{"id":540,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq  (sous Galaxy)- session Octobre 2023","shortName":"","description":"Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Découvrir les fonctionnalités courantes de Galaxy, et savoir les utiliser.\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants.","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"La première journée du module permettra aux personnes n’ayant pas suivi le module Analyses ADN du cycle de rattraper les pré-requis nécessaires à la suite de la formation (initiation à Galaxy, nettoyage et qualités des séquences, mapping). Des concepts basiques en statistique (moyenne, variance, p-value) sont nécessaires pour être à l’aise dans la quatrième journée.","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:37:20.758462Z","type":"Training course","start_date":"2023-10-03","end_date":"2023-10-06","venue":"","city":"Villeneuve d'Ascq","country":"FRANCE","geographical_range":"","trainers":[],"trainingMaterials":[],"computingFacilities":[],"realisation_status":"past","registration_opening":"2023-06-15","registration_closing":"2023-07-13","registration_status":"closed","courseMode":"Onsite"}