Nextflow/nf-core - session 12/11/2024", "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning nf-core workflow submission, error understanding, resuming jobs and ressource reservation. We will present and practice:\r\n\r\nthe Nextflow software\r\nthe nf-core community and pipelines\r\nWhat is a singularity image ?\r\nWhere are installed the nf-core workflows ? Which version do I use ?\r\nHow to run a workflow and which config file is used ?\r\nWhich kind of error I can get ?\r\nHow to resume failed jobs?\r\nHow to handle genome indexes ?\r\nHow to monitor my process and then well configure my workflow ?\r\nHow do you best adjust CPU and RAM reservations?\r\nThis is NOT a bioinformatic training on a particular workflow or a training on how to develop a workflow.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nStart at 09:00 am\r\nEnd at 17:00 pm", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/how-to-run-a-nf-core-nextflow-workflow-on-genotoul-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769" ], "keywords": [ "Nextflow" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2024-06-10T12:38:11.016801Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-11-12", "end_date": "2024-11-12", "venue": "", "city": "castanet-tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/470/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 143, "name": "Workflows nf-core - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Workflows%20nf-core%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-06-05", "registration_closing": "2024-11-06", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 633, "name": "Cluster - session 08/10/2024", "shortName": "", "description": "This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first processing batch on the cluster and will learn how to track and manage them. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/cluster-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced", "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [], "keywords": [ "Linux", "Cluster" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2024-06-05T09:19:16.493620Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-10-08", "end_date": "2024-10-08", "venue": "", "city": "castanet-tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 139, "name": "Cluster Slides - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Cluster%20Slides%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 140, "name": "Cluster TP - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Cluster%20TP%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-06-05", "registration_closing": "2024-10-01", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 635, "name": "Introduction To Python - session 16/10/2024 - 17/10/2024", "shortName": "Introduction To Python - session 16/10/2024 - 17/10/2024", "description": "The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3307" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2024-06-10T12:33:57.629350Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-10-16", "end_date": "2024-10-17", "venue": "", "city": "castanet-tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 142, "name": "Introduction to python - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-06-05", "registration_closing": "2024-10-08", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 631, "name": "Using sed and awk to modify large large text files - session 03/10/2024", "shortName": "", "description": "This “Sed and AWK to modify large text files” training session is organized by the Genotoul bioinfo platform.\r\n\r\nThe Linux sed command is a powerful and very fast text editor without an interface. Sed can select, substitute, add, delete, and modify text in files and streams. Sed relies heavily on regular expressions for pattern matching and text selection. We’ll manipulate regexes and the sed command to modify and filter several type of file often used in bioinformatics.\r\n\r\nAWK enables to easily process columns in large text files but is also a quite powerfull programming language. This training session aims at introducing you AWK principles. You will learn about variables, operators and functions useful to manipulate very large files. \r\n\r\nFor example you can use AWK to generate your unix command lines to be launched on the cluster. AWK enables to process millions of lines in text files. The course includes short feature presentations between long hands-on sessions in which you will be able to understand the global ideas as well as details.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/using-sed-and-awk-to-modify-large-text-files/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2024-06-04T07:39:04.387849Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-10-03", "end_date": "2024-10-03", "venue": "", "city": "castanet-tolosan", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api" ], "trainingMaterials": [ { "id": 141, "name": "Sed and awk training - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Sed%20and%20awk%20training%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-06-04", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 634, "name": "Short-Read Alignment And Small Size Variants Calling - session 9/10/2024 - 10/10/2024", "shortName": "", "description": "This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to introduce NGS data, in particular Illumina Solexa technologies with command line. You will discover the new sequence formats, the assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection with the GATK pipeline and alignment visualization software.\r\n\r\nThis training is focused on the practice. It consists of modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nDay 1 (09:00 am to 12:30 am): Fastq format / Sequence quality. Read mapping.\r\nDay 1 (14:00 pm to 17:00 pm): SAM format. Visualisation.\r\nDay 2 (09:00 am to 17:00 am): Variant calling. VCF format. Variant annotation (SNPeff / SNPsift).\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.\r\n\r\nPrerequisites: ability to use a Unix environment (see Unix training) and Cluster (see Cluster training).\r\n \r\nTool box: FastQC, BWA, Samtools, Picard tools, GATK, SnpSift / SnpEff, IGV.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/alignment-and-small-size-variants-calling/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0102", "http://edamontology.org/topic_2885" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/sigenae-text-black-1.png", "updated_at": "2024-06-10T12:36:32.603065Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-10-09", "end_date": "2024-10-10", "venue": "", "city": "castanet-tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/88/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/31/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-06-05", "registration_closing": "2024-10-02", "registration_status": "closed", "courseMode": "Online" }, { "id": 612, "name": "RNASEQ ALIGNMENT, QUANTIFICATION AND TRANSCRIPT DISCOVERY WITH STATISTICS - session 14 - 17 /05/2024", "shortName": "RNASeq bioinfo / biostat", "description": "The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, in collaboration with the Genotoul Biostatistics platform, and the MIAT unit, organize a 3,5 days long training course for bio-informaticians and biologists aiming at learning sequence analysis. It focuses on (protein coding) gene expression analysis using reads produced by ‘RNA-Seq’. This training session is designed to introduce sequences from ‘NGS’ (Next Generation Sequencing), particularly Illumina platforms (HiSeq). You will discover the standards file formats, learn about the usual biases of this type of data and run different kinds of analyses, such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of coding genes and transcripts. Finally you will be able to extract the differentially expressed genes.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/rnaseq-alignment-transcripts-assemblies-statistics/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0203" ], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Expression" ], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster", "Langage R de base" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Register on the training page : https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 15, "name": "MIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 33, "name": "Genotoul-biostat", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-biostat/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2024-03-26T14:25:27.655655Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-14", "end_date": "2024-05-17", "venue": "", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 135, "name": "Training RNASeq - bioinfo part - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Training%20RNASeq%20-%20bioinfo%20part%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 136, "name": "Training RNASeq - biostat part - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Training%20RNASeq%20-%20biostat%20part%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-24", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Online" }, { "id": 611, "name": "Using sed and awk to modify large large text files - session 24/04/2024", "shortName": "", "description": "Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions. The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/modify-and-extract-information-from-large-text-files-day-2-3/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux/Unix" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2024-03-26T14:25:14.649994Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-04-24", "end_date": "2024-04-24", "venue": "", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [ { "id": 141, "name": "Sed and awk training - Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Sed%20and%20awk%20training%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-24", "registration_closing": null, "registration_status": "open", "courseMode": "Online" } ] }
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