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{ "count": 605, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=140&ordering=courseMode", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/?format=api&limit=20&offset=100&ordering=courseMode", "results": [ { "id": 412, "name": "2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2013 - 2", "description": "La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.\r\nL’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.\r\nLes participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).", "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/2eme-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit/(sort_cat)/3726", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2013-11-17", "end_date": "2013-11-22", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": "2013-09-01", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 486, "name": "11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm", "shortName": "EBAII 2022", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii-2022-n1/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/371/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" }, { "id": 14, "name": "Inserm", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Inserm/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2023-05-17T09:56:27.318517Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-11-13", "end_date": "2022-11-18", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-01-19", "registration_closing": "2022-05-31", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 619, "name": "Manipulating & Visualizing Data with R - 2024", "shortName": "R - DataViz - 2024", "description": "Objectifs\r\n- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R\r\n- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)\r\n- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)\r\n- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)\r\n- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate\r\n- Introduction aux concepts de visualisation de données\r\n- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse\r\n- Partager ses résultats avec Quarto", "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0092" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-01-23T13:52:27.424558Z", "type": "Training course", "start_date": "2024-05-23", "end_date": "2024-05-23", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2024-03-29", "registration_closing": "2024-04-21", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 528, "name": "LINUX - session 17/04/2023", "shortName": "", "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning sequence analysis. This training session has been designed to familiarize yourself with the platform resources and its organization. You will learn to access the platform from your work station, what is an Linux environment and how to use it, how to create and manipulate files, how to transfer them from and to your personal computer.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of 3 modules with a large variety of exercises:\r\n\r\n- Connect to « genotoul » server (09:00 am to 10:30 am): Platform presentation, Linux basics, opening an user account, Putty installation, first connection.\r\n- Files and basics commands (10:45 am to 12:00 pm): types of files and secure access, file manipulation commands, text editors and viewers, disk space management .\r\n- Transfers and file manipulation (14:00 pm to 17:00 pm): download/transfer, compress/uncompress, utility commands and data extraction, output redirections.", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/linux-2-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT 0875", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%200875/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2023-05-17T10:04:05.719947Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-04-17", "end_date": "2023-04-17", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-04-04", "registration_closing": "2023-04-12", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 413, "name": "1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN", "shortName": "EBA 2013 - 1", "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq)\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.", "homepage": "https://www.aviesan.fr/fr/aviesan/home/aviesan-news/ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/207/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" }, { "id": 13, "name": "Aviesan", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Aviesan/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 1, "name": "EBIO", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/EBIO/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" }, { "id": 2, "name": "Curie Bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Curie%20Bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2013-01-14", "end_date": "2013-01-18", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 10, "name": "5ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB", "shortName": "EBAI 2016", "description": "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit", "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/en/evenements/EBA2016", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 53, "name": "AVIESAN", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0.jpg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2016-11-20", "end_date": "2016-11-25", "venue": "Station Biologique", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 468, "name": "Linux for Dummies - April 2022", "shortName": "", "description": "This course offers an introduction to work with Linux. We will describe the Linux environment, the first linux commands so participants can start to utilize command-line tools and feel comfortable using bioinformatics softwares through a linux terminal", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//linux/", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Open to South Green close collaborators", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-04-04", "end_date": "2022-04-05", "venue": "", "city": "Montpellier", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/731/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/732/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/564/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-03-07", "registration_closing": "2022-02-22", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 650, "name": "Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R", "shortName": "", "description": "Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq\r\n- Importation des données Single Cell dans R\r\n- Intégration de données Single Cell multiples\r\n- Quality Check et pré-traitement des données\r\n- Normalisation de données\r\n- Identification de marqueurs\r\n- Clustering et assignation cellulaire\r\n- Analyse différentielle des groupes cellulaires\r\n- Savoir intégrer les données de spatialisation\r\n- Savoir intégrer les données de trajectoire\r\n- Savoir intégrer les données de communication cellulaire\r\n- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-single-cell-rna-seq-scrna-seq-avec-r?axe=176", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Bioinformatics & Biomedical", "R Language", "R", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R", "R programming" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Maîtrise du langage R\r\nAvoir suivi le stage \"Langage R : introduction\" ou niveau équivalent.\r\nAfin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable\r\nhttps://cnrsformation.cnrs.fr/data/STG_23294_55153.docx", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 6, "name": "CNRS formation entreprise", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 6, "name": "CBiB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=api" } ], "logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png", "updated_at": "2024-12-04T10:38:18.342890Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-06-03", "end_date": "2025-06-04", "venue": "", "city": "Bordeaux", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2024-12-03", "registration_closing": "2025-06-03", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 447, "name": "LINUX - session 2022/03/14", "shortName": "", "description": "This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning sequence analysis. This training session has been designed to familiarize yourself with the platform resources and its organization. You will learn to access the platform from your work station, what is an Linux environment and how to use it, how to create and manipulate files, how to transfer them from and to your personal computer.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of 3 modules with a large variety of exercises:\r\n\r\n- Connect to « genotoul » server (09:00 am to 10:30 am): Platform presentation, Linux basics, opening an user account, Putty installation, first connection.\r\n- Files and basics commands (10:45 am to 12:00 pm): types of files and secure access, file manipulation commands, text editors and viewers, disk space management .\r\n- Transfers and file manipulation (14:00 pm to 17:00 pm): download/transfer, compress/uncompress, utility commands and data extraction, output redirections.", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/linux-2-2/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT 0875", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%200875/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-14", "end_date": "2022-03-14", "venue": "INRAE Occitanie Toulouse 24 Chemin de Borde Rouge – Auzeville CS 52627 31326 Castanet Tolosan cedex", "city": "Toulouse", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api" ], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2022-01-24", "registration_closing": "2022-03-07", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 649, "name": "Analyses NGS avec R", "shortName": "", "description": "Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage NGS\r\n- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants\r\n- L'analyse des reads et du résultat d'alignement\r\n- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq\r\n- Les techniques d'enrichissement\r\n- Les outils de visualisation pour les NGS\r\n\r\nLa fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires.", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-ngs-r?axe=176", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "R Language", "Gene expression differential analysis", "Data visualization" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 6, "name": "CNRS formation entreprise", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 6, "name": "CBiB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=api" } ], "logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png", "updated_at": "2024-12-04T10:38:10.103074Z", "type": "Training course", "start_date": "2025-05-15", "end_date": "2025-05-16", "venue": "", "city": "Bordeaux", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "future", "registration_opening": "2024-12-03", "registration_closing": "2025-05-15", "registration_status": "open", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 472, "name": "Workflow4metabolomics - 2021 session postponed to 2022, march", "shortName": "W4E 2021", "description": "Processing, statistical analysis, and annotation of metabolomics data is a complex task for experimenters since it involves many steps and requires a good knowledge of both the methodology and software tools. The Workflow4Metabolomics.org (W4M) online infrastructure provides a user-friendly and high-performance environment with advanced computational modules for building, running, and sharing complete workflows for LC-MS, GC-MS, FIA and NMR analysis. Such features are of major values for teaching computational metabolomics to experimenters, and previous courses using W4M since 2014 have been very successful.", "homepage": "https://workflow4metabolomics.org/w4e2021", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-21", "end_date": "2022-03-25", "venue": "", "city": "Toulouse", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 537, "name": "New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi", "shortName": "New session of FAIR_bioinfo", "description": "Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3307", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3068" ], "keywords": [ "Methodology", "Programming Languages & Computer Sciences", "Cloud", "Linux", "Snakemake", "Docker", "R" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 87, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=api" }, { "id": 94, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 31, "name": "AuBi", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=api" } ], "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175", "updated_at": "2023-06-14T10:22:28.365980Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-07-10", "end_date": "2023-07-17", "venue": "Turing Building\r\nRoom A09", "city": "Clermont-Ferrand", "country": "France", "geographical_range": "National", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-06-14", "registration_closing": "2023-06-30", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 503, "name": "NGS data analysis on the command line - session 4", "shortName": "NGS-analysis-cli - session4", "description": "This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data. \r\nDuring this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting. And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana", "homepage": "https://gitlab.com/ngs_workshop/april2022", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0102", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_2269", "http://edamontology.org/topic_3168" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "This training is dedicated to academics working in a laboratory of Unistra/CNRS.", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 14, "name": "BiGEst", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=api" } ], "logo_url": null, "updated_at": "2022-11-28T14:04:22.544121Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-31", "end_date": "2022-04-04", "venue": "", "city": "Strasbourg", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 465, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données de recherche en sciences de la vie - édition Francilienne - Session 1 (mars)", "shortName": "FAIR data Paris mars 2022", "description": "Présentation et application des principes FAIR de gestion des données dans un projet bioinformatique.\r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=8&username=guest", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571", "http://edamontology.org/topic_3420" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "public", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2023-10-16T08:30:29.394936Z", "type": "Training course", "start_date": "2022-03-22", "end_date": "2022-03-23", "venue": "", "city": "Paris", "country": "France", "geographical_range": "Local", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 540, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq (sous Galaxy)- session Octobre 2023", "shortName": "", "description": "Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Découvrir les fonctionnalités courantes de Galaxy, et savoir les utiliser.\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants.", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "La première journée du module permettra aux personnes n’ayant pas suivi le module Analyses ADN du cycle de rattraper les pré-requis nécessaires à la suite de la formation (initiation à Galaxy, nettoyage et qualités des séquences, mapping). Des concepts basiques en statistique (moyenne, variance, p-value) sont nécessaires pour être à l’aise dans la quatrième journée.", "maxParticipants": 15, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 66, "name": "UDL", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UDL/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:37:20.758462Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-10-03", "end_date": "2023-10-06", "venue": "", "city": "Villeneuve d'Ascq", "country": "FRANCE", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-06-15", "registration_closing": "2023-07-13", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 517, "name": "Initiation à R / R Initiation - Session 1 - 2023", "shortName": "R - Init 2023-S1", "description": "Objectifs\r\n- Savoir utiliser les commandes de base pour la manipulation et la description de jeux de données\r\ntabulés\r\n- Être capable de suivre le module R avancé\r\nProgramme\r\n- Introduction au langage R sous l’environnement Rstudio.\r\n- Premières additions.\r\n- Importation/exportation de données tabulées.\r\n- Manipulation d’objets plus complexes : vector, factor, matrice, data.frame, list\r\n- Fonctions mathématiques : sum, min, max, mean, mediane, log2\r\n- Fonctions propres à R pour la manipulation de tableaux : subset, apply, table, match, %in%\r\n- Les graphiques : plot, barplot, boxplot, points, lines …", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2269" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 16, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2023-02-22T08:41:32.349856Z", "type": "Training course", "start_date": "2023-05-31", "end_date": "2023-05-31", "venue": "", "city": "Roscoff", "country": "France", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": "2023-02-22", "registration_closing": "2023-04-30", "registration_status": "closed", "courseMode": "Onsite" }, { "id": 460, "name": "Molecular Phylogeny - Basic Training - session 2022", "shortName": "Phylogénie moléculaire - formation de base - session 2022", "description": "OBJECTIF\r\n- Savoir inférer un arbre phylogénétique et l'interpréter\r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Savoir ce à quoi correspondent des séquences génétiques homologues\r\n- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique\r\n- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)\r\n- Avoir des notions de programmation\r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Lignes de commandes Linux\r\n- Le format Newick\r\n- Dessin d'arbres\r\n- Alignements multiples et nettoyage\r\n- Modèles d'évolution\r\n- Choix de modèles\r\n- Définitions et propriétés des arbres\r\n- Méthodes de parcimonie\r\n- Méthodes de distance\r\n- Maximum de vraisemblance\r\n- Reconstruction phylogénétique Bayésienne\r\n- Bootstraps et autres supports de branches", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/phylogenie-moleculaire-formation-de-base?axe=146", "is_draft": false, "costs": [ "1200 €" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0084", "http://edamontology.org/topic_3293", "http://edamontology.org/topic_3299" ], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Phylogenetics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": 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"Analyse données RNA-seq sous Galaxy (2024)", "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :\r\n* de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;\r\n* de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;\r\n* de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;\r\n* d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.\r\n\r\nProgramme\r\nBioinformatique :\r\n* Obtenir des données de qualité : nettoyage, filtrage, qualité\r\n* Aligner les lectures sur un génome de référence\r\n* Détecter de nouveaux transcrits\r\n* Quantifier l’expression des gènes\r\n* Préparer et déployer unensemble d’analyses sur plusieurs échantillons\r\n\r\nBiostatistique :\r\n* Construire un plan d’expérience simple\r\n* Normaliser les données de comptage\r\n* Identifier les gènes différentiellements exprimés\r\n* Se sensibiliser aux tests multiples\r\n\r\nAnalyse de protocoles Bioinformatique et Biostatistiques issus de la littérature", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0102", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3308" ], "keywords": [ "Gene expression differential analysis", "RNA-seq", "Transcriptomics" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", 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Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.", "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-bioinfo-training/", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "Computing Environments", "NGS Sequencing Data Analysis", "Workflow development" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" }, { "id": 64, "name": "I2BC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/I2BC/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2023-10-12T11:46:03.444330Z", "type": "Training course", "start_date": "2020-08-31", "end_date": "2020-09-02", "venue": "", "city": "", "country": "", "geographical_range": "", "trainers": [], "trainingMaterials": [], "computingFacilities": [], "realisation_status": "past", "registration_opening": null, "registration_closing": null, "registration_status": "unknown", "courseMode": "Onsite" } ] }
